Доўгае некадзіруючае секвенаванне - Illumina
Перавагі абслугоўвання
●Сумесны аналіз мРНК і днРНКСпалучаючы колькасную ацэнку транскрыптаў мРНК з вывучэннем даўняй неклеткавай РНК і іх мішэняў, можна атрымаць паглыбленае ўяўленне аб рэгуляторным механізме, які ляжыць у аснове клеткавага адказу.
●Шырокі вопытМы апрацавалі больш за 230 000 узораў, якія ахопліваюць розныя ўзоры і мэты праектаў. Мы прыўносім свой багаты вопыт у кожны праект.
●Сумесны аналіз мРНК і днРНКМы спалучаем колькасную ацэнку транскрыптаў мРНК з вывучэннем доўгай неклеткавай РНК (dlncRNA) і іх мішэняў, што дазваляе атрымаць паглыбленае ўяўленне аб рэгуляторным механізме, які ляжыць у аснове клеткавага адказу.
●Строгі кантроль якасціМы ўкараняем асноўныя кантрольныя пункты на ўсіх этапах, ад падрыхтоўкі ўзораў да падрыхтоўкі бібліятэкі, секвенавання і біяінфарматыкі. Наш старанны маніторынг гарантуе атрыманне пастаянна высакаякасных вынікаў.
●Падрабязная анатацыяМы выкарыстоўваем некалькі баз дадзеных для функцыянальнай анатацыі дыферэнцыяльна экспрэсаваных генаў (DEG) і правядзення адпаведных аналізаў узбагачэння. Гэты комплексны падыход дае ўяўленне аб клетачных і малекулярных працэсах, якія ляжаць у аснове транскрыптомнага адказу, гарантуючы, што вы атрымаеце ўсю магчымую інфармацыю аб дадзеных вашага эксперыменту.
●Пасляпродажная падтрымкаМы разумеем, наколькі важна быць прысутным на праекце, таму нашы абавязацельствы распаўсюджваюцца і на завяршэнне праекта, бо мы прапануем 3-месячны пасляпродажны перыяд. На працягу гэтага часу мы прапануем суправаджэнне праекта, дапамогу ў ліквідацыі непаладак і сесіі пытанняў і адказаў, каб адказаць на любыя пытанні, звязаныя з вынікамі.
Патрабаванні да ўзораў і дастаўка
| Бібліятэка | Платформа | Рэкамендаваныя дадзеныя | Кантроль якасці дадзеных |
| Накіраваная бібліятэка з дэфіцытам рРНК | Ілюміна PE150 | 10-16 Гб | Q30≥85% |
Нуклеатыды:
| Канцэнтрацыя (нг/мкл) | Колькасць (мкг) | Чысціня | Цэласнасць |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | АД260/280=1,7-2,5 АД260/230=0,5-2,5 Абмежаванае або адсутнае забруджванне бялком або ДНК на гелі. | RIN≥6,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; абмежаванае або адсутнае ўзвышэнне базавай лініі |
● Расліны:
Корань, сцябло або пялёстак: 450 мг
Ліст або насенне: 300 мг
Фрукты: 1,2 г
● Жывёла:
Сэрца або кішачнік: 450 мг
Вантробы або мозг: 240 мг
Мышцы: 600 мг
Косці, валасы або скура: 1,5 г
● Членістаногія:
Насякомыя: 9 г
Ракападобныя: 450 мг
● Цэльная кроў:2 трубкі
● Клеткі: 106 клеткі
● Сыроватка і плазма: 6 мл
Рэкамендаваная дастаўка ўзораў
Ёмістасць: цэнтрыфужная прабірка аб'ёмам 2 мл (не рэкамендуецца выкарыстоўваць алавяную фальгу)
Прыклад маркіроўкі: Група + паўтараць, напрыклад, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Адгрузка:
1. Сухі лёд: Узоры неабходна спакаваць у пакеты і закапаць у сухі лёд.
2. Прабіркі для стабілізацыі РНК: узоры РНК можна высушыць у прабірцы для стабілізацыі РНК (напрыклад, RNAstable®) і перавозіць пры пакаёвай тэмпературы.
Працоўны працэс абслугоўвання
Дызайн эксперыменту
Дастаўка ўзораў
Экстракцыя РНК
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвенаванне
Аналіз дадзеных
Пасляпродажнае абслугоўванне
Біяінфарматыка
- Неапрацаваныя дадзеныя
- Кантроль якасці дадзеных
- Выраўноўванне геному
- Структура гена (альтэрнатыўны сплайсінг, аптымізацыя структуры гена і прагназаванне новых генаў)
- Колькасная ацэнка экспрэсіі генаў
- Дыферэнцыяльны аналіз экспрэсіі
- Анатацыя і ўзбагачэнне DEG + Дыферэнцыяльна экспрэсаваныя гены-мішэні днРНК
- Ідэнтыфікацыя транскрыпцыі
- Ідэнтыфікацыя даўжэйшай некансерватыўнай РНК (кансервацыя даўжэйшай некансерватыўнай РНК і вядомая даўжэйшая некансерватыўная РНК)
- Прагназаванне генаў-мішэняў lncRNA
- Колькасная ацэнка экспрэсіі днРНК
- Сумесны аналіз з дадзенымі мРНК
Аналіз дыферэнцыяльнай экспрэсіі генаў (DEG)
Колькасная ацэнка экспрэсіі днРНК – кластарызацыя
Узбагачэнне генаў-мішэняў днРНК
Сумесны аналіз становішча мРНК і даўжэйшай некротычнай РНК (днРНК) — графік Circos (сярэдняе кола — мРНК, а ўнутранае кола — днРНК)
Даведайцеся пра дасягненні, якія дасягаюцца дзякуючы паслугам секвенавання даўжэйшай нетрансліруемай РНК (lncRNA) ад BMKGene, з дапамогай спецыяльна адабранай калекцыі публікацый.
Ji, H. і інш. (2020) «Ідэнтыфікацыя, функцыянальнае прагназаванне і ключавая праверка даўніх неўласнікаў РНК (dlncRNA), звязаных з халодным стрэсам, у печані пацукоў»,Навуковыя справаздачы2020 10:1, 10(1), с. 1–14. doi: 10.1038/s41598-020-57451-7.
Jia, Z. і інш. (2021) «Інтэгратыўны транскрыптомны аналіз выяўляе імунны механізм штама карпа, устойлівага да CyHV-3»,Межы ў імуналогіі, 12, с. 687151. doi: 10.3389/FIMMU.2021.687151/BIBTEX.
Ван, Х. Дж. і інш. (2022) «Прыярытызацыя канкуруючых эндагенных сетак рэгуляцыі РНК пры дробнаклеткавым раку лёгкіх на аснове інтэграцыі мультыомікі: малекулярныя характарыстыкі і кандыдаты ў лекі»,Межы ў анкалогіі, 12, с. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Сяо, Л. і інш. (2020) «Генетычнае рассячэнне сеткі каэкспрэсіі генаў, якая ляжыць у аснове фотасінтэзу ў Populus»,Часопіс расліннай біятэхналогіі, 18(4), с. 1015–1026. doi: 10.1111/PBI.13270.
Чжэн, Х. і інш. (2022) «Глабальная рэгуляторная сетка для парушэнняў экспрэсіі генаў і анамальнай метабалічнай сігналізацыі ў імунных клетках у мікраасяроддзі хваробы Грэйвса і тырэаідыту Хашымота».Межы ў імуналогіі, 13, с. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
