Зборка геному грыбка De novo
BMKGENE прапануе універсальныя рашэнні для грыбковых геномаў, задавальняючы разнастайныя патрэбы даследаванняў і жаданую паўнату геному. Выкарыстанне толькі кароткатэрміновага секвенавання Illumina дазваляе стварыць чарнавік геному. Кароткія і доўгія секвенаванне з выкарыстаннем Nanopore або Pacbio спалучаюцца для атрымання больш вытанчанага грыбковага геному з больш доўгімі кантыгамі. Больш за тое, інтэграцыя Hi-C секвенавання яшчэ больш пашырае магчымасці, дазваляючы атрымаць поўны геном на ўзроўні храмасом.
Асаблівасці сэрвісу
З трыма магчымымі варыянтамі на выбар у залежнасці ад жаданай ступені паўнаты геному:
● Варыянт чарнавіка геному: кароткатэрміновае секвенаванне з дапамогай Illumina NovaSeq PE150.
● Варыянт тонкага геному грыбоў:
Геномны агляд: Illumina NovaSeq PE150.
Зборка геному: PacBio Revio (чытае HiFi) або Nanopore PromethION 48.
● Геном грыбоў на ўзроўні храмасом:
Геномны агляд: Illumina NovaSeq PE150.
Зборка геному: PacBio Revio (чытае HiFi) або Nanopore PromethION 48.
Contig-анкераванне з дапамогай зборкі Hi-C.
Перавагі абслугоўвання
●Даступныя некалькі стратэгій секвенаванняДля розных даследчых мэтаў і патрабаванняў паўнаты геному
●Поўны працоўны працэс па біяінфарматыцы:Гэта ўключае ў сябе зборку геному і прагназаванне некалькіх геномных элементаў, функцыянальную анатацыю генаў і замацаванне контигаў.
●Шырокі вопытМаючы больш за 12 000 сабраных мікробных геномаў, мы прапануем больш за дзесяцігадовы вопыт, высокакваліфікаваную каманду аналітыкаў, вычарпальны кантэнт і выдатную пасляпродажную падтрымку.
●Пасляпродажная падтрымка:Нашы абавязацельствы распаўсюджваюцца і на завяршэнне праекта, бо мы прапануем 3-месячны пасляпродажны перыяд абслугоўвання. На працягу гэтага часу мы прапануем суправаджэнне праекта, дапамогу ў ліквідацыі непаладак і сесіі пытанняў і адказаў, каб адказаць на любыя пытанні, звязаныя з вынікамі.
Спецыфікацыі паслуг
| Абслугоўванне | Стратэгія секвенавання | Кантроль якасці |
| Чарнавік геному | Ілюміна PE150 100x | Q30≥85% |
| Вытанчаны геном | Геномны агляд: Illumina PE150 50 x Зборка: PacBio HiFi 30x або Nanopore 100x | кантыг N50 ≥1Mb (аднаклетачны Pacbio) кантыг N50 ≥2Mb (ONT аднаклетачны) кантыг N50 ≥500 кб (іншыя) |
| Геном на ўзроўні храмасом | Геномны агляд: Illumina PE150 50 x Зборка: PacBio HiFi 30x або Nanopore 100x Hi-C зборка 100x | Каэфіцыент замацавання Contig > 90%
|
Патрабаванні да абслугоўвання
| Канцэнтрацыя (нг/мкл) | Агульная колькасць (мкг) | Аб'ём (мкл) | АД260/280 | АД260/230 | |
| ПакБія | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1,7-2,2 | ≥1,6 |
| Нанапоры | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1,7-2,2 | 1,0-3,0 |
| Ілюміна | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
Аднаклетачны грыб: ≥3,5x1010 клеткі
Макрагрыбы: ≥10 г
Працоўны працэс абслугоўвання
Дастаўка ўзораў
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвенаванне
Аналіз дадзеных
Пасляпродажнае абслугоўванне
Уключае наступны аналіз:
Геномнае даследаванне:
- Кантроль якасці дадзеных секвенавання
- Ацэнка геному: памер, гетэразіготнасць, паўтаральныя элементы
Вытанчаная зборка геному:
- Кантроль якасці дадзеных секвенавання
- Дэ-новаАсамблея
- Аналіз кампанентаў геному: прагназаванне CDS і некалькіх геномных элементаў
- Функцыянальная анатацыя з некалькімі агульнымі базамі дадзеных (GO, KEGG і г.д.) і пашыранымі базамі дадзеных (CARD, VFDB і г.д.)
Зборка Hi-C:
- Ацэнка бібліятэкі Hi-C.
- Кантыгі замацоўваюць кластэрызацыю, упарадкаванне і арыентацыю
- Ацэнка зборкі HI-C: на аснове эталоннага геному і цеплавой карты
Агляд геному: размеркаванне k-мераў
Зборка геному: гамалагічныя анатацыі генаў (база дадзеных NR)
Зборка геному: функцыянальная анатацыя генаў (GO)
Даведайцеся пра дасягненні, якія дасягаюцца дзякуючы паслугам BMKGene па зборцы грыбковых геномаў, з дапамогай спецыяльна адабранай калекцыі публікацый.
Хао, Дж. і інш. (2023) «Інтэграванае омічнае прафіляванне лекавага грыба Inonotus obliquus ва ўмовах апускання».Геноміка BMC, 24(1), с. 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURES/3.
Лу, Л. і інш. (2023) «Секвенаванне геному раскрывае эвалюцыю і патагенныя механізмы ўзбуджальніка востравочнай плямістасці пшаніцы Rhizoctonia cerealis».Часопіс «Ураджай», 11 (2), стар. 405–416. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. і інш. (2023) «Геномы чатырох відаў Clarireedia, якія выклікаюць даляравую плямістасць на разнастайных дзярнінах».Хваробы раслін, 107(3), с. 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Чжан, С.С. і інш. (2023) «Генетычныя і малекулярныя доказы тэтрапалярнай сістэмы спарвання ў ядомага грыба Grifola frondosa».Часопіс грыбоў, 9(10), с. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
