-
Xromatin İmmunoprecipitation Sequencing (ChIP-seq)
ChIP-Seq histon modifikasiyası, transkripsiya faktorları və digər DNT ilə əlaqəli zülallar üçün DNT hədəflərinin genom geniş profilini təmin edir.O, xüsusi zülal-DNT komplekslərini bərpa etmək üçün xromatin immuno-çökmənin (ChIP) seçiciliyini, bərpa edilmiş DNT-nin yüksək məhsuldarlıqlı ardıcıllığı üçün yeni nəsil ardıcıllığın (NGS) gücü ilə birləşdirir.Bundan əlavə, zülal-DNT kompleksləri canlı hüceyrələrdən bərpa olunduğu üçün bağlanma yerləri müxtəlif hüceyrə tiplərində və toxumalarında və ya müxtəlif şəraitdə müqayisə oluna bilər.Tətbiqlər transkripsiya tənzimləməsindən tutmuş inkişaf yollarına, xəstəlik mexanizmlərinə və ondan kənara qədərdir.
Platforma: Illumina NovaSeq Platforması
-
Metagenomik ardıcıllıq -NGS
Metagenom, ətraf mühitin metagenomu, insan metagenomu və s. kimi qarışıq orqanizmlər cəmiyyətinin ümumi genetik materialının toplusuna aiddir. O, həm becərilə bilən, həm də becərilməyən mikroorqanizmlərin genomlarını ehtiva edir.Metagenomik ardıcıllıq ətraf mühit nümunələrindən çıxarılan qarışıq genomik materialların təhlili üçün istifadə olunan molekulyar alətdir və növlərin müxtəlifliyi və bolluğu, populyasiya strukturu, filogenetik əlaqə, funksional genlər və ətraf mühit faktorları ilə korrelyasiya şəbəkəsi haqqında ətraflı məlumat verir.
Platforma:Illumina NovaSeq Platforması
-
Metagenomic Sequencing-Nanopore
Metagenomika ətraf mühit nümunələrindən çıxarılan qarışıq genomik materialların təhlili üçün istifadə olunan molekulyar alətdir, burada növlərin müxtəlifliyi və bolluğu, populyasiya strukturu, filogenetik əlaqə, funksional genlər və ətraf mühit faktorları ilə korrelyasiya şəbəkəsi və s. metagenomik tədqiqatlar üçün.Oxuma uzunluğunda onun üstün performansı aşağı axın metagenomik analizini, xüsusən də metagenom birləşməsini əhəmiyyətli dərəcədə artırdı.Oxunma uzunluğunun üstünlüklərindən istifadə edərək, Nanopore əsaslı metagenomik tədqiqat ov tüfəngi metagenomikası ilə müqayisədə daha davamlı montaja nail ola bilir.Nanopore əsaslı metagenomikanın mikrobiomlardan tam və qapalı bakterial genomları uğurla yaratdığı nəşr edilmişdir (Moss, EL, et. al.Təbiət biotexnologiyası, 2020)
Platforma:Nanopore PromethION P48
-
Bütün genom bisulfit ardıcıllığı
Sitozində (5-mC) beşinci mövqedə olan DNT metilasiyası gen ifadəsinə və hüceyrə aktivliyinə əsaslı təsir göstərir.Anormal metilasiya nümunələri xərçəng kimi bir sıra vəziyyət və xəstəliklərlə əlaqələndirilmişdir.WGBS, tək əsas rezolyusiyada genom boyu metilasiyanı öyrənmək üçün qızıl standart halına gəldi.
Platforma: Illumina NovaSeq Platforması
-
Yüksək Ötürmə Ardıcıllığı ilə Transposaza Əlçatan Xromatinin Təhlili (ATAC-seq)
ATAC-seq, gen ifadəsinin qlobal epigenetik nəzarəti üçün vacib olan genom-geniş xromatin əlçatanlığının təhlili üçün yüksək məhsuldarlıqlı ardıcıllıq metodudur.Sequencing adapterləri hiperaktiv Tn5 transposazası ilə açıq xromatin bölgələrinə daxil edilir.PCR gücləndirilməsindən sonra ardıcıllıq kitabxanası qurulur.Bütün açıq xromatin bölgələri yalnız bir transkripsiya faktorunun və ya müəyyən histon dəyişdirilmiş bölgənin bağlanma yerləri ilə məhdudlaşmır, müəyyən bir məkan-zaman şəraitində əldə edilə bilər.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
16S və 18S rRNT-də həm yüksək dərəcədə qorunan, həm də hiper-dəyişən bölgələri ehtiva edən alt bölmə prokaryotik və eukaryotik orqanizmlərin identifikasiyası üçün mükəmməl molekulyar barmaq izidir.Ardıcıllığın üstünlüklərindən istifadə edərək, bu amplikonlar qorunan hissələrə əsasən hədəflənə bilər və hiper-dəyişən bölgələr mikrob müxtəlifliyinin təhlili, taksonomiya, filogeniya və s. əhatə edən tədqiqatlara töhfə verən mikrob identifikasiyası üçün tam olaraq xarakterizə edilə bilər. Tək molekullu real vaxt(SMRT) ) PacBio platformasının ardıcıllığı tam uzunluqlu amplikonları (təqribən 1,5 Kb) əhatə edə bilən yüksək dəqiqlikli uzun oxunuşların əldə edilməsinə imkan verir.Genetik sahənin geniş görünüşü bakteriya və ya göbələklər cəmiyyətində növ annotasiyasının dəqiqliyini xeyli artırdı.
