Секвенаванне эўкарыятычнай мРНК - NGS
Асаблівасці
● Дадатковая падрыхтоўка накіраванай бібліятэкі мРНК для атрымання спецыфічных для ланцуга дадзеных секвенавання
● Розныя бізнес-аналізы пакрываюць усе патрэбы нашых кліентаў
Перавагі
●Шырокі вопытМы апрацавалі больш за 600 000 узораў, якія ахопліваюць розныя тыпы, такія як клетачныя культуры, тканіны і біялагічныя вадкасці. Мы прыўносім свой багаты вопыт у кожны праект.
●Строгі кантроль якасціМы ўкараняем асноўныя кантрольныя пункты на ўсіх этапах, ад падрыхтоўкі ўзораў да падрыхтоўкі бібліятэкі, секвенавання і біяінфарматыкі. Наш старанны маніторынг гарантуе атрыманне пастаянна высакаякасных вынікаў.
●Падрабязная анатацыяМы выкарыстоўваем некалькі баз дадзеных для функцыянальнай анатацыі дыферэнцыяльна экспрэсаваных генаў (DEG) і правядзення адпаведных аналізаў узбагачэння. Гэты комплексны падыход дае ўяўленне аб клетачных і малекулярных працэсах, якія ляжаць у аснове транскрыптомнага адказу, гарантуючы, што вы атрымаеце ўсю магчымую інфармацыю аб дадзеных вашага эксперыменту.
●Пасляпродажная падтрымкаМы разумеем, наколькі важна быць прысутным на праекце, таму нашы абавязацельствы распаўсюджваюцца і на завяршэнне праекта, бо мы прапануем 3-месячны пасляпродажны перыяд. На працягу гэтага часу мы прапануем суправаджэнне праекта, дапамогу ў ліквідацыі непаладак і сесіі пытанняў і адказаў, каб адказаць на любыя пытанні, звязаныя з вынікамі.
Патрабаванні да ўзораў і дастаўка
| Бібліятэка | Стратэгія секвенавання | Рэкамендаваныя дадзеныя | Кантроль якасці |
| Узбагачаны полі А | Ілюміна PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 Гб | Q30≥85% |
Патрабаванні да ўзораў:
Нуклеатыды:
Мінімальныя патрабаванні да ўзору:
| Канцэнтрацыя (нг/мкл) | Колькасць (мкг) | Чысціня | Цэласнасць | |
| Стандартная бібліятэка | ≥ 10 | ≥ 0,2 | АД260/280=1,7-2,5 АД260/230=0,5-2,5 Абмежаванае або адсутнае забруджванне бялком або ДНК на гелі. | Для раслін: RIN≥4,0; Для жывёл: RIN ≥ 4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; абмежаванае або адсутнае ўзвышэнне базавай лініі |
| Бібліятэка накіравання | ≥ 10 | ≥ 0,2 | АД260/280=1,7-2,5 АД260/230=0,5-2,5 Абмежаванае або адсутнае забруджванне бялком або ДНК на гелі. | Для раслін: RIN≥4,0; Для жывёл: RIN ≥ 4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; абмежаванае або адсутнае ўзвышэнне базавай лініі |
| Расліны | Жывёла | Членістаногія | Цэльная кроў | Клеткі |
| Корань, сцябло або пялёстак: 450 мг Ліст або насенне: 300 мг Фрукты: 1,2 г | Сэрца або кішачнік: 300 мг Вантробы або мозг: 240 мг Мышцы: 450 мг Косці, валасы або скура: 1 г | Насякомыя: 6 г Ракападобныя: 300 мг | 1 трубка | 106 клетак |
Рэкамендаваная дастаўка ўзораў
Ёмістасць: цэнтрыфужная прабірка аб'ёмам 2 мл (не рэкамендуецца выкарыстоўваць алавяную фальгу)
Прыклад маркіроўкі: Група + паўтараць, напрыклад, A1, A2, A3; B1, B2, B3... ...
Адгрузка:
1. Сухі лёд: Узоры неабходна спакаваць у пакеты і закапаць у сухі лёд.
2. Прабіркі для стабілізацыі РНК: узоры РНК можна высушыць у прабірцы для стабілізацыі РНК (напрыклад, RNAstable®) і перавозіць пры пакаёвай тэмпературы.
Патрабаванні да ўзораў і дастаўка
Дызайн эксперыменту
Дастаўка ўзораў
Экстракцыя РНК
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвенаванне
Аналіз дадзеных
Пасляпродажнае абслугоўванне
Біяінфарматыка
Для ўзораў з даступным эталонным геномам аналіз BI выглядае наступным чынам:
ØКантроль якасці неапрацаваных дадзеных
ØВыраўноўванне эталоннага геному
ØАналіз структуры транскрыпта
ØКолькасная ацэнка экспрэсіі
ØДыферэнцыяльны аналіз экспрэсіі
ØАнатацыя і ўзбагачэнне функцый
Для ўзораў без эталоннага геному даступны наступны варыянт:
• Кантроль якасці неапрацаваных дадзеных
•Зборка з аптымізацыяй структуры
•Дыферэнцыяльны аналіз экспрэсіі
•Анатацыя і ўзбагачэнне функцый
Выраўноўванне эталоннага геному
Насычанасць дадзенымі
Карэляцыя ўзораў і ацэнка біялагічных паўтораў
Дыферэнцыяльна экспрэсаваныя гены (DEG)
Функцыянальная анатацыя дыферэнцыяльных дыяпазонаў
Функцыянальнае ўзбагачэнне дыферэнцыяльных энергій
Даведайцеся пра дасягненні, якія дасягаюцца дзякуючы паслугам секвенавання мРНК эўкарыятычных NGS ад BMKGene, з дапамогай спецыяльна адабранай калекцыі публікацый.
Huang, L. et al. (2023) «Трыклазан і трыклакарбан аслабляюць нюхальныя здольнасці залатых рыбак, абмяжоўваючы распазнаванне паху, парушаючы перадачу нюхальных сігналаў і парушаючы апрацоўку нюхальнай інфармацыі».Даследаванні вады, 233, с. 119736. doi: 10.1016/J.WATRES.2023.119736.
Jia, LJ і інш. (2023) «Aspergillus fumigatus захоплівае чалавечы p11, каб перанакіраваць фагасомы, якія змяшчаюць грыбы, на недэградатыўны шлях».Клетка-гаспадар і мікроб, 31 (3), стар. 373-388.e10. doi: 10.1016/J.CHOM.2023.02.002.
Джын, К. і інш. (2022) «Фактары транскрыпцыі TCP, якія ўдзельнічаюць у развіцці парасткаў бамбука ма (Dendrocalamus latiflorus Munro)»,Перадгісторыя ў расліназнаўстве, 13, с. 884443. doi: 10.3389/FPLS.2022.884443/BIBTEX.
Вэнь, Х. і інш. (2022) «Геном хрызантэмы лавандалілісты і малекулярны механізм, які ляжыць у аснове розных тыпаў капітулума»,Даследаванні ў галіне садаводства, 9. doi: 10.1093/HR/UHAB022.
Чжан, Юйцзе і інш. (2023) «Каскадны нанарэактар для ўзмацнення сонадынамічнай тэрапіі каларэктнага раку праз сінергічную ўзмацненне ROS і блакаду аўтафагіі».Нана сёння, 49, с. 101798. doi: 10.1016/J.NANTOD.2023.101798.
