Поўнапамерны транскрыптом нанапор

Секвенаванне транскрыптомаў Nanopore — гэта магутны метад секвенавання поўнапамерных кДНК, які дазваляе дакладна ідэнтыфікаваць і колькасна вызначыць ізаформы транскрыптаў. Канвеер поўнапамерных транскрыптомаў BMKCloud Nanopore прызначаны для аналізу дадзеных RNA-Seq, атрыманых на платформе Nanopore, у параўнанні з высакаякасным добра анатаваным эталонным геномам, забяспечваючы якасны і колькасны аналіз як на ўзроўні генаў, так і на ўзроўні транскрыптаў. Пасля кантролю якасці атрымліваюцца поўнапамерныя нехімерныя (FLNC) паслядоўнасці, і кансенсусныя паслядоўнасці картаграфуюцца з эталонным геномам для выдалення лішніх транскрыптаў. З гэтага набору транскрыптаў колькасна вызначаецца экспрэсія, а дыферэнцыяльна экспрэсаваныя гены і транскрыпты ідэнтыфікуюцца і функцыянальна анатаваны. Канвеер таксама ўключае аналіз альтэрнатыўнага поліадэнілавання (APA), аналіз альтэрнатыўнага сплайсінгу, аналіз простых паўтораў паслядоўнасці (SSR), прагназаванне доўгай некротычнай РНК (нкРНК) і адпаведных мішэняў, прагназаванне кадуючых паслядоўнасцей (CDS), аналіз сямейства генаў, аналіз транскрыпцыйных фактараў, прагназаванне новых генаў і функцыянальную анатацыю транскрыптаў.