Экзасомнае секвенаванне малых РНК - Illumina
Асаблівасці
● У якасці ўваходнага матэрыялу выкарыстоўваецца экзасомная агульная РНК. Падчас ачысткі для вылучэння міРНК выкарыстоўваюцца мікраРНК-кукурузныя шарыкі.
● Біяінфарматычны аналіз, сканцэнтраваны на прагназаванні міРНК і іх мішэняў.
Перавагі абслугоўвання
● Комплексны біяінфарматычны аналіз: дазваляе ідэнтыфікаваць як вядомыя, так і новыя міРНК, ідэнтыфікаваць мішэні міРНК, а таксама адпаведна функцыянальна анатаваць і ўзбагачаць з дапамогай некалькіх баз дадзеных (KEGG, GO).
● Строгі кантроль якасці: Мы ўкараняем асноўныя кантрольныя пункты на ўсіх этапах, ад падрыхтоўкі ўзораў і бібліятэк да секвенавання і біяінфарматыкі. Гэты дбайны маніторынг гарантуе атрыманне пастаянна высакаякасных вынікаў.
● Пасляпродажная падтрымка: Нашы абавязацельствы распаўсюджваюцца і на завяршэнне праекта, бо мы прапануем 3-месячны пасляпродажны перыяд абслугоўвання. На працягу гэтага часу мы прапануем суправаджэнне праекта, дапамогу ў ліквідацыі непаладак і сесіі пытанняў і адказаў, каб адказаць на любыя пытанні, звязаныя з вынікамі.
Патрабаванні да ўзораў і дастаўка
| Бібліятэка | Платформа | Рэкамендаваныя дадзеныя | Кантроль якасці дадзеных |
| Вылучэнне экзасомнай міРНК | Ілюміна SE50 | 10–20 мільёнаў чытанняў | Q30≥85% |
Патрабаванні да ўзораў
Нуклеатыды:
| Колькасць (нг) | Аб'ём (мкл) |
| 40 | 20 |
Тканіна:
Экзасома: 100 мкл; 40 мкг; >10^9 часціц/мл
Сыроватка/плазма: 5 мл
Супернатант клетачнай культуры: 100 мл
Мача: 100 мл
Сліна: 15 мл
Вылучэнні з носа: 15 мл
Спіннамазгавая вадкасць: 15 мл
Амніятычная вадкасць: 50 мл
Сперма: 5 мл
Жоўць: 5 мл
Асцыт: 50 мл
Малако: 15 мл
Фалікулярная вадкасць: 15 мл
Фекальны супернатант: 50 мл
Супернатант мікробнай культуры: 100 мл
Жывёльныя тканіны: 3 г
Раслінная тканіна: 1 г
Рэкамендаваная дастаўка ўзораў
Ёмістасць: прабірка для цэнтрыфугі аб'ёмам 2 мл (не рэкамендуецца выкарыстоўваць алавяную фальгу)
Прыклад маркіроўкі: Група + паўтараць, напрыклад, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Адгрузка:
1. Сухі лёд: Узоры неабходна спакаваць у пакеты і закапаць у сухі лёд.
2. Прабіркі для стабілізацыі РНК: узоры РНК можна высушыць у прабірцы для стабілізацыі РНК (напрыклад, RNAstable®) і перавозіць пры пакаёвай тэмпературы.
Працоўны працэс абслугоўвання
Дызайн эксперыменту
Дастаўка ўзораў
Экстракцыя РНК
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвенаванне
Аналіз дадзеных
Пасляпродажнае абслугоўванне
Біяінфарматыка
● Кантроль якасці неапрацаваных дадзеных
● класіфікацыя рРНК
● Выраўноўванне з эталонным геномам
● Ідэнтыфікацыя вядомых і новых міРНК
● Дыферэнцыяльны аналіз экспрэсіі міРНК
● Функцыянальная анатацыя мішэняў міРНК
Ідэнтыфікацыя міРНК: структура і глыбіня
Дыферэнцыяльная экспрэсія міРНК — іерархічная кластэрызацыя
Функцыянальная анатацыя мішэні дыферэнцыяльна экспрэсаваных міРНК
