Масавы сегрэгантны аналіз
Перавагі абслугоўвання
Такагі і інш., The Plant Journal, 2013
● Дакладная лакалізацыя: змешванне груп ад 30+30 да 200+200 асобін для мінімізацыі фонавага шуму;прагназаванне рэгіёну кандыдата на аснове несінанімічных мутантаў.
● Комплексны аналіз: паглыбленая анатацыя функцыі гена-кандыдата, у тым ліку NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG і г.д.
● Хутчэйшы тэрмін выканання: хуткая лакалізацыя гена на працягу 45 працоўных дзён.
● Шырокі вопыт: BMK унёс свой уклад у лакалізацыю тысяч прыкмет, ахопліваючы розныя віды, такія як сельскагаспадарчыя культуры, водныя прадукты, лес, кветкі, садавіна і г.д.
Спецыфікацыі абслугоўвання
Насельніцтва:
Раздзяленне нашчадкаў бацькоў з супрацьлеглымі фенатыпамі.
напрыклад, нашчадства F2, зваротнае скрыжаванне (BC), рэкамбінантная інбрэдная лінія (RIL)
Змяшальны басейн
Для якасных прыкмет: ад 30 да 50 асобін (мінімум 20) / маса
Для колькасных паказчыкаў: ад 5% да 10% асобін з крайнімі фенатыпамі ва ўсёй папуляцыі (мінімум 30+30).
Рэкамендуемая глыбіня паслядоўнасці
Прынамсі 20X/бацька і 1X/асобіна нашчадства (напрыклад, для нашчадства, якое змешваецца з 30+30 асобін, глыбіня паслядоўнасці будзе 30X на масу)
Біяінфарматычныя аналізы
● Рэсеквенаванне поўнага геному
● Апрацоўка дадзеных
● Выклік SNP/Indel
● Рэгіён-кандыдат
● Анатацыя функцыі гена-кандыдата
Узоры патрабаванняў і пастаўка
Узоры патрабаванняў:
Нуклеатыды:
| ўзор гДНК | Узор тканіны |
| Канцэнтрацыя: ≥30 НГ/мкл | Расліны: 1-2 гр |
| Колькасць: ≥2 мкг (аб'ём ≥15 мкл) | Жывёлам: 0,5-1 г |
| Чысціня: OD260/280 = 1,6-2,5 | Суцэльная кроў: 1,5 мл |
Працэдура абслугоўвання
Дызайн эксперыменту
Дастаўка ўзору
Вылучэнне РНК
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвеніраванне
Аналіз дадзеных
Пасляпродажнае абслугоўванне
1. База аналізу асацыяцыі на эўклідавай адлегласці (ED) для вызначэння рэгіёна-кандыдата.На наступным малюнку
Вось X: лік храмасом;Кожная кропка ўяўляе значэнне ED SNP.Чорная лінія адпавядае падагнанаму значэнню ED.Больш высокае значэнне ED паказвае на больш значную сувязь паміж сайтам і фенатыпам.Чырвоная штрыхавая лінія ўяўляе парог значнай сувязі.
2.Аналіз асацыяцый на аснове адсутнасці SNP-індэксу
Вось X: лік храмасом;Кожная кропка ўяўляе значэнне SNP-індэкса.Чорная лінія азначае падагнанае значэнне індэкса SNP.Чым большае значэнне, тым больш значная асацыяцыя.
Справа БМК
Галоўны локус колькаснага прыкметы Fnl7.1 кадуе багаты бялок позняга эмбрыягенезу, звязаны з даўжынёй шыйкі плёну ў агурка
Апублікавана: Часопіс біятэхналогіі раслін, 2020 год
Стратэгія паслядоўнасці:
Бацькі (Jin5-508, YN): перасеквеніраванне ўсяго геному для 34× і 20×.
Пулы ДНК (50 з доўгай шыяй і 50 з кароткай шыяй): паўторнае секвеніраванне для 61× і 52×
Асноўныя вынікі
У гэтым даследаванні сегрэгацыйная папуляцыя (F2 і F2:3) была створана шляхам скрыжавання лініі Jin5-508 агуркоў з доўгай шыяй і YN з кароткай шыяй.Два пулы ДНК былі створаны 50 асобінамі з вельмі доўгай шыяй і 50 асобінамі з вельмі кароткай шыяй.Асноўны эфект QTL быў ідэнтыфікаваны на Chr07 шляхам аналізу BSA і традыцыйнага адлюстравання QTL.Вобласць-кандыдат была дадаткова звужана з дапамогай дакладнага адлюстравання, колькаснага вызначэння экспрэсіі генаў і трансгенных эксперыментаў, якія выявілі ключавы ген у кантролі даўжыні шыі, CsFnl7.1.Акрамя таго, было ўстаноўлена, што палімарфізм у вобласці промотора CsFnl7.1 звязаны з адпаведнай экспрэсіяй.Далейшы філагенетычны аналіз паказаў, што локус Fnl7.1, хутчэй за ўсё, паходзіць з Індыі.
 QTL-адлюстраванне ў аналізе BSA для ідэнтыфікацыі рэгіёну-кандыдата, звязанага з даўжынёй шыйкі агурка |  Профілі LOD агурка QTL даўжынёй да шыі, выяўленыя на Chr07 |
Сюй, X. і інш.«Локус колькаснага прыкметы галоўнага эфекту Fnl7.1 кадуе багаты бялок позняга эмбрыягенезу, звязаны з даўжынёй шыйкі плёну ў агурка».Часопіс біятэхналогіі раслін 18.7 (2020).