Platforma:PacBio davamı II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
16S/18S/ITS amplikon ardıcıllığı, həm yüksək dərəcədə qarşılıqlı, həm də hiperdəyişən hissələri ehtiva edən ev təsərrüfatı genetik markerlərinin PCR məhsullarını tədqiq etməklə mikrob icmasında filogeniya, taksonomiya və növ bolluğunu aşkar etmək məqsədi daşıyır.Woeses və digərləri (1977) tərəfindən bu mükəmməl molekulyar barmaq izinin tətbiqi mikrobiomun təcrid olunmayan profilini təmin edir.16S (bakteriyalar), 18S (göbələklər) və Daxili transkripsiya edilmiş spacer (ITS, göbələklər) ardıcıllığı həm bol növlərin, həm də nadir və naməlum növlərin identifikasiyasına imkan verir.Bu texnologiya müxtəlif mühitlərdə, məsələn, insan ağzı, bağırsaqları, nəcisləri və s.-də diferensial mikrob tərkibinin müəyyən edilməsində geniş tətbiq olunan və əsas vasitəyə çevrilmişdir.
Platforma:Illumina NovaSeq Platforması
-
Bakterial və göbələklərin bütün genomunun yenidən sıralanması
Bakterial və göbələklərin bütün genomunun təkrar ardıcıllığı məlum bakteriya və göbələklərin genomlarını tamamlamaq, həmçinin çoxsaylı genomları müqayisə etmək və ya yeni orqanizmlərin genomlarını xəritələşdirmək üçün mühüm vasitədir.Dəqiq istinad genomlarının yaradılması, mikrobların identifikasiyası və digər müqayisəli genom tədqiqatlarının aparılması üçün bakteriya və göbələklərin bütün genomlarının ardıcıllığı böyük əhəmiyyət kəsb edir.
Platforma: Illumina NovaSeq Platforması
-
PacBio-Tam uzunluqlu 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing
Amplicon (16S/18S/ITS) platforması mikrob müxtəlifliyi layihəsinin təhlili sahəsində uzun illər təcrübəsi ilə işlənib hazırlanmışdır, burada standartlaşdırılmış əsas analiz və fərdiləşdirilmiş analizlər var: əsas analiz cari mikrob tədqiqatının əsas analiz məzmununu əhatə edir, analiz məzmunu zəngin və əhatəlidir, və təhlil nəticələri layihə hesabatları şəklində təqdim olunur;Fərdi təhlilin məzmunu müxtəlifdir.Fərdi tələbləri həyata keçirmək üçün nümunələr seçilə bilər və parametrlər əsas təhlil hesabatına və tədqiqat məqsədinə uyğun olaraq çevik şəkildə təyin edilə bilər.Windows əməliyyat sistemi, sadə və sürətli.
-
PacBio-Tam uzunluqlu Transkriptom (Qeyri-istinad)
Daxiletmə kimi Pacific Biosciences (PacBio) izoform ardıcıllığı məlumatlarını götürərək, bu proqram tam uzunluqlu transkript ardıcıllığını (montaj olmadan) müəyyən edə bilir.İstinad genomuna qarşı tam uzunluqlu ardıcıllıqların xəritələşdirilməsi ilə transkriptlər məlum genlər, transkriptlər, kodlaşdırma bölgələri və s. ilə optimallaşdırıla bilər. Bu halda mRNT strukturlarının, məsələn, alternativ splicing və s. daha dəqiq identifikasiyasına nail olmaq olar.NGS transkriptom ardıcıllığı məlumatları ilə birgə təhlil transkript səviyyəsində ifadədə daha əhatəli annotasiyaya və daha dəqiq kəmiyyətləşdirməyə imkan verir ki, bu da əsasən aşağı axın diferensial ifadə və funksional analizdən faydalanır.
-
Azaldılmış təmsil bisulfit ardıcıllığı (RRBS)
DNT metilasiyası tədqiqatı həmişə xəstəlik tədqiqatlarında aktual mövzu olmuşdur və gen ifadəsi və feno-tipik əlamətlərlə sıx bağlıdır.RRBS DNT metilasiyası tədqiqatı üçün dəqiq, səmərəli və qənaətcil bir üsuldur.Promotor və CpG ada bölgələrinin enzimatik parçalanma (Msp I) ilə zənginləşdirilməsi, Bisulfit ardıcıllığı ilə birlikdə yüksək dəqiqlikli DNT metilasiyasının aşkarlanmasını təmin edir.
Platforma: Illumina NovaSeq Platforması
-
Prokaryotik mRNT ardıcıllığı
mRNT ardıcıllığı, xüsusi şərtlər altında hüceyrələrdəki bütün mRNT transkriptlərinin hərtərəfli profilini təmin edir.Bu qabaqcıl texnologiya mürəkkəb gen ifadə profillərini, gen strukturlarını və müxtəlif bioloji proseslərlə əlaqəli molekulyar mexanizmləri üzə çıxaran güclü bir vasitə kimi xidmət edir.Fundamental tədqiqatlarda, klinik diaqnostikada və dərmanların hazırlanmasında geniş şəkildə tətbiq edilən mRNT ardıcıllığı hüceyrə dinamikası və genetik tənzimləmənin incəliklərinə dair fikirlər təklif edir.Bizim prokaryotik mRNT nümunə emalımız rRNT-nin tükənməsi və istiqamətli kitabxananın hazırlanmasını əhatə edən prokaryotik transkriptomlar üçün hazırlanmışdır.
Platforma: Illumina NovaSeq X
