16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Перавагі абслугоўвання
● Доўгія чытанні, якія паказваюць поўную паслядоўнасць 16S/18S/ITS
● Высокадакладны базавы выклік з паслядоўнасцю ў рэжыме PacBio CCS
● Раздзяленне відавога ўзроўню ў анатацыі OTU/ASV
● Апошняя праграма аналізу QIIME2 з разнастайнымі аналізамі з пункту гледжання базы дадзеных, анатацый, OTU/ASV.
● Дастасавальна да розных мікробных даследаванняў супольнасці
● BMK валодае вялікім вопытам з больш чым 100 000 узораў у год, якія ахопліваюць глебу, ваду, газ, асадак, фекаліі, кішачнік, скуру, ферментацыйны булён, насякомых, расліны і г.д.
● BMKCloud спрыяў інтэрпрэтацыі даных, які змяшчае 45 персаналізаваных інструментаў аналізу
Спецыфікацыі абслугоўвання
| СеквеніраваннеПлатформа | Бібліятэка | Рэкамендуемыя дадзеныя | Час абароту |
| Працяг PacBio II | СМРТ-званок | Тэгі 5K/10K/20K | 44 працоўныя дні |
Біяінфарматычныя аналізы
● Кантроль якасці неапрацаваных дадзеных
● Кластэрызацыя OTU/De-noise (ASV)
● Анатацыя OTU
● Альфа-разнастайнасць
● Бэта-разнастайнасць
● Міжгрупавы аналіз
● Асацыятыўны аналіз супраць эксперыментальных фактараў
● Функцыя гена прагназавання
Узоры патрабаванняў і пастаўка
Узоры патрабаванняў:
ДляЭкстракты ДНК:
| Тып выбаркі | Сума | Канцэнтрацыя | Чысціня |
| Экстракты ДНК | > 1 мкг | > 20 нг/мкл | OD260/280 = 1,6-2,5 |
Для экалагічных узораў:
| Тып выбаркі | Рэкамендуемая працэдура адбору пробаў |
| глеба | Колькасць выбаркі: прыбл.5 г;Рэшткі засохлага рэчыва неабходна выдаліць з паверхні;Буйныя кавалачкі здрабніць і прапусціць праз 2 мм фільтр;Аліквотныя ўзоры ў стэрыльнай EP-прабірцы або цырапрабірцы для рэзервавання. |
| Фекаліі | Колькасць выбаркі: прыбл.5 г;Збярыце і аліквотуйце ўзоры ў стэрыльную EP-прабірку або крыяпрабірку для рэзервавання. |
| Змесціва кішачніка | Узоры неабходна апрацоўваць у асептычных умовах.Прамыйце сабраную тканіну PBS;Цэнтрыфугуйце PBS і збярыце асадак у EP-прабіркі. |
| Глей | Колькасць выбаркі: прыбл.5 г;Збярыце і аліквотную пробу асадка ў стэрыльную EP-прабірку або крыяпрабірку для рэзервавання |
| Вадаём | Для ўзору з абмежаванай колькасцю мікробаў, напрыклад, вадаправоднай вады, калодзежнай вады і г.д., збярыце не менш за 1 л вады і прапусціце праз фільтр 0,22 мкм, каб узбагаціць мікробы на мембране.Захоўваюць мембрану ў стэрыльнай прабірцы. |
| скура | Асцярожна саскрабіце паверхню скуры стэрыльным ватовым тампонам або хірургічным лязом і змесціце яго ў стэрыльную прабірку. |
Рэкамендаваны ўзор дастаўкі
Замарозьце ўзоры ў вадкім азоце на працягу 3-4 гадзін і захоўвайце ў вадкім азоце або -80 градусаў для працяглага захоўвання.Патрабуецца дастаўка ўзору з сухім лёдам.
Працэдура абслугоўвання
Дастаўка ўзору
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвеніраванне
Аналіз дадзеных
Пасляпродажнае абслугоўванне
1. Хуткасць анатацый прафілявання мікробнай супольнасці на аснове V3+V4(Illumina) у параўнанні з прафіляваннем на аснове поўнаметражнага (PacBio).
(Для статыстыкі выкарыстоўваліся даныя 30 выпадкова выбраных праектаў)
2. Каэфіцыент анатацыі поўнаметражнага секвеніравання ампліконаў на відавым узроўні ў розных тыпах узораў
3.Распаўсюджанне відаў
4.Філагенетычнае дрэва
Справа БМК
Уздзеянне мыш'яку выклікае пашкоджанне кішачнага бар'ера і наступную актывацыю восі кішачнік-пячонка, што прыводзіць да запалення і піраптозу печані ў качак
Апублікавана:Навука аб агульным навакольным асяроддзі,2021 год
Стратэгія паслядоўнасці:
Узоры: кантроль супраць 8 мг/кг ATO групы, якая падвяргалася ўздзеянню
Выхад дадзеных секвенирования: усяго 102 583 неапрацаваных паслядоўнасці CCS
Кантроль: 54 518 ± 747 эфектыўных CCS
Уздзеянне ATO: 45 050 ± 1675 эфектыўных CCS
Асноўныя вынікі
Альфа-разнастайнасць:Уздзеянне ATO істотна змяніла мікробнае багацце і разнастайнасць кішачніка качак.
Аналіз метастатыкаў:
На ўзроўні тыпу: 2 тыпы бактэрый выяўлены толькі ў кантрольных групах
На ўзроўні роду: выяўлена 6 родаў, якія значна адрозніваюцца па адноснай колькасці
На відавым узроўні: у агульнай складанасці выяўлена 36 відаў, 6 з якіх істотна адрозніваюцца адноснай колькасцю
Даведка
Thingholm, LB, і інш.«Асобы з атлусценнем з дыябетам 2 тыпу і без яго маюць розную функцыянальную здольнасць і склад мікраарганізмаў кішачніка».Клетка-гаспадар і мікроб26.2 (2019).
