Xüsusi Lokus Gücləndirilmiş Fraqment Ardıcıllığı (SLAF-Seq)
İş axını
Xidmət kitabxananın hazırlanması zamanı optimal ferment seçimini təmin etmək üçün silikada əvvəlcədən dizayna malikdir.
Texniki Sxem
Xidmət Xüsusiyyətləri
● NovaSeq üzərində PE150 ilə ardıcıllıqla işləmə.
● 1000-dən çox nümunənin birləşdirilməsinə imkan verən ikiqat barkodlaşdırma ilə kitabxana hazırlığı.
● Referans genomundan asılı olmayaraq:
Referans genomu ilə: SNP və InDel kəşfi
İstinad genomu olmadan: nümunə klasterləşməsi və SNP kəşfi
● İçindəsilisium içigenom boyunca SLAF etiketlərinin vahid paylanması yaradanları tapmaq üçün dizayndan əvvəlki mərhələdə çoxsaylı restriksiya ferment kombinasiyaları yoxlanılır.
● Təcrübədən əvvəlki mərhələdə 9 SLAF kitabxanası yaratmaq üçün 3 nümunədə üç ferment kombinasiyası sınaqdan keçirilir və bu məlumat layihə üçün optimal restriksiya ferment kombinasiyasını seçmək üçün istifadə olunur.
Xidmət Üstünlükləri
●Yüksək Genetik Marker KəşfiBiz böyük populyasiyaların eyni vaxtda ardıcıllığını təmin edən yüksək məhsuldarlığa malik ikiqat barkod sistemini inteqrasiya edirik və lokus-spesifik gücləndirmənin səmərəliliyi artırır, etiket nömrələrinin müxtəlif tədqiqat suallarının müxtəlif tələblərinə cavab verməsini təmin edirik.
● Genomdan Aşağı Asılılıq: Bu, istinad genomu olan və ya olmayan növlərə tətbiq edilə bilər.
●Çevik Sxem DizaynıTək fermentli, ikili fermentli, çox fermentli həzm və müxtəlif növ fermentlər müxtəlif tədqiqat məqsədlərinə və ya növlərinə uyğun olaraq seçilə bilər.
● Enzimatik Həzmdə Yüksək Səmərəlilik: Birinin keçirilməsisilisium içiƏvvəlcədən dizayn və əvvəlcədən təcrübə, SLAF etiketlərinin xromosom üzərində bərabər paylanması (1 SLAF etiketi/4Kb) və azaldılmış təkrarlanan ardıcıllıqla (<5%) optimal dizaynı təmin edir.
●Geniş EkspertizaBitkilər, məməlilər, quşlar, həşəratlar və su orqanizmləri də daxil olmaqla yüzlərlə növ üzərində 5000-dən çox SLAF-Seq layihəsini bağlamaq kimi təcrübəmizlə hər layihəyə zəngin təcrübə gətiririk.
● Öz-özünə inkişaf etdirilmiş Bioinformatik İş AxınıSon nəticənin etibarlılığını və dəqiqliyini təmin etmək üçün SLAF-Seq üçün inteqrasiya olunmuş bioinformatik iş axını hazırladıq.
Xidmət Xüsusiyyətləri
| Təhlil növü | Tövsiyə olunan əhali miqyası | Ardıcıllıq strategiyası | |
| Etiket ardıcıllığının dərinliyi | Etiket nömrəsi | ||
| Genetik Xəritələr | 2 valideyn və 150-dən çox övlad | Valideynlər: 20x WGS Offsping: 10x | Genom ölçüsü: <400 Mb: WGS tövsiyə olunur <1Gb: 100K etiket 1-2Gb:: 200K etiket >2Gb: 300K etiket Maksimum 500 min etiket |
| Genom Geniş Assosiasiya Tədqiqatları (GWAS) | ≥200 nümunə | 10x | |
| Genetik Təkamül | Hər alt qrupdan >10 nümunə olmaqla, ≥30 nümunə | 10x | |
Xidmət Tələbləri
Konsentrasiya ≥ 5 ng/µL
Ümumi miqdar ≥ 80 ng
Nanodamcı OD260/280=1.6-2.5
Agaroza geli: parçalanma və ya çirklənmə yoxdur və ya məhduddur
Tövsiyə olunan Nümunə Çatdırılması
Qab: 2 ml santrifüj borusu
(Nümunələrin əksəriyyəti üçün etanolda saxlamamağı məsləhət görürük)
Nümunə etiketlənməsi: Nümunələr aydın şəkildə etiketlənməli və təqdim edilmiş nümunə məlumat forması ilə eyni olmalıdır.
Göndərmə: Quru buz: Nümunələr əvvəlcə torbalara yığılmalı və quru buzda basdırılmalıdır.
