Поўнае секвенаванне мРНК -PacBio
Асаблівасці
● сінтэз кДНК з полі-А мРНК з наступнай падрыхтоўкай бібліятэкі
● Секвенаванне ў рэжыме CCS, генерацыя HiFi-чытаў
● Паслядоўнасць поўных транскрыптаў
● Для аналізу не патрабуецца эталонны геном; аднак яго можна выкарыстоўваць
● Біяінфарматычны аналіз дазваляе аналізаваць транскрыпты ізаформы даўжэйшай некротычнай РНК, зліцці генаў, поліадэніляванне і структуру генаў
Перавагі абслугоўвання
●Высокая дакладнасцьHiFi счытвае з дакладнасцю >99,9% (Q30), што параўнальна з NGS
● Аналіз альтэрнатыўнага сплайсінгусеквенаванне ўсіх транскрыптаў дазваляе ідэнтыфікаваць і характарызаваць ізаформы
●Шырокі вопытМаючы за плячыма больш за 1100 праектаў па распрацоўцы транскрыптомаў PacBio і апрацоўцы больш за 2300 узораў, наша каманда прыўносіць багаты вопыт у кожны праект.
●Пасляпродажная падтрымкаНашы абавязацельствы распаўсюджваюцца і на завяршэнне праекта, бо мы прапануем 3-месячны пасляпродажны перыяд абслугоўвання. На працягу гэтага часу мы прапануем суправаджэнне праекта, дапамогу ў ліквідацыі непаладак і сесіі пытанняў і адказаў, каб адказаць на любыя пытанні, звязаныя з вынікамі.
Патрабаванні да ўзораў і дастаўка
| Бібліятэка | Стратэгія секвенавання | Рэкамендаваныя дадзеныя | Кантроль якасці |
| Бібліятэка CCS мРНК, узбагачанай поліА, | PacBio Sequel II PacBio Revio | 20/40 Гб 5/10 млн CCS | Q30≥85% |
Патрабаванні да ўзораў:
Нуклеатыды:
● Расліны:
Корань, сцябло або пялёстак: 450 мг
Ліст або насенне: 300 мг
Фрукты: 1,2 г
● Жывёла:
Сэрца або кішачнік: 300 мг
Вантробы або мозг: 240 мг
Мышцы: 450 мг
Косці, валасы або скура: 1 г
● Членістаногія:
Насякомыя: 6 г
Ракападобныя: 300 мг
● Цэльная кроў1 трубка
● Клеткі: 106 клеткі
| Канцэнтрацыя (нг/мкл) | Колькасць (мкг) | Чысціня | Цэласнасць |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | АД260/280=1,7-2,5 АД260/230=0,5-2,5 Абмежаванае або адсутнае забруджванне бялком або ДНК на гелі. | Для раслін: RIN≥7,5; Для жывёл: RIN ≥ 8,0; 5,0≥ 28S/18S≥1,0; абмежаванае або адсутнае ўзвышэнне базавай лініі |
Рэкамендаваная дастаўка ўзораў
Кантайнэр: Цэнтрыфужная прабірка аб'ёмам 2 мл (не рэкамендуецца выкарыстоўваць алавяную фальгу)
Прыклад маркіроўкі: Група + паўтараць, напрыклад, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Адгрузка:
1. Сухі лёд: Узоры неабходна спакаваць у пакеты і закапаць у сухі лёд.
2. Прабіркі для стабілізацыі РНК: узоры РНК можна высушыць у прабірцы для стабілізацыі РНК (напрыклад, RNAstable®) і перавозіць пры пакаёвай тэмпературы.
Працоўны працэс абслугоўвання
Дызайн эксперыменту
Дастаўка ўзораў
Экстракцыя РНК
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвенаванне
Аналіз дадзеных
Пасляпродажнае абслугоўванне
Уключае наступны аналіз:
● Кантроль якасці неапрацаваных дадзеных
● Альтэрнатыўны поліадэнілацыйны аналіз (APA)
● Аналіз транскрыптаў Fusion
● Аналіз альтэрнатыўнага сплайсінгу
● Аналіз універсальных аднакопійных ортологаў (BUSCO) для параўнання
● Аналіз новых транскрыптаў: прагназаванне кадуючых паслядоўнасцей (CDS) і функцыянальная анатацыя
● Аналіз днРНК: прагназаванне днРНК і мішэняў
● Ідэнтыфікацыя мікраспадарожнікаў (SSR)
Аналіз BUSCO
Альтэрнатыўны аналіз сплайсінгу
Альтэрнатыўны аналіз поліадэнілавання (APA)
Функцыянальная анатацыя новых транскрыптаў
Азнаёмцеся з дасягненнямі, якія дасягаюцца дзякуючы паслугам поўнапамернага секвенавання мРНК Nanopore ад BMKGene, у гэтай публікацыі.
Ma, Y. і інш. (2023) «Параўнальны аналіз метадаў секвенавання РНК PacBio і ONT для ідэнтыфікацыі яду Nemopilema Nomurai», Genomics, 115(6), с. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Chao, Q. і інш. (2019) «Дынаміка развіцця транскрыптома сцябла Populus», Plant Biotechnology Journal, 17(1), стар. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Дэн, Х. і інш. (2022) «Дынамічныя змены ўтрымання аскарбінавай кіслаты падчас развіцця і паспявання пладоў Actinidia latifolia (багатай на аскарбат пладовай культуры) і звязаныя з імі малекулярныя механізмы», Міжнародны часопіс малекулярных навук, 23(10), с. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Хуа, Х. і інш. (2022) «Эфектыўнае прагназаванне генаў біясінтэтычных шляхоў, якія ўдзельнічаюць у біяактыўных поліфілінах у Paris polyphylla», Communications Biology 2022 5:1, 5(1), сс. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Лю, М. і інш. (2023) «Камбінаваны аналіз PacBio Iso-Seq і Illumina RNA-Seq транскрыптома і генаў цытахрому P450 Tuta absoluta (Meyrick)», Insects, 14(4), с. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Ван, Ліцзюнь і інш. (2019) «Даследаванне складанасці транскрыптомаў з выкарыстаннем аналізу адной малекулы PacBio ў рэжыме рэальнага часу ў спалучэнні з секвенаваннем РНК Illumina для лепшага разумення біясінтэзу рыцыналевай кіслаты ў Ricinus communis», BMC Genomics, 20(1), стар. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
