Аналіз на транспазаза-даступны храмацін з дапамогай высокапрадукцыйнага секвенавання (ATAC-seq)
Асаблівасці сэрвісу
● Для захавання ўзаемадзеяння ДНК і бялку для службы патрабуюцца ўзоры тканін замест вынятых нуклеінавых кіслот.
● Метад ATAC уключае дысацыяцыю тканін, а затым вылучэнне ядраў, апрацоўку і ачыстку Tn5, ПЛР-ампліфікацыю, адбор памеру і секвенаванне.
● Секвенаванне ў Illumina NovaSeq
Перавагі абслугоўвання
●Высокая адчувальнасць:Для падрыхтоўкі і секвенавання бібліятэкі дастаткова невялікай пачатковай колькасці клетак.
●Высокаінфарматыўная методыкаадначасова выяўляе геномныя лакалізацыі адкрытага храматыну і актыўных рэгуляторных элементаў, такіх як сайты звязвання транскрыпцыйных фактараў.
●Добрая эксперыментальная ўзнаўляльнасцьтэхнічныя паўторы дэманструюць выдатную паўтаральнасць.
●Шырокі вопытМаючы сотні паспяхова завершаных праектаў па секвенаванні ATAC, BMKGENE мае больш чым дзесяцігадовы вопыт, высокакваліфікаваную каманду аналітыкаў, поўны кантэнт і выдатную пасляпродажную падтрымку.
●Магчымасць далучыцца да аналізу транскрыптамікі: дазваляе праводзіць інтэграваны аналіз ATAC-секвенавання з іншымі омнымі дадзенымі, такімі як РНК-секвенаванне.
● Комплексны біяінфарматычны аналіз: дазваляе не толькі ідэнтыфікаваць адкрытыя вобласці храматыну і адпаведную ім функцыянальнасць (прамотары, UT, экзоны, інтроны), але і аналізаваць адрозненні паміж адкрытымі вобласцьамі храматыну ў розных узорах.
Спецыфікацыі паслуг
| Бібліятэка | Стратэгія секвенавання | Рэкамендаваны вывад дадзеных | Кантроль якасці |
| ATAC-паслядоўнасць | Ілюміна PE150 | > 20 мільёнаў прачытанняў У залежнасці ад памеру геному (чалавек: 50 млн прачытанняў) | Q30≥85% |
Патрабаванні да ўзораў
Тып узораў: тканіны, жывыя або замарожаныя клеткі, кроў
● Колькасць клетак: ≥ 106клеткі
● Вага тканіны: ≥ 200 мг свежай тканіны
● Кроў: ≥ 4 мл
Працоўны працэс абслугоўвання
Дызайн эксперыменту
Дастаўка ўзораў
Экстракцыя ДНК
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвенаванне
Аналіз дадзеных
Пасляпродажнае абслугоўванне
Уключае наступны аналіз:
● Кантроль якасці неапрацаваных дадзеных;
● Вызначэнне пікаў на аснове мапіравання з эталонным геномам;
● Генная анатацыя на месцы піка;
● Аналіз матываў: ідэнтыфікацыя сайтаў звязвання транскрыпцыйных фактараў (TFBS);
● Дыферэнцыяльны аналіз пікаў і анатацыя.
1. Цеплавая карта на размеркаванні чытанняў ATAC у TSS і прылеглых рэгіёнах (±3 кб)
2. Размеркаванне адкрытай храматынавай вобласці ў розных кампанентах геному
3. Дыферэнцыяльны пікавы выклік паміж групамі
Азнаёмцеся з дасягненнямі ў даследаваннях, якія праводзяцца дзякуючы паслугам секвенавання ATAC ад BMKGene, з дапамогай спецыяльна адабранай калекцыі публікацый.
Фу, А.і інш.(2023) «Зборка геному тэламер-тэламер горкай дыні (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) раскрывае развіццё, склад і генетычныя характарыстыкі паспявання пладоў»,Даследаванні ў галіне садаводства, 10 (1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Гонг, Б.і інш.(2023) «Эпігенетычная і транскрыпцыйная актывацыя сакрэторнай кіназы FAM20C як анкагена ў гліёме»,Часопіс генетыкі і геномікі, 50 (6), стар. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
Ён, Й.і інш.(2023) «Бутырат змяншае рэзістэнтнасць да фераптозу пры каларэктальным раку, выклікаючы c-Fos-залежную супрэсію xCT».Акісляльна-аднаўленчая біялогія, 65, с. 102822. doi: 10.1016/J.REDOX.2023.102822.
