-
Tam uzunluqlu mRNT ardıcıllığı-Nanopore
RNT ardıcıllığı hərtərəfli transkriptom analizi üçün əvəzsiz alət olmuşdur.Şübhəsiz ki, ənənəvi qısa oxunuş ardıcıllığı burada çoxsaylı mühüm inkişafa nail oldu.Buna baxmayaraq, o, tez-tez tam uzunluqlu izoform identifikasiyalarında, kəmiyyətdə, PCR meylində məhdudiyyətlərlə qarşılaşır.
Nanopor sekvensiyası özünü digər ardıcıllıq platformalarından fərqləndirir, çünki nukleotidlər DNT sintezi olmadan birbaşa oxunur və onlarla kilobazada uzun oxunuş yaradır.Bu, tammetrajlı transkriptləri birbaşa oxumaq və izoform səviyyəli tədqiqatlardakı problemləri həll etmək imkanı verir.
Platforma:Nanopore PromethION
Kitabxana:cDNA-PCR
-
De novo Tam uzunluqlu Transkriptom ardıcıllığı -PacBio
De novokimi də tanınan tam uzunluqlu transkriptom ardıcıllığıDe novoIso-Seq oxunuş uzunluğunda PacBio sequencer-in üstünlüklərindən istifadə edir ki, bu da tam uzunluqlu cDNT molekullarının heç bir fasiləsiz ardıcıllığını təmin edir.Bu, transkript yığma addımlarında yaranan hər hansı səhvlərdən tamamilə qaçınır və izoform səviyyəli qətnamə ilə unigen dəstləri qurur.Bu unigen dəstləri transkriptom səviyyəsində “istinad genomu” kimi güclü genetik məlumat verir.Bundan əlavə, növbəti nəsil ardıcıllıq məlumatları ilə birləşərək, bu xidmət izoform səviyyəli ifadənin dəqiq kəmiyyətini gücləndirir.
Platforma: PacBio Sequel IIKitabxana: SMRT zəng kitabxanası -
Eukaryotik mRNT ardıcıllığı-Illumina
mRNA ardıcıllığı, xüsusi şərtlər altında hüceyrələrdən transkripsiya edilmiş bütün mRNA-ların profilini yaratmağa imkan verir.Bu, gen ifadə profilini, gen strukturlarını və müəyyən bioloji proseslərin molekulyar mexanizmlərini aşkar etmək üçün güclü texnologiyadır.Bu günə qədər mRNT ardıcıllığı fundamental tədqiqatlarda, klinik diaqnostikada, dərman preparatlarının hazırlanmasında və s.
Platforma: Illumina NovaSeq 6000
-
Qeyri-istinad əsaslı mRNA ardıcıllığı-Illumina
mRNT ardıcıllığı bəzi xüsusi funksiyaların aktivləşdirildiyi xüsusi dövrdə Eukaryot formasında xəbərçi RNT (mRNA) tutmaq üçün yeni nəsil ardıcıllıq texnikasını (NGS) qəbul edir.Birləşdirilmiş ən uzun transkript "Unigene" adlanırdı və sonrakı təhlillər üçün istinad ardıcıllığı kimi istifadə olunurdu ki, bu da növlərin molekulyar mexanizmini və tənzimləyici şəbəkəsini istinadsız öyrənmək üçün effektiv vasitədir.
Transkriptom məlumatların yığılmasından və unigen funksional annotasiyadan sonra
(1) SNP analizi, SSR analizi, CDS proqnozu və gen strukturu əvvəlcədən hazırlanacaq.
(2) Hər bir nümunədə unigen ifadəsinin kəmiyyəti həyata keçiriləcək.
(3) Nümunələr (və ya qruplar) arasında diferensial şəkildə ifadə olunan unigenlər unigen ifadəsi əsasında aşkar ediləcək
(4) Diferensial şəkildə ifadə olunan unigenlərin klasterləşdirilməsi, funksional annotasiyası və zənginləşdirilməsi təhlili aparılacaq.
-
Uzun kodlaşdırılmayan ardıcıllıq-Illumina
Uzun kodlaşdırmayan RNT-lər (lncRNAs) olduqca aşağı kodlaşdırma potensialı ilə xarakterizə olunan uzunluğu 200 nt-dən çox olan RNT molekullarının bir növüdür.LncRNA kodlaşdırmayan RNT-lərin əsas üzvü kimi əsasən nüvədə və plazmada olur.Ardıcıllıq texnologiyası və bioinformatikanın inkişafı çoxsaylı yeni lncRNA-ların müəyyən edilməsinə və onları bioloji funksiyalarla əlaqələndirməyə imkan verir.Yığımlı sübutlar göstərir ki, lncRNA epigenetik tənzimləmə, transkripsiyanın tənzimlənməsi və transkripsiyadan sonrakı tənzimləmədə geniş şəkildə iştirak edir.
-
Kiçik RNT ardıcıllığı-Illumina
Kiçik RNT mikro RNT (miRNA), kiçik müdaxilə RNT (siRNA) və piwi ilə qarşılıqlı əlaqədə olan RNT (piRNA) daxil olmaqla, adətən uzunluğu 200 nt-dən az olan kodlaşdırmayan RNT molekulları sinfinə aiddir.
MicroRNA (miRNA) hüceyrələrdə müxtəlif mühüm tənzimləyici rolları oynayan, uzunluğu təxminən 20-24nt olan endogen kiçik RNT sinfidir.miRNA bir çox həyat proseslərində iştirak edir, toxuma - spesifik və mərhələ - spesifik ifadəni ortaya qoyur və müxtəlif növlərdə yüksək dərəcədə qorunur.
-
circRNA ardıcıllığı-Illumina
Bütün transkriptom ardıcıllığı müəyyən bir zamanda xüsusi hüceyrələr tərəfindən transkripsiya edilən kodlaşdırma (mRNA) və kodlaşdırmayan RNT (lncRNA, circRNA və miRNA daxil olmaqla) daxil olmaqla, bütün növ RNT molekullarını profil etmək üçün nəzərdə tutulmuşdur.“Ümumi RNT ardıcıllığı” kimi də tanınan tam transkriptom ardıcıllığı, transkriptom səviyyəsində hərtərəfli tənzimləyici şəbəkələri aşkar etmək məqsədi daşıyır.NGS texnologiyasından istifadə edərək, funksional xarakteristikaya doğru ilk addımı təmin edən ceRNA analizi və birgə RNT analizi üçün bütün transkriptom məhsullarının ardıcıllığı mövcuddur.circRNA-miRNA-mRNA əsaslı ceRNA-nın tənzimləyici şəbəkəsinin aşkarlanması.
-
Bütün transkriptomun ardıcıllığı - Illumina
Bütün transkriptom ardıcıllığı müəyyən bir zamanda xüsusi hüceyrələr tərəfindən transkripsiya edilən kodlaşdırma (mRNA) və kodlaşdırmayan RNT (lncRNA, circRNA və miRNA daxil olmaqla) daxil olmaqla, bütün növ RNT molekullarını profil etmək üçün nəzərdə tutulmuşdur.“Ümumi RNT ardıcıllığı” kimi də tanınan tam transkriptom ardıcıllığı, transkriptom səviyyəsində hərtərəfli tənzimləyici şəbəkələri aşkar etmək məqsədi daşıyır.NGS texnologiyasından istifadə edərək, funksional xarakteristikaya doğru ilk addımı təmin edən ceRNA analizi və birgə RNT analizi üçün bütün transkriptom məhsullarının ardıcıllığı mövcuddur.circRNA-miRNA-mRNA əsaslı ceRNA-nın tənzimləyici şəbəkəsinin aşkarlanması.
-
Prokaryotik RNT ardıcıllığı
Prokaryotik RNT ardıcıllığı, dəyişən hüceyrə transkriptomunu təhlil edərək, müəyyən bir anda RNT-nin varlığını və miqdarını aşkar etmək üçün növbəti nəsil ardıcıllığından (NGS) istifadə edir.Şirkətimizin prokaryotik RNT ardıcıllığı, xüsusi olaraq istinad genomları olan prokariotlara yönəlib, sizə transkriptom profili, gen strukturunun təhlili və s. təmin edir. O, əsas elmi tədqiqatlar, dərman preparatlarının tədqiqi və inkişafı və s. üçün geniş şəkildə tətbiq edilib.
Platforma: Illumina NovaSeq 6000
-
Metatranskriptomun ardıcıllığı
Metatranskriptom ardıcıllığı təbii mühitlərdə (məsələn, torpaq, su, dəniz, nəcis və bağırsaq) mikrobların (həm eukariotlar, həm də prokaryotlar) gen ifadəsini müəyyənləşdirir. Xüsusilə, bu xidmətlər kompleks mikrob icmalarının bütün gen ifadə profilini əldə etməyə, taksonomik analiz etməyə imkan verir. növlərin, müxtəlif ifadə olunan genlərin funksional zənginləşdirilməsi təhlili və s.
Platforma: Illumina NovaSeq 6000