Xidmət İş Axını
Nümunə Keyfiyyət Nəzarəti
Pilot təcrübəsi
SLAF-təcrübəsi
Kitabxana Hazırlığı
Ardıcıllıq
Məlumatların təhlili
Satışdan Sonra Xidmətlər
Bioinformatik analizimiz aşağıdakılardan ibarətdir:
N ilə zəngin oxunuşları, adapter oxunuşlarını və ya aşağı keyfiyyətli oxunuşları silmək üçün məlumatların keyfiyyətinə nəzarət və kəsmə.
Əsas paylanmanı, ardıcıllıq keyfiyyətini və məlumatların qiymətləndirilməsini, eləcə də həzm səmərəliliyini və əldə edilən əlavələri yoxlamaq üçün təmiz oxumaların ikinci keyfiyyət nəzarəti.
Oxunma yoxlanıldıqdan sonra iki seçim var:
- İstinad genomuna xəritələşdirmə
- İstinad genomu olmadan: klasterləşmə
Bundan sonra, SLAF etiketlərinin təhlili markerlərin aşkarlanmasına kömək etmək üçün bəzi variant çağırışları etmək üçün istifadə olunur: SNP, InDel, SNV, CV çağırışı və annotasiya.
SLAF etiketlərinin xromosomlar üzərində paylanması:
Xromosomlar üzərində SNP-lərin paylanması:
SNP annotasiyası
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X və Shi C (2023) Meyvə yetişməsi zamanı şəkər tərkibinin QTL xəritələşdirilməsi və transkriptom təhliliPyrus pyrifolia.Ön tərəf. Bitki Elmləri.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022). st1-in müəyyən edilməsi, soya paxlasının evcilləşdirilməsi zamanı toxum morfologiyasının və yağ tərkibinin avtostopla araşdırılmasını əhatə edən bir seçimi ortaya qoyur.Bitki Biotexnologiyası Jurnalı, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.və başqaları.Adi sazanın genom ardıcıllığı və genetik müxtəlifliyi,Cyprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.və başqaları.Becərilən fıstığın genomu paxlalıların kariotipləri, poliploid təkamülü və məhsulların evcilləşdirilməsi haqqında məlumat verir.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| İl | Jurnal | IF | Başlıq | Tətbiqlər |
| 2022 | Təbiət rabitəsi | 17.694 | Ağac pionunun giga-xromosomlarının və giga-genomunun genomik əsasları Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015-ci il | Yeni Fitoloq | 7.433 | Əhliləşdirmə izləri aqronomik əhəmiyyətə malik genom bölgələrini möhkəmləndirir soya | SLAF-GWAS |
| 2022 | Qabaqcıl Tədqiqatlar Jurnalı | 12.822 | Gossypium barbadense-nin G. hirsutum-a genom miqyasında süni şəkildə daxil olması pambıq lifinin keyfiyyətini və məhsuldarlığını eyni vaxtda artırmaq üçün üstün lokusları aşkar etmək xüsusiyyətlər | SLAF-Təkamül genetikası |
| 2019-cu il | Molekulyar Bitki | 10.81 | Populyasiya Genom Təhlili və De Novo Assambleyası Weedy-nin Mənşəyini Aşkarlayır Düyü Təkamül Oyunu Kimi | SLAF-Təkamül genetikası |
| 2019-cu il | Təbiət Genetikası | 31.616 | Adi sazan, Cyprinus carpio-nun genom ardıcıllığı və genetik müxtəlifliyi | SLAF-Linkage map |
| 2014 | Təbiət Genetikası | 25.455 | Mədəni fıstığın genomu paxlalı bitkilərin kariotipləri və poliploidləri haqqında məlumat verir təkamül və bitkilərin evcilləşdirilməsi. | SLAF-Linkage map |
| 2022 | Bitki Biotexnologiyası Jurnalı | 9.803 | ST1-in müəyyən edilməsi, toxum morfologiyasının avtostopla bağlı bir seçim olduğunu göstərir və soya yetişdirilməsi zamanı yağ tərkibi | SLAF-Marker inkişafı |
| 2022 | Beynəlxalq Molekulyar Elmlər Jurnalı | 6.208 | Buğda-Leymus mollis 2Ns (2D) üçün identifikasiya və DNT markerinin hazırlanması Disomik Xromosom Əvəzlənməsi | SLAF-Marker inkişafı |
| İl | Jurnal | IF | Başlıq | Tətbiqlər |
| 2023-cü il | Bitki elmində sərhədlər | 6.735 | Pyrus pyrifolia meyvə yetişməsi zamanı şəkər tərkibinin QTL xəritələşdirilməsi və transkriptom təhlili | Genetik Xəritə |
| 2022 | Bitki Biotexnologiyası Jurnalı | 8.154 | ST1-in müəyyən edilməsi, soya yetişdirilməsi zamanı toxum morfologiyasının və yağ tərkibinin avtostopla aparılmasını əhatə edən bir seçimi ortaya qoyur.
| SNP zəngi |
| 2022 | Bitki elmində sərhədlər | 6.623 | Quraqlıq Mühitində Göbələksiz Çətin Fenotiplərin Genom Geniş Assosiasiya Xəritələşdirilməsi.
| GWAS |
