BMKCloud Log in
条形банер-03

прадукты

Секвенирование ДНК/РНК -PacBio Sequencer

Платформа секвенирования PacBio - гэта доўгачытаная платформа секвенирования, якая таксама вядомая як адна з тэхналогій секвенирования трэцяга пакалення (TGS).Асноўная тэхналогія, аднамалекулярная тэхналогія рэальнага часу (SMRT), дазваляе генераваць чытанні з дзесяткамі кілабаз у даўжыню.На аснове «Секвеніравання праз сінтэз» раздзяленне аднаго нуклеатыду дасягаецца з дапамогай хвалявода з нулявым рэжымам (ZMW), дзе асвятляецца толькі абмежаваны аб'ём унізе (месца сінтэзу малекулы).Акрамя таго, SMRT-секвеніраванне ў значнай ступені дазваляе пазбегнуць зрушэння ў залежнасці ад паслядоўнасці ў сістэме NGS, паколькі большасць этапаў ПЦР-ампліфікацыі не патрабуецца ў працэсе стварэння бібліятэкі.

 

Платформа: Sequel II, Revio


Падрабязнасці абслугоўвання

Дэманстрацыйныя вынікі

Асаблівасці

Два рэжыму секвенсора на секвенсоре PacBio: бесперапыннае доўгае чытанне (CLR) і кругавое кансенсуснае чытанне (CCS)

Рэжым паслядоўнасці Памер бібліятэкі Тэарэтычныя дадзеныяВыхад (на клетку) АднабазаваяДакладнасць Прыкладанні
CLR 20Kb, 30Kb і г.д. Ад 80 Гб да 130 Гб Прыбл.85% Нанова, выклік SV і г.д.
CCS 15-20 Кб

Ад 14 да 40 Гб/ячэйку (Працяг II)

Ад 70 да 110 Гб/ячэйку (Revio)

Залежыць ад узораў

Прыбл.99% Нанова, выклік SNP/Indel/SV, Iso-Seq,

Параўнанне прадукцыйнасці і функцый Revio і Sequel II

Умовы

Сістэма Sequel II

Сістэма Revio

Павялічыць

Больш высокая шчыльнасць

8 мільёнаў ZMW

25 мільёнаў ZMW

3x

Самастойныя этапы

1

4

4x

Больш кароткі час працы

30 гадзін

24 гадзіны

1,25x

30X HiFi геномаў чалавека ў год

88

1300

15x у цэлым

Перавагі абслугоўвання

● Больш за 8 гадоў вопыту на платформе секвенирования PacBio з тысячамі закрытых праектаў з рознымі відамі.

● Цалкам абсталяваны найноўшымі платформамі PacBio Sequencing, Revio, каб гарантаваць дастатковую прапускную здольнасць секвеніравання.

● Хутчэйшы час апрацоўкі, большы выхад даных і больш дакладныя даныя.

● Удзельнічаў у сотнях уплывовых публікацый на аснове PacBio.

Узоры патрабаванняў


Тып выбаркі Сума Канцэнтрацыя (Qubit®) Аб'ём Чысціня Іншыя
Геномная ДНК Залежыць ад патрабаванняў да дадзеных ≥50 НГ/мкл ≥15 мкл OD260/280=1,7-2,2;
OD260/230=1,8-2,5;
Ясны пік пры 260 нм,ніякіх забруджванняў
Канцэнтрацыю неабходна вымяраць кубітам і кубітам/нанапорам = 0,8-2,5
Агульная РНК ≥1,2 мкг ≥120 НГ/мкл ≥15 мкл OD260/280=1,7-2,5;
OD260/230=0,5-2,5;ніякіх забруджванняў

Значэнне RIN ≥7,5

5≥28S/18S≥1

 

Працэс абслугоўвання

падрыхтоўка пробы

Падрыхтоўка пробы

Падрыхтоўка бібліятэкі

Будаўніцтва бібліятэкі

Секвеніраванне

Секвеніраванне

Аналіз дадзеных

Аналіз дадзеных

Узор КК

Здача праекта


  • Папярэдняя:
  • далей:

  • 1. Выхад уласных дадзеных

    Дадзеныя, атрыманыя з 63 клетак CCS (з 26 відаў)

    ДАДЗЕНЫЯ-PacBio-CCS-15 Кб Сярэдні Макс Мін Медыяна
    Выхад - субчытанні (Гб) 421.12 544,27 221,38 426,58
    Yiled - CCS (Гб) 25.93 38,59 10.86 25.43
    Палімераза N50 145651 175 430 118,118 144 689
    Падчыткі N50 17 509 23 924 12 485 17 584
    CCS N50 14 490 19 034 9 876 14 747
    Сярэдняя даўжыня-Палімераза 67 995 89379 49 664 66 433
    Сярэдняя даўжыня 15 866 21 036 11 657 16 012
    Сярэдняя даўжыня-CCS 14 489 19 074 8 575 14 655

    Дадзеныя, атрыманыя з 16 клетак CLR (з 76 відаў)

    DATA-PacBio-CLR-30Kb Сярэдні Макс Мін Медыяна
    Выхад - субчытанні (Гб) 142,20 291,40 50,55 142,49
    Палімераза N50 39 456 121,191 15 389 35 231
    Падчыткі N50 28 490 41 012 14 430 29 063
    Сярэдняя даўжыня-Палімераза 22 063 48 886 8 747 21 555
    Сярэдняя даўжыня 17 720 27 225 8 293 17 779

    2. Дадзеныя QC – ДэмаСтатыстыка выхаду дадзеных

    Узор

    ccs Чытае нумар

    Агульная колькасць ccs баз (bp)

    ccs Чытае N50 (bp)

    ccs Сярэдняя даўжыня (bp)

    ccs Самае доўгае чытанне (bp)

    субчытае базы (bp)

    стаўка ccs (%)

    PB_BMKxxx

    3,444,159

    54,164,122,586

    15 728

    15 726

    36,110

    863326330465

    6.27

     

    атрымаць цытату

    Напішыце тут сваё паведамленне і адпраўце яго нам

    Адпраўце нам паведамленне: