BMKCloud Log in
条形банер-03

прадукты

Зборка геному на аснове Hi-C

Hi-C - гэта метад, прызначаны для фіксацыі канфігурацыі храмасом шляхам спалучэння ўзаемадзеяння на аснове блізкасці і высокапрадукцыйнага секвенирования.Лічыцца, што інтэнсіўнасць гэтых узаемадзеянняў адмоўна карэлюе з фізічнай адлегласцю ў храмасомах.Такім чынам, дадзеныя Hi-C могуць кіраваць кластэрызацыяй, упарадкаваннем і арыентацыяй сабраных паслядоўнасцей у чарнавым геному і замацаваннем іх на пэўнай колькасці храмасом.Гэтая тэхналогія дазваляе складаць геномы на ўзроўні храмасом у адсутнасць папуляцыйнай генетычнай карты.Кожны асобны геном патрабуе Hi-C.

Платформа: платформа Illumina NovaSeq / DNBSEQ


Падрабязнасці абслугоўвання

Дэманстрацыйныя вынікі

Тэматычнае даследаванне

Перавагі абслугоўвання

1Прынцып Hi-C-секвеніравання

Агляд Hi-C
(Ліберман-Айдэн Э і інш.,Навука, 2009)

● Няма неабходнасці ў стварэнні генетычнай папуляцыі для замацавання кантыгаў;
● Больш высокая шчыльнасць маркераў вядзе да больш высокага каэфіцыента замацавання кантыгаў вышэй за 90%;
● Дазваляе ацэнку і карэкціроўку існуючых зборак геному;
● Больш кароткі час апрацоўкі з больш высокай дакладнасцю зборкі геному;
● Багаты досвед працы з больш чым 1000 бібліятэкамі Hi-C, створанымі для больш чым 500 відаў;
● Больш за 100 паспяховых выпадкаў з агульным апублікаваным імпакт-каэфіцыентам больш за 760;
● Зборка геному на аснове Hi-C для паліплоіднага геному, 100% хуткасць замацавання была дасягнута ў папярэднім праекце;
● Унутраныя патэнты і аўтарскія правы на праграмнае забеспячэнне для эксперыментаў Hi-C і аналізу даных;
● Праграмнае забеспячэнне для візуалізаванай налады дадзеных уласнай распрацоўкі дазваляе ручное перамяшчэнне блока, зваротны ход, адкліканне і паўторнае выкананне.

Спецыфікацыі абслугоўвання

 

Тып бібліятэкі

 

 

Платформа


Прачытайце даўжыню
Рэкамендаваць стратэгію
Прывітанне-C
Illumina NovaSeq
PE150
≥ 100X

Біяінфарматычныя аналізы

● Кантроль якасці неапрацаваных дадзеных

● Кантроль якасці бібліятэкі Hi-C

● Зборка геному на аснове Hi-C

● Ацэнка пасля зборкі

Працоўны працэс HiC

Узоры патрабаванняў і пастаўка

Узоры патрабаванняў:

жывёла
Грыбок
Расліны

 

Замарожаная тканіна: 1-2 г на бібліятэку
Ячэйкі: 1x 10^7 вочак на бібліятэку
Замарожаная тканіна: 1 г на бібліятэку
Замарожаная тканіна: 1-2 г на бібліятэку

 

 
*Мы настойліва рэкамендуем адправіць як мінімум 2 аліквоты (1 г кожная) для эксперыменту Hi-C.

Рэкамендаваны ўзор дастаўкі

Кантэйнер: цэнтрыфужная прабірка аб'ёмам 2 мл (фальга не рэкамендуецца)
Для большасці ўзораў мы рэкамендуем не захоўваць у этаноле.
Маркіроўка ўзораў: Узоры павінны быць выразна маркіраваны і ідэнтычныя прадстаўленай інфармацыйнай форме ўзору.
Адгрузка: сухі лёд: спачатку ўзоры трэба спакаваць у мяшкі і пахаваць у сухім лёдзе.

Працэдура абслугоўвання

Узор КК

Дызайн эксперыменту

дастаўка ўзору

Дастаўка ўзораў

Пілотны эксперымент

Вылучэнне ДНК

Падрыхтоўка бібліятэкі

Будаўніцтва бібліятэкі

Секвеніраванне

Секвеніраванне

Аналіз дадзеных

Аналіз дадзеных

Паслугі пасля продажу

Пасляпродажнае абслугоўванне


  • Папярэдняя:
  • далей:

  • *Дэманстрацыйныя вынікі, паказаныя тут, усе з геномаў, апублікаваных з дапамогай Biomarker Technologies

    1. Цеплавая карта ўзаемадзеяння Hi-CКамптатэка востраканцоваягеном.Як паказана на карце, інтэнсіўнасць узаемадзеянняў адмоўна карэлюе з лінейнай адлегласцю, што паказвае на вельмі дакладную зборку на ўзроўні храмасом.(Каэфіцыент замацавання: 96,03%)

    3Hi-C-interaction-heatmap-showing-contigs-anchoring-in-genome-assembly

    Кан М і інш.,Камунікацыі прыроды, 2021 год

     

    2.Hi-C палегчыў праверку інверсій паміжGossypium hirsutumЛ. ТМ-1 А06 іГ. дэндрарыйChr06

    4Hi-C-цеплавая карта-палягчае-выяўленне-інверсій-паміж-геномамі

    Ян З і інш.,Nature Communications, 2019

     

     

    3. Зборка і двухалельная дыферэнцыяцыя геному SC205 маніёкі.Цеплавая карта Hi-C паказвае выразнае расшчапленне гамалагічных храмасом.

    5Hi-C-цеплавая карта, якая паказвае гамалагічныя храмасомы

    Hu W і інш.,Малекулярны завод, 2021 год

     

     

    4. Цеплавая карта Hi-C на зборцы геному двух відаў фікуса:F.microcarpa(каэфіцыент замацавання: 99,3%) іF.hispida (каэфіцыент замацавання: 99,7%)
    6Hi-C-heatmap-showing-contig-anchoring-of-Ficus-genomes

    Чжан Х і інш.,Сотавы, 2020 год

     

     

    Справа БМК

    Геномы баньянавага дрэва і восы-апыляльніка даюць зразумець каэвалюцыю фігавай восы

    Апублікавана: Сотавы, 2020 год

    Стратэгія паслядоўнасці:

    F. microcarpa геном: прыбл.84 X PacBio RSII (36,87 Гб) + Hi-C (44 Гб)

    F. hispidaгеном: прыбл.97 X PacBio RSII (36,12 Гб) + Hi-C (60 Гб)

    Eupristina verticillataгеном: прыбл.170 X PacBio RSII (65 Гб)

    Асноўныя вынікі

    1. Два генома баньяна і адзін геном восы-апыляльніка былі пабудаваны з выкарыстаннем секвенирования PacBio, Hi-C і карты сувязі.
    (1)F. microcarpaгеном: зборка памерам 426 Мб (97,7% ад разліковага памеру геному) была створана з кантыгам N50 908 Кб, ацэнка BUSCO 95,6%.У агульнай складанасці 423 Mb паслядоўнасці былі прывязаны да 13 храмасомам Hi-C.Анатацыя геному дала 29 416 генаў, якія кадуюць бялок.
    (2)Ф. Гіспідагеном: зборка памерам 360 Мбайт (97,3% ад разліковага памеру геному) мела выхад з кантыгам N50 492 Кбайт і ацэнкай BUSCO 97,4%.У агульнай складанасці паслядоўнасці памерам 359 Мб былі замацаваны на 14 храмасомах з дапамогай Hi-C і вельмі ідэнтычныя карце сувязі высокай шчыльнасці.
    (3)Eupristina verticillataгеном: зборка памерам 387 Мб (прыблізны памер геному: 382 Мб) была створана з кантыгам N50 3,1 Мб і балам BUSCO 97,7%.

    2. Параўнальны аналіз геномікі выявіў вялікую колькасць структурных варыяцый паміж двумаФікусыгеномы, якія забяспечылі неацэнны генетычны рэсурс для даследаванняў адаптыўнай эвалюцыі.Гэта даследаванне ўпершыню дазволіла зразумець каэвалюцыю інжыра і восы на геномным узроўні.

    Выпадковае даследаванне поўнай даўжыні РНК-секвеніравання PB

    Дыяграма Circos на геномных прыкметах двухФікусыгеномы, у тым ліку храмасомы, сегментарныя дуплікацыі (SD), транспазоны (LTR, TE, ДНК TE), экспрэсія генаў і сінтэнія

    PB-поўнадаўжыня-РНК-альтэрнатыўны сплайсінг

    Ідэнтыфікацыя Y-храмасомы і гена-кандыдата ў вызначэнні полу

     
    Даведка

    Чжан, X., і інш.«Геномы баньянавага дрэва і восы-апыляльніка даюць уяўленне аб каэвалюцыі інжыра і восы».Ячэйка 183.4 (2020).

    атрымаць цытату

    Напішыце тут сваё паведамленне і адпраўце яго нам

    Адпраўце нам паведамленне: