Нерэферэнснае секвенаванне мРНК - NGS
Асаблівасці
● Захоп полімРНК перад падрыхтоўкай бібліятэкі
● Незалежна ад любога эталоннага геному: на аснове de novo зборкі транскрыптаў, генерацыя спісу ўнігенаў, якія анатаваны ў некалькіх базах дадзеных (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● Комплексны біяінфарматычны аналіз экспрэсіі генаў і структуры транскрыптаў
Перавагі абслугоўвання
●Шырокі вопытМаючы вопыт апрацоўкі больш за 600 000 узораў у BMKGENE, якія ахопліваюць розныя тыпы ўзораў, такія як клетачныя культуры, тканіны і біялагічныя вадкасці, наша каманда прыўносіць багаты вопыт у кожны праект. Мы паспяхова завяршылі больш за 100 000 праектаў мРНК-секвенавання ў розных галінах даследаванняў.
●Строгі кантроль якасціМы ўкараняем асноўныя кантрольныя пункты на ўсіх этапах, ад падрыхтоўкі ўзораў і бібліятэк да секвенавання і біяінфарматыкі. Гэты дбайны маніторынг гарантуе атрыманне вынікаў пастаянна высокай якасці.
● Падрабязная анатацыяМы выкарыстоўваем некалькі баз дадзеных для функцыянальнай анатацыі дыферэнцыяльна экспрэсаваных генаў (DEG) і праводзім адпаведны аналіз узбагачэння, што дае ўяўленне аб клеткавых і малекулярных працэсах, якія ляжаць у аснове транскрыптомнага адказу.
●Пасляпродажная падтрымкаНашы абавязацельствы распаўсюджваюцца і на завяршэнне праекта, бо мы прапануем 3-месячны пасляпродажны перыяд абслугоўвання. На працягу гэтага часу мы прапануем суправаджэнне праекта, дапамогу ў ліквідацыі непаладак і сесіі пытанняў і адказаў, каб адказаць на любыя пытанні, звязаныя з вынікамі.
Патрабаванні да ўзораў і дастаўка
| Бібліятэка | Стратэгія секвенавання | Рэкамендаваныя дадзеныя | Кантроль якасці |
| Узбагачаны полі А | Ілюміна PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 Гб | Q30≥85% |
Патрабаванні да ўзораў:
Нуклеатыды:
| Канцэнтрацыя (нг/мкл) | Колькасць (мкг) | Чысціня | Цэласнасць |
| ≥ 10 | ≥ 0,2 | АД260/280=1,7-2,5 АД260/230=0,5-2,5 Абмежаванае або адсутнае забруджванне бялком або ДНК на гелі. | Для раслін: RIN≥4,0; Для жывёл: RIN ≥ 4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; абмежаванае або адсутнае ўзвышэнне базавай лініі |
● Расліны:
Корань, сцябло або пялёстак: 450 мг
Ліст або насенне: 300 мг
Фрукты: 1,2 г
● Жывёла:
Сэрца або кішачнік: 300 мг
Вантробы або мозг: 240 мг
Мышцы: 450 мг
Косці, валасы або скура: 1 г
● Членістаногія:
Насякомыя: 6 г
Ракападобныя: 300 мг
● Цэльная кроў1 трубка
● Клеткі: 106 клеткі
Рэкамендаваная дастаўка ўзораў
Ёмістасць: цэнтрыфужная прабірка аб'ёмам 2 мл (не рэкамендуецца выкарыстоўваць алавяную фальгу)
Прыклад маркіроўкі: Група + паўтараць, напрыклад, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Адгрузка:
1. Сухі лёд: Узоры неабходна спакаваць у пакеты і закапаць у сухі лёд.
2. Прабіркі для стабілізацыі РНК: узоры РНК можна высушыць у прабірцы для стабілізацыі РНК (напрыклад, RNAstable®) і перавозіць пры пакаёвай тэмпературы.
Працоўны працэс абслугоўвання
Дызайн эксперыменту
Дастаўка ўзораў
Экстракцыя РНК
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвенаванне
Аналіз дадзеных
Пасляпродажнае абслугоўванне
Біяінфарматыка
Зборка транскрыптома і адбор унігенаў
Анатацыя Unigene
Карэляцыя ўзораў і ацэнка біялагічных паўтораў
Дыферэнцыяльна экспрэсаваныя гены (DEG)
Функцыянальная анатацыя дыферэнцыяльных дыяпазонаў
Функцыянальнае ўзбагачэнне дыферэнцыяльных энергій
Даведайцеся пра дасягненні, якія дасягаюцца дзякуючы паслугам секвенавання мРНК эўкарыятычных NGS ад BMKGene, з дапамогай спецыяльна адабранай калекцыі публікацый.
Шэн, Ф. і інш. (2020) «De novo зборка транскрыптома і экспрэсія генаў з улікам полу ў палавых залозах амурскага сома (Silurus asotus)», Genomics, 112(3), сс. 2603–2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. і інш. (2016) «Транскрыптомны аналіз метабалізму цукрозы падчас набракання і развіцця цыбуліны ў цыбулі (Allium cepa L.)», Frontiers in Plant Science, 7 (верасень), с. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. і інш. (2017) «De novo зборка, характарыстыка і анатацыя транскрыптома Sarcocheilichthys sinensis», PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. і інш. (2021) «De novo транскрыптомны аналіз дае ўяўленне аб салеўстойлівасці Podocarpus macrophyllus ва ўмовах засоленасці», BMC Plant Biology, 21(1), сс. 1–17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9.
