Секвеніраванне геному De Novo раслін/жывёл
Перавагі абслугоўвання
Распрацоўка платформ секвенирования і біяінфарматыкі ўнановазборка геному
(Amarasinghe SL і інш.,Біялогія геному, 2020)
● Стварэнне новых геномаў і паляпшэнне існуючых эталонных геномаў для цікавых відаў.
● Больш высокая дакладнасць, бесперапыннасць і паўната зборкі
● Стварэнне фундаментальных рэсурсаў для даследаванняў палімарфізму паслядоўнасці, QTL, рэдагавання генаў, селекцыі і г.д.
● Абсталяваны поўным спектрам платформаў секвенирования трэцяга пакалення: універсальнае рашэнне для зборкі геному
● Гнуткая паслядоўнасць і зборка стратэгій, якія выконваюць розныя геномы з рознымі характарыстыкамі
● Высокакваліфікаваная каманда біяінфарматыкаў з вялікім вопытам працы са складанымі геному, уключаючы паліплоіды, гіганцкія геномы і г.д.
● Больш за 100 паспяховых выпадкаў з агульным апублікаваным імпакт-фактарам больш за 900
● Час апрацоўкі ўсяго 3 месяцы для зборкі геному на ўзроўні храмасом.
● Надзейная тэхнічная падтрымка з серыяй патэнтаў і аўтарскіх правоў на праграмнае забеспячэнне як у эксперыментальнай частцы, так і ў біяінфарматыцы.
Спецыфікацыі абслугоўвання
|
Змест
|
Платформа
|
Прачытайце даўжыню
|
Пакрыццё
|
| Даследаванне геному
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| Секвеніраванне геному
| PacBio Revio
| 15 кб HiFi Reads
| ≥ 30X
|
| Прывітанне-C
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
Працоўны працэс
Узоры патрабаванняў і пастаўка
Узоры патрабаванняў:
| Віды | тканіна | Для PacBio | Для Nanopore |
| Жывёлы | Вісцаральная органы (печань, селязёнка і інш.) | ≥ 1,0 г | ≥ 3,5 г |
| Цягліцы | ≥ 1,5 г | ≥ 5,0 г | |
| Кроў млекакормячых | ≥ 1,5 мл | ≥ 5,0 мл | |
| Кроў рыбы або птушкі | ≥ 0,2 мл | ≥ 0,5 мл | |
| Расліны | Свежае лісце | ≥ 1,5 г | ≥ 5,0 г |
| Пялёстак або сцябло | ≥ 3,5 г | ≥ 10,0 г | |
| Карані або насенне | ≥ 7,0 г | ≥ 20,0 г | |
| Клеткі | Культура клетак | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
Рэкамендаваны ўзор дастаўкі
Кантэйнер: цэнтрыфужная прабірка аб'ёмам 2 мл (фальга не рэкамендуецца)
Для большасці ўзораў мы рэкамендуем не захоўваць у этаноле.
Маркіроўка ўзораў: Узоры павінны быць выразна маркіраваны і ідэнтычныя прадстаўленай інфармацыйнай форме ўзору.
Адгрузка: сухі лёд: спачатку ўзоры трэба спакаваць у мяшкі і пахаваць у сухім лёдзе.
Працэдура абслугоўвання
Дызайн эксперыменту
Дастаўка ўзораў
Вылучэнне ДНК
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвеніраванне
Аналіз дадзеных
Пасляпродажнае абслугоўванне
* Дэманстрацыйныя вынікі, паказаныя тут, усе з геномаў, апублікаваных з дапамогай Biomarker Technologies
1.Circos на зборцы геному на ўзроўні храмасомG. rotundifoliumна платформе секвенирования Nanopore
Wang M і інш.,Малекулярная біялогія і эвалюцыя, 2021 год
2. Статыстыка зборкі і анатацыі геному жыта Вейнінга
Li G і інш.,Генетыка прыроды, 2021 год
3. Прадказанне генаўСехіум эдулегеном, атрыманы з трох метадаў прагназавання:Нановапрагназаванне, прагназаванне на аснове гамалогіі і прагназаванне на аснове дадзеных RNA-Seq
Фу А і інш.,Даследаванні садаводства, 2021 год
4. Ідэнтыфікацыя непашкоджаных доўгіх канцавых паўтораў у трох геномах бавоўны
Wang M і інш.,Малекулярная біялогія і эвалюцыя, 2021 год
5. Цеплавая карта Hi-CС. завостранаягеном, які паказвае агульнагеномныя ўзаемадзеянні ўсіх на ўсіх.Інтэнсіўнасць узаемадзеянняў Hi-C прапарцыйная лінейнай адлегласці паміж кантыгамі.Чыстая прамая лінія на гэтай цеплавой карце паказвае вельмі дакладнае замацаванне кантыгаў на храмасомах.(Каэфіцыент замацавання Contig: 96,03%)
кан М і інш.,Камунікацыі прыроды,2021 год
Справа БМК
Высакаякасная зборка геному падкрэслівае геномныя характарыстыкі жыта і важныя з аграномічнага пункту гледжання гены
Апублікавана: Генетыка прыроды, 2021 год
Стратэгія паслядоўнасці:
Зборка геному: рэжым PacBio CLR з бібліятэкай 20 кб (497 Гб, прыбл. 63×)
Карэкцыя паслядоўнасці: NGS з бібліятэкай ДНК 270 bp (430 Гб, прыбл. 54×) на платформе Illumina
Замацаванне кантыгаў: бібліятэка Hi-C (560 Гб, прыбл. 71 ×) на платформе Illumina
Аптычная карта: (779,55 Гб, прыбл. 99×) на Bionano Irys
Асноўныя вынікі
1. Быў апублікаваны зборнік геному жыта Вейнінга з агульным памерам геному 7,74 Гб (98,74% ад разліковага памеру геному паводле праточнай цытаметрыі).Scaffold N50 гэтай зборкі дасягнуў 1,04 Гб.93,67% кантыгаў былі паспяхова замацаваны на 7 псеўдахрамасомах.Гэтая зборка была ацэненая па карце сувязі, LAI і BUSCO, што прывяло да высокіх балаў ва ўсіх ацэнках.
2.На аснове гэтага геному праводзіліся далейшыя даследаванні параўнальнай геномікі, карты генетычнай сувязі, даследаванні транскрыптамікі.Была выяўлена серыя прыкмет, звязаных з геномнымі асаблівасцямі, у тым ліку агульнагеномныя дуплікацыі генаў і іх уплыў на гены біясінтэзу крухмалу;фізічная арганізацыя комплексу проламиновых локусов, асаблівасці экспрэсіі генаў, якія ляжаць у аснове ранняй рысы загалоўка і меркаваных храмасомных абласцей і локусов, звязаных з прыручэннем у жыце.
 Дыяграма Circos аб геномных асаблівасцях геному жыта Weining |  Эвалюцыйны і храмасомна-сінтэнічны аналіз геному жыта |
Лі Г., Ван Л., Ян Дж.і інш.Высакаякасная зборка геному падкрэслівае геномныя характарыстыкі жыта і важныя з аграномічнага пункту гледжання гены.Нат Генет 53,574–584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
