Секвенаванне цэлага экзома чалавека
Асаблівасці сэрвісу
● Даступныя дзве экзомныя панэлі ў залежнасці ад узбагачэння мішэняў зондамі: SureSelect Human All Exon v6 (Agilent) і xGen Exome Hybridization Panel v2 (IDT).
- На аснове панэлі SureSelect Human All Exon V6, рэгіёны UTR і поўнапамерная мтДНК дапаўняюцца да дыяпазону захопу мішэні.
- Стварэнне бібліятэк з падтрымкай UMI даступна з дапамогай панэлі SureSelect Human All Exon V6.
● Секвенаванне на Illumina NovaSeq.
● Біяінфарматычны канвеер, накіраваны на аналіз захворванняў або пухлін.
Перавагі абслугоўвання
●Мэты на вобласць кадавання бялкуШляхам захопу і секвенавання бялковых кадуючых рэгіёнаў, hWES выкарыстоўваецца для выяўлення варыянтаў, звязаных са структурай бялку.
●Эканамічна эфектыўны:hWES дае прыблізна 85% мутацый, звязаных з захворваннямі чалавека, з 1% геному чалавека.
●Высокая дакладнасцьДзякуючы высокай глыбіні секвенавання, hWES спрыяе выяўленню як распаўсюджаных, так і рэдкіх варыянтаў з частатой ніжэй за 1%.
●Строгі кантроль якасціМы ўкараняем пяць асноўных кантрольных пунктаў на ўсіх этапах, ад падрыхтоўкі ўзораў і бібліятэк да секвенавання і біяінфарматыкі. Гэты дбайны маніторынг гарантуе атрыманне вынікаў пастаянна высокай якасці.
●Комплексны біяінфарматычны аналізНаш канвеер выходзіць за рамкі выяўлення варыяцый эталоннага геному, бо ён уключае ў сябе пашыраны аналіз, прызначаны спецыяльна для вырашэння даследчых пытанняў, звязаных з генетычнымі аспектамі захворванняў або аналізам пухлін.
●Пасляпродажная падтрымка:Нашы абавязацельствы распаўсюджваюцца і на завяршэнне праекта, бо мы прапануем 3-месячны пасляпродажны перыяд абслугоўвання. На працягу гэтага часу мы прапануем суправаджэнне праекта, дапамогу ў ліквідацыі непаладак і сесіі пытанняў і адказаў, каб адказаць на любыя пытанні, звязаныя з вынікамі.
Прыклады спецыфікацый
| Стратэгія захопу экзонаў | Стратэгія секвенавання | Рэкамендаваны вывад дадзеных |
| Agilent SureSelectXT Human All Exon V6 + UTR + мтДНК Agilent SureSelectXT Human All Exon V6 + UTR + мтДНК (з UMI) Гібрацыйная панэль IDT xGen Exome V2 | Illumina NovaSeq PE150 | 5-10 Гб Для мендэлеўскіх расстройстваў/рэдкіх захворванняў: > 50x Для ўзораў пухлін: ≥ 100x |
Патрабаванні да ўзораў
| Тып узору | Сума(Кубіт®) | Канцэнтрацыя | Аб'ём | Агарозны гель |
| WES-FF | ≥ 150 нг | ≥ 15 нг/мкл |
≥ 15 мкл | Адсутнасць або абмежаванае забруджванне і дэградацыя (асноўная паласа празрыстая). ДНК FFPE: Калі асноўная паласа невыразная, патрабуецца выразны мазок больш за 2 кб. |
| WES-FFPE | ≥ 200 нг | ≥ 15 нг/мкл |
Біяінфарматыка
Біяінфарматычны аналіз узораў з хваробай hWES ўключае:
● Кантроль якасці дадзеных секвенавання
● Выраўноўванне эталоннага геному
● Ідэнтыфікацыя SNP і InDels
● Функцыянальная анатацыя SNP і InDels
Біяінфарматычны аналіз узораў пухлін уключае:
● Кантроль якасці дадзеных секвенавання
● Выраўноўванне эталоннага геному
● Ідэнтыфікацыя SNP, InDels і саматычных варыяцый
● Ідэнтыфікацыя варыянтаў зародкавай лініі
● Аналіз мутацыйных сігнатур
● Ідэнтыфікацыя генаў-спрымальнікаў на аснове мутацый з набыццём функцыі
● Анатацыя мутацый на ўзроўні лекавай адчувальнасці
● Аналіз гетэрагеннасці – разлік чысціні і плоіднасці
Працоўны працэс абслугоўвання
Дастаўка ўзораў
Экстракцыя ДНК
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвенаванне
Аналіз дадзеных
Дастаўка дадзеных
Пасляпродажнае абслугоўванне
Кантроль якасці дадзеных — статыстыка захопу экзома
Ідэнтыфікацыя варыянтаў – InDels
Пашыраны аналіз: ідэнтыфікацыя і размеркаванне шкодных SNP/InDels – графік Circos
Аналіз пухлін: ідэнтыфікацыя і размеркаванне саматычных мутацый – графік Circos
Аналіз пухлін: клональныя лініі
