прадукты

Неэталоннае секвенирование мРНК-Illumina

Нерэферэнтнае секвенирование мРНК - прадстаўленая выява Illumina

Секвеніраванне мРНК выкарыстоўвае тэхніку секвеніравання наступнага пакалення (NGS) для ўлоўлівання інфармацыйнай РНК (мРНК) з эўкарыётаў у пэўны перыяд, калі некаторыя спецыяльныя функцыі актывуюцца.Самая доўгая расшыфроўка атрымала назву "Unigene" і выкарыстоўвалася ў якасці эталоннай паслядоўнасці для наступнага аналізу, што з'яўляецца эфектыўным сродкам для вывучэння малекулярнага механізму і рэгулятарнай сеткі віду без спасылак.

Пасля зборкі дадзеных транскрыптому і функцыянальнай анатацыі ўнігена

(1) Будзе праведзены аналіз SSR, прагназаванне CDS і структура гена.

(2) Будзе выканана колькасная ацэнка экспрэсіі ўнігена ў кожным узоры.

(3) Дыферэнцыравана выяўленыя унігены паміж узорамі (або групамі) будуць выяўлены на аснове экспрэсіі унігенаў

(4) Будуць выкананы кластэрызацыя, функцыянальная анатацыя і аналіз узбагачэння дыферэнцыяльна выяўленых унігенаў

Звяжыцеся з намі

Падрабязнасці абслугоўвання

Біяінфарматыка

Дэманстрацыйныя вынікі

Тэматычнае даследаванне

Асаблівасці

● Незалежна ад любога эталоннага геному,

● Дадзеныя можна выкарыстоўваць для аналізу структуры і экспрэсіі стэнаграм

● Вызначце зменныя месцы адсячэння

Перавагі абслугоўвання

● Дастаўка вынікаў на аснове BMKCloud: вынікі дастаўляюцца ў выглядзе файла даных і інтэрактыўнай справаздачы праз платформу BMKCloud, якая дазваляе зручна чытаць вынікі складанага аналізу і наладжваць інтэлектуальны аналіз даных на аснове стандартнага біяінфарматычнага аналізу.

● Пасляпродажнае абслугоўванне: пасляпродажнае абслугоўванне дзейнічае на працягу 3 месяцаў пасля завяршэння праекта, уключаючы кантроль за праектам, пошук і ліквідацыю непаладак, пытанні і адказы па выніках і г.д.

Узоры патрабаванняў і пастаўка

Узоры патрабаванняў:

Нуклеатыды:

Канц. (нг/мкл)

Колькасць (мкг)

Чысціня

Сумленнасць

≥ 20

≥ 0,5

OD260/280=1,7-2,5

OD260/230=0,5-2,5

Забруджванне бялком або ДНК на гелі абмежавана або адсутнічае.

Для раслін: RIN≥6,5;

Для жывёл: RIN≥7,0;

5,0≥28S/18S≥1,0;

абмежаванае павышэнне зыходнага ўзроўню або яго адсутнасць

Тканіна: Вага (сухі): ≥1 г
*Для тканіны, меншай за 5 мг, мы рэкамендуем адправіць хутка замарожаны (у вадкім азоце) узор тканіны.

Завісь клетак: колькасць клетак = 3×10⁷
*Мы рэкамендуем адпраўляць замарожаны лізат клетак.У выпадку, калі колькасць клетак менш 5×10⁵, рэкамендуецца хуткая замарозка ў вадкім азоце.

Узоры крыві:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol і 2mL крыві (TRIzol:Кроў=3:1)

Рэкамендаваны ўзор дастаўкі

Кантэйнер:
Цэнтрыфужная прабірка на 2 мл (не рэкамендуецца выкарыстоўваць алавяную фальгу)
Прыклад маркіроўкі: група+рэплікацыя, напрыклад, A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...

Адгрузка:
1. Сухі лёд: Узоры трэба спакаваць у пакеты і закапаць у сухі лёд.
2. Прабіркі для стабільнай РНК: узоры РНК можна высушыць у прабірцы для стабілізацыі РНК (напрыклад, RNAstable®) і адправіць пры пакаёвай тэмпературы.

Працэдура абслугоўвання

Дызайн эксперыменту

Дастаўка ўзору

Вылучэнне РНК

Будаўніцтва бібліятэкі

Секвеніраванне

Аналіз дадзеных

Пасляпродажнае абслугоўванне

Папярэдняя: Доўгае секвенирование без кадавання - Illumina

далей: Секвенирование мРНК эукарыятаў-Illumina

Біяінфарматыка

1. Прынцып зборкі мРНК (denovo).

Да Тройцы чытанні разбіваюцца на больш дробныя часткі, вядомыя як K-mer.Затым гэтыя K-меры выкарыстоўваюцца ў якасці пачатковых элементаў для пашырэння ў кантыгі, а затым у кампаненты на аснове перакрыццяў кантыгаў.Нарэшце, De Bruijn быў ужыты тут для распазнавання транскрыптаў у кампанентах.

mRNA-(De-novo)-Overview-of-Trinity

мРНК (De novo) Агляд Trinity

2. мРНК (De novo) Размеркаванне ўзроўню экспрэсіі генаў

RNA-Seq здольны дасягнуць вельмі адчувальнай ацэнкі экспрэсіі генаў.Звычайна выяўлены дыяпазон экспрэсіі транскрыптаў FPKM знаходзіцца ў дыяпазоне ад 10^-2 да 10^6

мРНК-(De-novo)-Размеркаванне-шчыльнасці-FPKM-у-кожным-узоры

мРНК (De novo) Размеркаванне шчыльнасці FPKM у кожным узоры

3.МРНК (De novo) GO аналіз DEG

База дадзеных GO (Gene Ontology) - гэта структураваная сістэма біялагічных анатацый, якая змяшчае стандартны слоўнік функцый генаў і генных прадуктаў.Ён змяшчае некалькі ўзроўняў, дзе чым ніжэй узровень, тым больш канкрэтныя функцыі.

мРНК-(De-novo)-GO-класіфікацыя-DEG-на-другім узроўні

мРНК (De novo) GO класіфікацыя DEG на другім узроўні

Справа БМК

Транскрыптамны аналіз метабалізму цукрозы падчас набракання і развіцця цыбуліны цыбулі (Allium cepa L.)

Апублікавана: рубяжы ў расліназнаўстве2016 год

Стратэгія паслядоўнасці

Illumina HiSeq2500

Калекцыя ўзораў

У гэтым даследаванні выкарыстоўваўся гатунак «Y1351» з штата Юта Жоўты Салодкі Іспанія.Колькасць сабраных проб склала
15-ы дзень пасля набракання (ДАС) цыбуліны (дыяметр 2 см і маса 3-4 г), 30-ы дзень пасля набракання (дыяметр 5 см і маса 100-110 г) і ~3 40-ы дзень пасля набракання (дыяметр 7 см і маса 260-300 грамаў).

Асноўныя вынікі

1. На дыяграме Венна было выяўлена 146 ДЭГ на ўсіх трох парах стадый развіцця.
2. «Транспарт і метабалізм вугляводаў» быў прадстаўлены толькі 585 унігенамі (г.зн. 7% ад анатаванага COG).
3. Unigenes, паспяхова занатаваныя ў базу дадзеных GO, былі класіфікаваны на тры асноўныя катэгорыі для трох розных стадый развіцця цыбуліны.Больш за ўсё ў асноўнай катэгорыі «біялагічных працэсаў» былі «метабалічныя працэсы», за якімі ідуць «клетачныя працэсы».У галоўнай катэгорыі «малекулярная функцыя» найбольш прадстаўлены дзве катэгорыі: «звязванне» і «каталітычная актыўнасць».

Выпадковае даследаванне поўнай даўжыні РНК-секвеніравання PB

Гістаграма кластараў арталагічных груп (COG).

Гістаграма класіфікацыі геннай анталогіі (GO) для унігенаў, атрыманых з цыбулін на трох стадыях развіцця

Дыяграма Венна, якая паказвае гены, якія па-рознаму экспрэсуюць на любых двух стадыях развіцця цыбуліны

Даведка

Zhang C, Zhang H, Zhan Z і інш.Транскрыптамны аналіз метабалізму цукрозы падчас набракання і развіцця цыбуліны лука (Allium cepa L.) [J].Frontiers in Plant Science, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425