Узаемадзеянне храмаціну на аснове Hi-C
Асаблівасці сэрвісу
● Секвенаванне на Illumina NovaSeq з PE150.
● Для абслугоўвання патрабуюцца ўзоры тканін, а не экстрагаваныя нуклеінавыя кіслоты, для звязвання з фармальдэгідам і захавання ўзаемадзеяння ДНК з бялком.
● Эксперымент Hi-C прадугледжвае рэстрыкцыю і рамонт ліпкіх канцоў біятынам, а затым цыркулярызацыю атрыманых тупых канцоў з захаваннем узаемадзеянняў. Затым ДНК выцягваецца з дапамогай стрэптавідынавых шарыкаў і ачышчаецца для наступнай падрыхтоўкі бібліятэкі.
Перавагі абслугоўвання
●Аптымальны дызайн рэстрыкцыйных ферментаў: забяспечыць высокую эфектыўнасць Hi-C на розных відах з да 93% сапраўдных пар узаемадзеяння.
●Шырокі вопыт і публікацыі:BMKGene мае велізарны вопыт работы з больш чым 2000 праектамі па секвенаванні Hi-C з 800 розных відаў і рознымі патэнтамі. Больш за 100 апублікаваных выпадкаў з сукупным імпакт-фактарам больш за 900.
●Высокакваліфікаваная каманда біяінфарматыкі:з уласнымі патэнтамі і аўтарскімі правамі на праграмнае забеспячэнне для эксперыментаў Hi-C і аналізу дадзеных, а таксама ўласнай распрацоўкай праграмнага забеспячэння для візуалізацыі дадзеных.
●Пасляпродажная падтрымка:Нашы абавязацельствы распаўсюджваюцца і на завяршэнне праекта, бо мы прапануем 3-месячны пасляпродажны перыяд. На працягу гэтага часу мы прапануем суправаджэнне праекта, дапамогу ў ліквідацыі непаладак і сесіі пытанняў і адказаў, каб адказаць на любыя пытанні, звязаныя з вынікамі.
●Падрабязная анатацыяМы выкарыстоўваем некалькі баз дадзеных для функцыянальнай анатацыі генаў з выяўленымі варыяцыямі і праводзім адпаведны аналіз узбагачэння, што дае інфармацыю аб некалькіх даследчых праектах.
Спецыфікацыі паслуг
| Бібліятэка | Стратэгія секвенавання | Рэкамендаваны вывад дадзеных | Раздзяляльная здольнасць сігналу Hi-C |
| Бібліятэка Hi-C | Ілюміна PE150 | Храмацінавы цыкл: 150x TAD: 50x | Храмацінавы цыкл: 10 Кб Тэлефонны нумар: 40 Кб |
Патрабаванні да абслугоўвання
| Тып узору | Патрабаваемая сума |
| Тканіна жывёлы | ≥2 г |
| Цэльная кроў | ≥2 мл |
| Грыбы | ≥1 г |
| Расліна - маладая тканіна | 1 г/аліквота, рэкамендуецца 2-4 аліквоты |
| Культыўныя клеткі | ≥1x107 |
Уключае наступны аналіз:
● Кантроль якасці неапрацаваных дадзеных;
● Мапаванне і кантроль якасці бібліятэкі Hi-C: сапраўдныя пары ўзаемадзеяння і паказчыкі затухання ўзаемадзеяння (IDE);
● Прафіляванне ўзаемадзеяння ўсяго геному: цыс/транс-аналіз і карта ўзаемадзеяння Hi-C;
● Аналіз размеркавання A/B-адсекаў;
● Ідэнтыфікацыя TAD і храматынавых завес;
● Дыферэнцыяльны аналіз трохмерных элементаў храмаціну сярод узораў і адпаведная функцыянальная анатацыя звязаных генаў.
Размеркаванне цыс- і транс-прапорцый
Цеплавая карта храмасомных узаемадзеянняў паміж узорамі
Размеркаванне A/B-адсекаў па ўсім геноме
Размеркаванне храматынавых завес па ўсім геноме
Візуалізацыя TAD
Азнаёмцеся з дасягненнямі ў даследаваннях, якія праводзяцца дзякуючы паслугам секвенавання Hi-C кампаніі BMKGene, з дапамогай спецыяльна адабранай калекцыі публікацый.
Мэн, Т. і інш. (2021) «Параўнальны інтэграваны мультыомічны аналіз ідэнтыфікуе CA2 як новую мішэнь для хордомы»,Нейраанкалогія, 23 (10), стар. 1709–1722. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.
Сюй, Л. і інш. (2021) «Трохмерная дэзарганізацыя і перабудова геному даюць уяўленне пра патагенез НАЖХП з дапамогай інтэграванага секвенавання Hi-C, нанапор і РНК».Acta Pharmaceutica Sinica B, 11 (10), стар. 3150–3164. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.
