Зборка геному на аснове Hi-C
Hi-C — гэта метад, прызначаны для фіксацыі канфігурацыі храмасом шляхам спалучэння зондавання ўзаемадзеянняў на аснове блізкасці і высокапрадукцыйнага секвенавання. Лічыцца, што інтэнсіўнасць гэтых узаемадзеянняў адмоўна карэлюе з фізічнай адлегласцю на храмасомах. Таму дадзеныя Hi-C выкарыстоўваюцца для кіравання кластарызацыяй, упарадкаваннем і арыентацыяй сабраных паслядоўнасцей у праекце геному і замацавання іх на пэўнай колькасці храмасом. Гэтая тэхналогія дазваляе ствараць зборку геному на ўзроўні храмасом пры адсутнасці генетычнай карты на аснове папуляцыі. Кожнаму асобнаму геному патрэбен Hi-C.
Асаблівасці сэрвісу
● Секвенаванне на Illumina NovaSeq з PE150.
● Для абслугоўвання патрабуюцца ўзоры тканін, а не экстрагаваныя нуклеінавыя кіслоты, для звязвання з фармальдэгідам і захавання ўзаемадзеяння ДНК з бялком.
● Эксперымент Hi-C прадугледжвае рэстрыкцыю і рамонт ліпкіх канцоў біятынам, а затым цыркулярызацыю атрыманых тупых канцоў з захаваннем узаемадзеянняў. Затым ДНК выцягваецца з дапамогай стрэптавідынавых шарыкаў і ачышчаецца для наступнай падрыхтоўкі бібліятэкі.
Перавагі абслугоўвання
Агляд Hi-C
(Ліберман-Эйдэн Э. і інш.,Навука, 2009)
●Ліквідацыя неабходнасці ў генетычных дадзеных аб папуляцыі:Hi-C замяняе неабходную інфармацыю для кантыгацыйнага прымацавання.
●Высокая шчыльнасць маркераў:што прыводзіць да высокага каэфіцыента замацавання кантыгаў вышэй за 90%.
●Шырокі вопыт і публікацыі:BMKGene мае велізарны вопыт працы з больш чым 2000 выпадкамі зборкі геному Hi-C з 1000 розных відаў і рознымі патэнтамі. Больш за 200 апублікаваных выпадкаў маюць сукупны імпакт-фактар больш за 2000.
●Высокакваліфікаваная каманда біяінфарматыкаў:Дзякуючы ўласным патэнтам і аўтарскім правам на праграмнае забеспячэнне для эксперыментаў Hi-C і аналізу дадзеных, распрацаванае ўласнаручна праграмнае забеспячэнне для візуалізацыі дадзеных дазваляе перамяшчаць блокі ўручную, рэверсаваць, адклікаць і паўтараць дзеянні.
●Пасляпродажная падтрымка:Нашы абавязацельствы распаўсюджваюцца і на завяршэнне праекта, бо мы прапануем 3-месячны пасляпродажны перыяд. На працягу гэтага часу мы прапануем суправаджэнне праекта, дапамогу ў ліквідацыі непаладак і сесіі пытанняў і адказаў, каб адказаць на любыя пытанні, звязаныя з вынікамі.
●Падрабязная анатацыяМы выкарыстоўваем некалькі баз дадзеных для функцыянальнай анатацыі генаў з выяўленымі варыяцыямі і праводзім адпаведны аналіз узбагачэння, што дае інфармацыю аб некалькіх даследчых праектах.
Спецыфікацыі паслуг
| Падрыхтоўка бібліятэкі | Стратэгія секвенавання | Рэкамендаваны вывад дадзеных | Кантроль якасці |
| Бібліятэка Hi-C | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Патрабаванні да ўзораў
| Тканіна | Патрабаваемая сума |
| Жывёльныя вантробы | ≥ 2 г |
| Мышцы жывёл | |
| Кроў млекакормячых | ≥ 2 мл |
| Кроў птушкі/рыбы | |
| Расліна - свежы ліст | ≥ 3 г |
| Культыўныя клеткі | ≥ 1x107 |
| Насякомае | ≥ 2 г |
Працоўны працэс абслугоўвання
Дызайн эксперыменту
Дастаўка ўзораў
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвенаванне
Аналіз дадзеных
Пасляпродажнае абслугоўванне
1) Кантроль якасці неапрацаваных дадзеных
2) КК бібліятэкі Hi-C: ацэнка дзейсных узаемадзеянняў Hi-C
3) Зборка Hi-C: кластарызацыя кантыгаў у групы, а затым упарадкаванне кантыгаў у кожнай групе і прызначэнне арыентацыі кантыгаў
4) Ацэнка Hi-C
Кантроль якасці бібліятэкі Hi-C — ацэнка сапраўдных пар узаемадзеянняў Hi-C
Hi-C Assembly – статыстыка
Ацэнка пасля зборкі — цеплавая карта інтэнсіўнасці сігналу паміж кантэйнерамі
Даведайцеся пра дасягненні, якія дасягаюцца дзякуючы паслугам BMKGene па зборцы Hi-C, з дапамогай спецыяльна адабранай калекцыі публікацый.
Цянь, Т. і інш. (2023) «Зборка геному і генетычнае рассячэнне вядомай засухаўстойлівай зародкавай плазмы кукурузы», Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), стар. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Ван, З.Л. і інш. (2020) «Зборка геному азіяцкай меданоснай пчолы Apis cerana ў маштабе храмасом», Frontiers in Genetics, 11, с. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. і інш. (2023) «Выяўленне эвалюцыі біясінтэзу алкалоідаў трапану шляхам аналізу двух геномаў сямейства паслёнавых», Nature Communications 2023 14:1, 14(1), с. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. і інш. (2020) «Геномы баньяна і восы-апыляльніка даюць уяўленне пра сумесную эвалюцыю інжыра і восы», Cell, 183(4), pp. 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
