Зборка бактэрыяльнага геному De Novo
Мы прапануем поўны спектр паслуг па зборцы бактэрыяльнага геному, гарантуючы адсутнасць прабелаў. Гэта магчыма дзякуючы інтэграцыі тэхналогій секвенавання доўгіх счытванняў, такіх як Nanopore і PacBio для зборкі, і секвенавання кароткіх счытванняў з Illumina для праверкі зборкі і карэкцыі памылак ONT-счытванняў. Наш сэрвіс забяспечвае поўны біяінфарматычны працоўны працэс ад зборкі, функцыянальнай анатацыі да пашыранага біяінфарматычнага аналізу, выконваючы канкрэтныя даследчыя мэты. Гэты сэрвіс дазваляе распрацоўваць дакладныя эталонныя геномы для розных генетычных і геномных даследаванняў. Акрамя таго, ён фарміруе аснову для такіх прыкладанняў, як аптымізацыя штамаў, генная інжынерыя і распрацоўка мікробных тэхналогій, забяспечваючы надзейныя і безпрабелавыя геномныя дадзеныя, якія маюць вырашальнае значэнне для развіцця навуковых ведаў і біятэхналагічных інавацый.
Асаблівасці сэрвісу
● З двума магчымымі варыянтамі на выбар у залежнасці ад жаданай ступені паўнаты геному.
● Варыянт чарнавіка геному: кароткатэрміновае секвенаванне з дапамогай Illumina NovaSeq PE150.
● Поўны геном без прабелаў.
● Сборка геному з дапамогай доўгатэрміновага секвенавання на Nanopore PromethION 48 або PacBio Revio.
● Кароткатэрміновае секвенаванне на Illumina NovaSeq для праверкі геному і карэкцыі памылак (Nanopore) або для стварэння чарнавіка геному.
Перавагі абслугоўвання
●Гарантаваны геном з нулявым прабеламГэта звязана з інтэграцыяй секвенавання Illumina з секвенаваннем доўгіх чытанняў (Nanopore або PacBio).
●Поўны працоўны працэс па біяінфарматыцы:Гэта ўключае ў сябе зборку геному і прагназаванне некалькіх геномных элементаў, функцыянальную анатацыю генаў і візуалізацыю геному, такую як графік Circos.
●Шырокі вопытМаючы сабраных больш за 20 000 мікробных геномаў, BMKGENE мае больш за дзесяцігадовы вопыт, высокакваліфікаваную каманду аналітыкаў, вычарпальны кантэнт і выдатную пасляпродажную падтрымку.
●Пасляпродажная падтрымка:Нашы абавязацельствы распаўсюджваюцца і на завяршэнне праекта, бо мы прапануем 3-месячны пасляпродажны перыяд. На працягу гэтага часу мы прапануем суправаджэнне праекта, дапамогу ў ліквідацыі непаладак і сесіі пытанняў і адказаў, каб адказаць на любыя пытанні, звязаныя з вынікамі.
●Даступныя некалькі стратэгій секвенавання:Для розных даследчых мэтаў і патрабаванняў паўнаты геному.
Спецыфікацыі паслуг
| Абслугоўванне | Стратэгія секвенавання |
| Чарнавік геному | Ілюміна PE150 100x |
| 0 прабел у геноме | Нанапоры 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (дадаткова) |
Патрабаванні да ўзораў:
| Канцэнтрацыя (нг/мкл) | Агульная колькасць (мкг) | Аб'ём (мкл) | АД260/280 | АД260/230 | |
| ПакБія | ≥20 | ≥1,2 | ≥20 | 1,7-2,2 | ≥1,0 |
| Нанапоры | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1,7-2,2 | 1,0-3,0 |
| Ілюміна | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
· Бактэрыі: ≥3,5x1010 клеткі
Працоўны працэс абслугоўвання
Дастаўка ўзораў
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвенаванне
Аналіз дадзеных
Пасляпродажнае абслугоўванне
Уключае наступны аналіз:
● Кантроль якасці дадзеных секвенавання
● Зборка геному
● Аналіз кампанентаў геному: прагназаванне CDS і некалькіх геномных элементаў
● Функцыянальная анатацыя з некалькімі агульнымі базамі дадзеных (GO, KEGG і г.д.) і пашыранымі базамі дадзеных (CARD, CAZy і г.д.)
● Візуалізацыя геному
Мы прапануем геном у лёгкадаступным фармаце fasta і файле анатацыі геному (gff).
Генная анатацыя – GO
Генная анатацыя – вугляводы CAZY
Візуалізацыя геному — графік Circos
Даведайцеся пра дасягненні, якія дасягаюцца дзякуючы паслугам BMKGene па зборцы бактэрыяльнага геному, з дапамогай спецыяльна адабранай калекцыі публікацый.
Дай, У. і інш. (2023) «Адкрыццё Bacteroides uniformis F18-22 як бяспечнай і новай прабіятычнай бактэрыі для лячэння язвавага каліту ў здаровай тоўстай кішцы чалавека».Міжнародны часопіс малекулярных навук, 24(19), с. 14669. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Канг, К. і інш. (2021) «Ізаляты Proteus mirabilis з множнай лекавай устойлівасцю, якія пераносяць blaOXA-1 і blaNDM-1 з дзікай прыроды ў Кітаі: павелічэнне рызыкі для грамадскага здароўя»,Інтэгратыўная заалогія, 16 (6), стар. 798–809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Ван, Т. Т. і інш. (2017) «Поўная паслядоўнасць геному эндафіта Bacillus flexus KLBMP 4941 раскрывае механізм стымуляцыі росту раслін і генетычную аснову солеўстойлівасці».Часопіс біятэхналогіі, 260, стар. 38–41. doi: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Ван, Х. і інш. (2021) «Плазміды клебсіеллы з множнай рэпліконнай рэзістэнтнасцю апасродкуюць шырокае распаўсюджванне антымікробных генаў»,Межы ў мікрабіялогіі, 12, с. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
