BMKMANU S3000_Прасторавы транскрыптом
Тэхнічная схема прасторавага транскрыптома BMKMANU S3000
Асаблівасці
- Разрозненне: 3,5 мкМ
- Дыяметр плямы: 2,5 мкМ
- Колькасць месцаў: каля 4,2 мільёна
- 3 магчымыя фарматы вобласці захопу: 6,8 мм * 6,8 мм, 11 мм * 11 мм або 15 мм * 20 мм
- Гемаглабін і эпітэлія (H&E) і флуарэсцэнтнае афарбоўванне зрэзаў
- Магчымасць выкарыстання тэхналогіі сегментацыі клетак: інтэграцыя афарбоўвання H&E, флуарэсцэнтнага афарбоўвання і секвенавання РНК для вызначэння мяжы кожнай клеткі. Апрацоўка далей: аналіз прасторавага прафілявання на аснове клеткавага біна.
- Магчымасць шматўзроўневага аналізу з аптымальным разрозненнем: гнуткі шматўзроўневы аналіз ад 100 мкм да 3,5 мкм для вызначэння розных характарыстык тканін з аптымальным разрозненнем.
Перавагі BMKMANU S3000
- Субклеткавае разрозненне:Прыводзіць да у больш высокім выяўленні генаў і UMI на клетку, палепшанай кластарызацыі і ў цэлым больш дробных дэталях, якія адпавядаюць структуры тканін.
-Шматузроўневы аналіз разрознення:Гнуткі шматўзроўневы аналіз ад 100 мкм да 5 мкм для вырашэння розных характарыстык тканін з аптымальным разрозненнем.
-Магчымасць выкарыстання тэхналогіі сегментацыі клетак «Тры ў адным слайде»:Спалучаючы флуарэсцэнтнае афарбоўванне, афарбоўванне H&E і секвенаванне РНК на адным слайде, наш алгарытм аналізу «тры ў адным» дазваляе ідэнтыфікаваць межы клетак для наступнай транскрыптомікі на аснове клетак.
-Сумяшчальнасць з некалькімі платформамі секвенаванняДаступныя як варыянты NGS, так і секвенаванне з доўгім чытаннем.
-Гнуткая канструкцыя актыўнай зоны захопу 1-8Памер вобласці захопу гнуткі, можна выкарыстоўваць 3 фарматы.
-Абслугоўванне ў адным месцыАд крыяселекцыі да біяінфарматычнага аналізу — мы прапануем комплекснае рашэнне.
-Комплексная біяінфарматыка і зручная візуалізацыя вынікаў:Пакет уключае 29 аналізаў і больш за 100 высакаякасных малюнкаў у спалучэнні з выкарыстаннем уласнага праграмнага забеспячэння для візуалізацыі і налады падзелу клетак і кластэрызацыі плям.
-Высокакваліфікаваная тэхнічная камандаМы маем вопыт працы з больш чым 250 тыпамі тканін і больш чым 100 відамі, у тым ліку з людзьмі, мышамі, млекакормячымі, рыбамі і раслінамі.
-Абнаўленні ў рэжыме рэальнага часу па ўсім праекцеЗ поўным кантролем эксперыментальнага прагрэсу.
-Дадатковы сумесны аналіз з секвенаваннем мРНК адной клеткі
Спецыфікацыі паслуг
| Патрабаванні да ўзораў | Бібліятэка | Стратэгія секвенавання | Рэкамендаваныя дадзеныя | Кантроль якасці |
| Крыягенныя ўзоры, убудаваныя ў OCT (Аптымальны дыяметр: прыбл. 6×6×6 мм³) 2 блокі на ўзор 1 для эксперыменту, 1 для рэзервовага капіявання | Бібліятэка кДНК S3000 | Ілюміна PE150 | 160 тыс. чытанняў PE на 100 мкМ (250 Гб) | РІН > 7 |
Каб атрымаць больш падрабязную інфармацыю аб рэкамендацыях па падрыхтоўцы ўзораў і працоўным працэсе абслугоўвання, звярніцеся даЭксперт BMKGENE
Працоўны працэс абслугоўвання
На этапе падрыхтоўкі ўзору праводзіцца пачатковая спроба экстракцыі РНК у аб'ёме, каб гарантаваць атрыманне высакаякаснай РНК. На этапе аптымізацыі тканін зрэзы афарбоўваюцца і візуалізуюцца, а таксама аптымізуюцца ўмовы пермеабілізацыі для вызвалення мРНК з тканіны. Аптымізаваны пратакол затым ужываецца падчас стварэння бібліятэкі, а затым выконваецца секвенаванне і аналіз дадзеных.
