Раствор PacBio 2+3 поўнай даўжыні мРНК
Асаблівасці
● План даследавання:
Аб'яднаны ўзор секвенаваны з дапамогай PacBio для ідэнтыфікацыі ізаформ транскрыптаў
Асобныя ўзоры (паўтары і ўмовы для тэставання), секвенаваныя з дапамогайNGS для колькаснай ацэнкі экспрэсіі транскрыптаў
● Секвенаванне PacBio ў рэжыме CCS, генерацыя HiFi-чытанняў
● Паслядоўнасць поўных транскрыптаў
● Для аналізу не патрабуецца эталонны геном; аднак ён можа быць выкарыстаны
● Біяінфарматычны аналіз уключае не толькі экспрэсію на ўзроўні генаў і ізаформ, але і аналіз даўжэйшай неаднароднай РНК (lncRNA), зліцця генаў, поліадэнілавання і структуры генаў
Перавагі
● Высокая дакладнасцьHiFi счытвае з дакладнасцю >99,9% (Q30), параўнальнай з NGS
● Аналіз альтэрнатыўнага сплайсінгуСеквенаванне ўсіх транскрыптаў дазваляе ідэнтыфікаваць і характарызаваць ізаформы.
● Спалучэнне моцных бакоў PacBio і NGSГэта дазваляе колькасна ацаніць экспрэсію на ўзроўні ізаформ, выяўляючы змены, якія могуць быць замаскіраваны пры аналізе ўсёй экспрэсіі гена.
● Шырокі вопытМы апрацавалі больш за 2300 узораў, наша каманда прыўносіць у кожны праект багаты вопыт.
● Пасляпродажная падтрымкаНашы абавязацельствы распаўсюджваюцца і на завяршэнне праекта, бо мы прапануем 3-месячны пасляпродажны перыяд абслугоўвання. На працягу гэтага часу мы прапануем суправаджэнне праекта, дапамогу ў ліквідацыі непаладак і сесіі пытанняў і адказаў, каб адказаць на любыя пытанні, звязаныя з вынікамі.
Патрабаванні да ўзораў і дастаўка
| Бібліятэка | Стратэгія секвенавання | Рэкамендаваныя дадзеныя | Кантроль якасці |
| Бібліятэка CCS мРНК, узбагачанай поліА, | PacBio Sequel II PacBio Revio | 20/40 Гб 5/10 млн CCS | Q30≥85% |
| Узбагачаны полі А | Ілюміна PE150 | 6-10 Гб | Q30≥85% |
Нуклеатыды
|
| Канцэнтрацыя (нг/мкл) | Колькасць (мкг) | Чысціня | Цэласнасць |
| Бібліятэка Ілюміна | ≥ 10 | ≥ 0,2 | АД260/280=1,7-2,5 АД260/230=0,5-2,5 Абмежаванае або адсутнае забруджванне бялком або ДНК на гелі. | Для раслін: RIN≥4,0; Для жывёл: RIN ≥ 4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; абмежаванае або адсутнае ўзвышэнне базавай лініі |
| Бібліятэка PacBio | ≥ 100 | ≥ 1,0 | АД260/280=1,7-2,5 АД260/230=0,5-2,5 Абмежаванае або адсутнае забруджванне бялком або ДНК на гелі. | Расліны: RIN≥7,5 Жывёлы: RIN ≥8,0 5,0≥28S/18S≥1,0; абмежаванае або адсутнае ўзвышэнне базавай лініі |
Рэкамендаваная дастаўка ўзораў
Ёмістасць: цэнтрыфужная прабірка аб'ёмам 2 мл (не рэкамендуецца выкарыстоўваць алавяную фальгу)
Прыклад маркіроўкі: Група + паўтараць, напрыклад, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Адгрузка:
1. Сухі лёд:Узоры трэба спакаваць у пакеты і закапаць у сухі лёд.
2. Прабіркі для стабілізацыі РНК: узоры РНК можна высушыць у прабірцы для стабілізацыі РНК (напрыклад, RNAstable®) і перавозіць пры пакаёвай тэмпературы.
Уключае наступны аналіз:
- Неапрацаваныя дадзеныя
- Кантроль якасці
- Альтэрнатыўны аналіз поліадэнілавання (APA)
- Аналіз транскрыптаў зліцця
- Альтэрнатыўны аналіз сплайсінгу
- Аналіз універсальных аднакопійных ортологаў (BUSCO) для параўнання
- Аналіз новых транскрыптаў: прагназаванне кадавальных паслядоўнасцей (CDS) і функцыянальная анатацыя
- Аналіз днРНК: прагназаванне днРНК і мішэняў
- Ідэнтыфікацыя мікраспадарожнікаў (SSR)
- Аналіз дыферэнцыяльна экспрэсаваных транскрыптаў (DET)
- Аналіз дыферэнцыяльна экспрэсаваных генаў (DEG)
- Функцыянальная анатацыя DEG і DET
Аналіз BUSCO
Альтэрнатыўны аналіз сплайсінгу
Альтэрнатыўны аналіз поліадэнілавання (APA)
Дыферэнцыяльна экспрэсаваныя гены (DEG) і транскрыпты (аналіз DETs9)
Сеткі бялкова-бялковых узаемадзеянняў DET і DEG
Даведайцеся пра дасягненні, атрыманыя дзякуючы поўнапамернаму секвенаванню мРНК PacBio 2+3 ад BMKGene, з дапамогай спецыяльна адабранай калекцыі публікацый.
Чао, К. і інш. (2019) «Дынаміка развіцця транскрыптома сцябла Populus»,Часопіс расліннай біятэхналогіі, 17(1), с. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Дэн, Х. і інш. (2022) «Дынамічныя змены ўтрымання аскарбінавай кіслаты падчас развіцця і паспявання пладоў Actinidia latifolia (багатай на аскарбат пладовай культуры) і звязаныя з гэтым малекулярныя механізмы».Міжнародны часопіс малекулярных навук, 23(10), с. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Хуа, Х. і інш. (2022) «Эфектыўнае прагназаванне генаў біясінтэтычных шляхоў, якія ўдзельнічаюць у біяактыўных поліфілінах у парыжскай поліфіле».Біялогія камунікацый2022 5:1, 5(1), с. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Лю, М. і інш. (2023) «Камбінаваны аналіз PacBio Iso-Seq і Illumina RNA-Seq транскрыптома і генаў цытахрому P450 Tuta absoluta (Meyrick)».Насякомыя, 14(4), с. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Ван, Ліцзюнь і інш. (2019) «Даследаванне складанасці транскрыптомаў з выкарыстаннем аналізу адной малекулы PacBio ў рэжыме рэальнага часу ў спалучэнні з секвенаваннем РНК Illumina для лепшага разумення біясінтэзу рыцыналевай кіслаты ў Ricinus communis».Геноміка BMC, 20(1), с. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
