Секвенаванне ампліконаў 16S/18S/ITS - PacBio
Асаблівасці сэрвісу
● Платформа секвенавання: PacBio Revio
● Рэжым секвенавання: CCS (чытанне HiFi)
● Ампліфікацыя мэтавай вобласці з наступным тандемным звязваннем ампліконаў перад падрыхтоўкай бібліятэкі HiFi SMRT Bell
Перавагі абслугоўвання
●Вышэйшае таксанамічнае разрозненне: Tсеквенаванне кароткіх ампліконаў Хана,што дазваляе больш высока ацэньваць паказчыкі класіфікацыі OTU на ўзроўні віду.
●Высокадакладны вылік базыСеквенаванне ў рэжыме PacBio CCS (чытанне HiFi).
●Без ізаляцыіХуткая ідэнтыфікацыя мікробнага складу ў пробах навакольнага асяроддзя.
●Шырока ўжываеццаДаследаванні разнастайных мікробных супольнасцей.
●Комплексны біяінфарматычны аналізНайноўшы пакет QIIME2 (колькасны аналіз мікробнай экалогіі) з разнастайнымі аналізамі з пункту гледжання базы дадзеных, анатацый, OTU/ASV.
●Шырокі вопытШтогод BMKGENE праводзіць тысячы праектаў па секвенаванні ампліконаў, мае больш чым дзесяцігадовы вопыт, высокакваліфікаваную каманду аналітыкаў, поўны кантэнт і выдатную пасляпродажную падтрымку.
Спецыфікацыі паслуг
| Бібліятэка | Стратэгія секвенавання | Рэкамендаваныя дадзеныя |
| Амплікон | PacBio Revio | 10/30/50 тыс. тэгаў (CCS) |
Патрабаванні да ўзораў
| Канцэнтрацыя (нг/мкл) | Агульная колькасць (мкг) | Аб'ём (мкл) |
| ≥5 | ≥0,3 | ≥20 |
Рэкамендаваная дастаўка ўзораў
Замарозьце ўзоры ў вадкім азоце на працягу 3-4 гадзін і захоўвайце ў вадкім азоце або пры тэмпературы -80 градусаў для доўгатэрміновага захоўвання. Патрабуецца дастаўка ўзораў з сухім лёдам.
Працоўны працэс абслугоўвання
Дастаўка ўзораў
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвенаванне
Аналіз дадзеных
Пасляпродажнае абслугоўванне
Уключае наступны аналіз:
●Кантроль якасці неапрацаваных дадзеных
●Кластэрызацыя/падаўленне шуму OTU (ASV)
●Анатацыя OTU
●Аналіз альфа-разнастайнасці: некалькі індэксаў, у тым ліку Шэнана, Сімпсана і ACE.
●Бэта-аналіз разнастайнасці
●Міжгрупавы аналіз
●Карэляцыйны аналіз: паміж фактарамі навакольнага асяроддзя і складам і разнастайнасцю выязных
●Прагназаванне функцыянальнага гена 16S
Гістаграма таксанамічнага размеркавання
Філагенетычнае дрэва распаўсюджвання ў супольнасцях
Аналіз альфа-разнастайнасці: ACE
індэкс
Бэта-аналіз разнастайнасці: PCoA
Міжгрупавы аналіз: ANOVA
Даведайцеся пра дасягненні, якія дасягаюцца дзякуючы паслугам секвенавання ампліконаў BMKGene з PacBio, з дапамогай спецыяльна адабранай калекцыі публікацый.
Gao, X. і Wang, H. (2023) «Параўнальны аналіз бактэрыяльных профіляў і функцый рубца падчас адаптацыі да рознай феналогіі (рэгрэйн супраць травяністай) у альпійскіх мерыносаў з двума стадыямі росту на альпійскім лузе», Fermentation, 9(1), с. 16. doi: 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.
Лі, С. і інш. (2023) «Выяўленне мікробнай цёмнай матэрыі ў пустынных глебах з выкарыстаннем метагеномікі на аснове культуромікі і аналізу з высокім разрозненнем», npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), стар. 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.
Му, Л. і інш. (2022) «Уплыў соляў тоўстых кіслот на характарыстыкі ферментацыі, бактэрыяльную разнастайнасць і аэробную стабільнасць змяшанага сіласу, прыгатаванага з люцэрны, рысавай саломы і пшанічных вотруб'я», Journal of the Science of Food and Agriculture, 102(4), сс. 1475–1487. doi: 10.1002/JSFA.11482.
Ян, Дж. і інш. (2023) «Узаемадзеянне паміж біямаркерамі акісляльнага стрэсу і кішачнай мікрабіётай у антыаксідантным уздзеянні экстрактаў Sonchus brachyotus DC. пры выкліканым аксазалонам кішачным акісляльным стрэсе ў дарослых рыбак даніо рэрыа», Antioxidants 2023, т. 12, старонка 192, 12(1), с. 192. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.