Поўны працоўны працэс абслугоўвання ўключае абнаўленні ў рэжыме рэальнага часу і пацверджанні кліентаў для падтрымання хуткай зваротнай сувязі, што забяспечвае бесперабойнае выкананне праекта.
Дадзеныя, атрыманыя з дапамогай BMKMANU S3000, аналізуюцца з дапамогай праграмнага забеспячэння «BSTMatrix», незалежна распрацаванага BMKGENE, якое стварае матрыцу экспрэсіі генаў на ўзроўні клетак і з шматўзроўневым разрозненнем. На падставе гэтага фарміруецца стандартная справаздача, якая ўключае кантроль якасці дадзеных, аналіз унутранай выбаркі і міжгрупавы аналіз.
- Кантроль якасці дадзеных:
- Вывад дадзеных і размеркаванне балаў якасці
- Выяўленне генаў у кожнай кропцы
- Пакрыццё тканінамі
- Унутраны аналіз выбаркі:
- Геннае багацце
- Клятавая кластэрызацыя, у тым ліку аналіз паменшанай вымяральнасці
- Дыферэнцыяльны аналіз экспрэсіі паміж кластарамі: ідэнтыфікацыя маркерных генаў
- Функцыянальная анатацыя і ўзбагачэнне маркерных генаў
- Міжгрупавы аналіз
- Паўторнае спалучэнне плям з абодвух узораў (напрыклад, хворых і кантрольных) і паўторнае кластараванне
- Ідэнтыфікацыя маркерных генаў для кожнага кластара
- Функцыянальная анатацыя і ўзбагачэнне маркерных генаў
- Дыферэнцыяльная экспрэсія аднаго і таго ж кластара паміж групамі
Акрамя таго, распрацаваны BMKGene «BSTViewer» — гэта зручны інструмент, які дазваляе карыстальніку візуалізаваць экспрэсію генаў і кластарызацыю плям з розным дазволам.
BMKGene прапануе паслугі прасторавага прафілявання з дакладным дазволам для адной ячэйкі (на аснове ячэйкавага кантэйнера або шмат'яруснага квадратнага кантэйнера ад 100 мкм да 3,5 мкм).
Дадзеныя прасторавага прафілявання зрэзаў тканін на слайде S3000 паказалі добрыя вынікі, як паказана ніжэй.
Тэматычнае даследаванне 1: Мозг мышы
Аналіз зрэзу мозгу мышы з дапамогай S3000 дазволіў ідэнтыфікаваць ~94 000 клетак з медыянай секвенавання ~2000 генаў на клетку. Палепшанае разрозненне 3,5 мкМ прывяло да вельмі падрабязнай кластэрызацыі клетак на аснове транскрыпцыйных патэрнаў, прычым кластары клетак імітуюць дыферэнцыяваныя структуры мозгу. Гэта лёгка назіраць, візуалізуючы размеркаванне клетак, кластэрызаваных у выглядзе алігадэндрацытаў і клетак мікрагліі, якія амаль выключна размешчаны ў шэрым і белым рэчыве адпаведна.
Тэматычнае даследаванне 2: Эмбрыён мышы
Аналіз зрэзу эмбрыёна мышы з дапамогай S3000 дазволіў ідэнтыфікаваць ~2200 000 клетак з медыянай секвенавання ~1600 генаў на клетку. Палепшанае разрозненне 3,5 мкМ дазволіла вельмі дэталёва кластарызаваць клеткі на аснове транскрыпцыйных патэрнаў, з 12 кластарамі ў вобласці вока і 28 кластарамі ў вобласці мозгу.
Аналіз унутранай выбаркі Кластэрызацыя клетак:
Ідэнтыфікацыя маркерных генаў і прасторавае размеркаванне:
- больш высокае субклеткавае разрозненне: у параўнанні са слайдам S1000, кожная вобласць захопу S3000 утрымлівала >4 мільёны прасторавых штрых-кодаваных плям дыяметрам 2,5 мкм і адлегласцю 3,5 мкм паміж цэнтрамі плям, што дазваляе праводзіць прасторавы транскрыптомны аналіз з больш высокім субклеткавым разрозненнем (квадратны інтэрвал: 3,5 мкм).
- Больш высокая эфектыўнасць захопу: у параўнанні са слайдам S1000, Median_UMI павялічыўся з 30% да 70%, Median_Gene павялічыўся з 30% да 60%
Схема мікрасхемы S1000:
Схема мікрасхемы S3000:
