Секвенаванне ўсяго геному раслін/жывёл
Асаблівасці сэрвісу
Дэ-нова
Гэты метад асабліва карысны для складаных геномаў, такіх як геномы з высокай ступенню гетэразіготнасці, паўтаральнымі ўчасткамі, поліпалоіднымі геномамі, анамальным зместам CG і г.д.
Наша комплекснае рашэнне прапануе інтэграваныя паслугі секвенавання і біяінфарматычнага аналізу, якія дазваляюць атрымаць высакаякасны de novo сабраны геном. Пачатковае даследаванне геному з дапамогай Illumina дае ацэнкі памеру і складанасці геному, і гэтая інфармацыя выкарыстоўваецца для кіраўніцтва наступным этапам секвенавання доўгіх счытванняў з дапамогай PacBio HiFi, а затым...дэ-новазборка кантыгаў. Паслядоўнае выкарыстанне зборкі HiC дазваляе замацаваць кантыгі ў геноме, атрымліваючы зборку на ўзроўні храмасом. Нарэшце, геном анатаваны з дапамогай прагназавання генаў і секвенавання экспрэсаваных генаў, выкарыстоўваючы транскрыптомы з кароткімі і доўгімі чытаннямі.
-- Інтэграцыя некалькіх паслуг секвенавання і біяінфарматыкі ў адзінае рашэннеПаслуга, прыдатная для стварэння рамана
-- геномы або паляпшэнне існуючых эталонных геномаў для відаў, якія ўяўляюць цікавасць.
Перасеквенаванне
-- Падрыхтоўка бібліятэкі можа быць стандартнай або без ПЦР
-- Даступны на 4 платформах секвенавання: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 або PacBio Revio.
-- Біяінфарматычны аналіз, сканцэнтраваны на выкліку варыянтаў: SNP, InDel, SV і CNV
Перавагі абслугоўвання
●Шырокі вопыт і публікацыіДлядэ-новаДзякуючы сваім паслугам, мы назапасілі велізарны вопыт у высакаякаснай зборцы геномаў розных відаў, у тым ліку дыплоідных геномаў і вельмі складаных геномаў поліплоідных і алапаліплоідных відаў. З 2018 года мы ўнеслі свой уклад у больш чым 300 публікацый з высокім уплывам, і больш за 20 з іх апублікаваныя ў Nature Genetics. Пры паўторным секвенаванні геному мы назапасілі больш за 1000 відаў, што прывяло да больш чым 1000 апублікаваных выпадкаў з сукупным імпакт-фактарам больш за 5000.
●Універсальнае рашэнне: Уключанадэ-новасеквенаванне, наш інтэграваны падыход спалучае некалькі тэхналогій секвенавання і біяінфарматычных аналізаў у адзіны працоўны працэс, забяспечваючы высакаякасны сабраны геном.
●Адаптавана да вашых патрэбНаш працоўны працэс можна наладзіць пад розныя патрэбы, што дазваляе адаптаваць яго да геномаў з рознымі асаблівасцямі і канкрэтнымі патрэбамі даследаванняў.
●Высокакваліфікаваная каманда спецыялістаў па біяінфарматыцы і лабараторных даследаванняўЦі гэта длядэ-нованезалежна ад таго, ці праводзіцца секвенаванне або паўторнае секвенаванне, наша каманда валодае кваліфікаваным наборам інструментаў і ведаў, каб гарантаваць поспех праекта. Гэта можа быць пацверджана шэрагам распрацаваных імі патэнтаў і аўтарскіх правоў на праграмнае забеспячэнне.
● Пасляпродажная падтрымка:Нашы абавязацельствы распаўсюджваюцца і на завяршэнне праекта, бо мы прапануем 3-месячны пасляпродажны перыяд абслугоўвання. На працягу гэтага часу мы прапануем суправаджэнне праекта, дапамогу ў ліквідацыі непаладак і сесіі пытанняў і адказаў, каб адказаць на любыя пытанні, звязаныя з вынікамі.
●Комплексны біяінфарматычны аналізУ тым ліку выклік варыяцый і анатацыя функцый.
●Падрабязная анатацыя для секвенаванняМы выкарыстоўваем некалькі баз дадзеных для функцыянальнай анатацыі генаў з выяўленымі варыяцыямі і праводзім адпаведны аналіз узбагачэння, што дае ўяўленне аб вашых даследчых праектах.
Спецыфікацыі паслуг
| Варыянты, якія трэба вызначыць | Стратэгія секвенавання | Рэкамендаваная глыбіня |
| ШНП і ІнДэл | Illumina NovaSeq PE150 або MGI T7 | 10x |
| SV і CNV (менш дакладныя) | 30x | |
| SV і CNV (больш дакладныя) | Нанапорны прам P48 | 20x |
| SNP, Indel, SV і CNV | PacBio Revio | 10x |
Патрабаванні да ўзораў
| Тканкавыя або экстрагаваныя нуклеінавыя кіслоты | Ілюміна/МГІ | Нанапоры | ПакБія
| ||
| Жывёльныя вантробы | 0,5-1 г | ≥ 3,5 г
| ≥ 3,5 г
| ||
| Мышцы жывёл | ≥ 5 г
| ≥ 5 г
| |||
| Кроў млекакормячых | 1,5 мл | ≥ 0,5 мл
| ≥ 5 мл
| ||
| Кроў птушкі/рыбы | ≥ 0,1 мл
| ≥ 0,5 мл
| |||
| Расліна - свежы ліст | 1-2 г | ≥ 2 г
| ≥ 5 г
| ||
| Культыўныя клеткі |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Мяккія тканіны насякомых/асоба | 0,5-1 г | ≥ 1 г
| ≥ 3 г
| ||
| Вынятая ДНК
| Канцэнтрацыя: ≥ 1 нг/мкл Колькасць: ≥ 30 нг Абмежаваная або адсутная дэградацыя або забруджванне
| Канцэнтрацыя Сума
АД260/280
АД260/230
Абмежаваная або адсутная дэградацыя або забруджванне
| ≥ 40 нг/мкл 4 мкг/праточная ячэйка/ўзор
1,7-2,2
≥1,5 | Канцэнтрацыя Сума
АД260/280
АД260/230
Абмежаваная або адсутная дэградацыя або забруджванне | ≥ 50 нг/мкл 10 мкг/праточная ячэйка/ўзор
1,7-2,2
1,8-2,5 |
| Падрыхтоўка бібліятэкі без ПЦР: Канцэнтрацыя ≥ 40 нг/мкл Колькасць ≥ 500 нг | |||||
Працоўны працэс абслугоўвання
Дастаўка ўзораў
Экстракцыя ДНК
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвенаванне
Аналіз дадзеных
Дастаўка дадзеных
Дэ-новабіяінфарматычны канвеер
Калі вы хочаце азнаёміцца з аглядам нашых розных трубаправодаў для зборкі:
Поўны біяінфарматычны аналіз, падзелены на 4 этапы:
1. Геномнае даследаванне, заснаванае на k-мерным аналізе з выкарыстаннем NGS-чытанняў.Гэта дасць нам інфармацыю пра:
- Ацэнка памеру геному
- Ацэнка гетэразіготнасці
- Ацэнка паўтаральных абласцей
2. Зборка геному з дапамогай PacBio HiFi.Выкарыстанне доўгіх тэкстаў дасць нам:
- Дэ-новазборка
- Ацэнка зборкі: у тым ліку аналіз BUSCO на паўнату геному і картаграфаванне дадзеных NGS і PacBio HiFi
3. Зборка Hi-C.Пасля таго, як мы атрымаем зборку, інфармацыя пра трохмерную структуру геному паглыбіць веды і ўзбагаціць эталонны геном, які мы ствараем.
- Кантроль якасці бібліятэкі Hi-C для ацэнкі сапраўдных узаемадзеянняў Hi-C.
- Зборка Hi-C. Мы зробім кластэрызацыю кантыгаў па групах, а затым упарадкуем іх унутры кожнай групы і прызначым арыентацыю кантыгаў.
- Ацэнка Hi-C
4. Анатацыя геному:
- Прадказанне некадзіруючай РНК
- Ідэнтыфікацыя паўтаральных паслядоўнасцей (транспазоны і тандемныя паўторы)
- Прадказанне генаў
- Дэ-новаалгарытмы ab initio
- На аснове гамалогіі
- На аснове транскрыптома, з доўгімі і кароткімі чытаннямі: чытанні ёсцьдэ-новасабраны або нанесены на карту чарнавіка геному
- Анатацыя прадказаных генаў з дапамогай некалькіх баз дадзеных
Паўторнае секвенаваннебіяінфарматычны канвеер
Уключае наступны аналіз:
- Кантроль якасці неапрацаваных дадзеных
- Статыстыка выраўноўвання з эталонным геномам
- Ідэнтыфікацыя варыянтаў: SNP, InDel, SV і CNV
- Функцыянальная анатацыя варыянтаў
Статыстыка выраўноўвання з эталонным геномам — размеркаванне глыбіні секвенавання
SNP-выклік сярод некалькіх узораў
Ідэнтыфікацыя InDel — статыстыка даўжыні InDel у рэгіёне CDS і ў рэгіёне ўсяго геному
Размеркаванне варыянтаў па ўсім геноме — графік Circos
Функцыянальная анатацыя генаў з ідэнтыфікаванымі варыянтамі – Генная анталогія
Chai, Q. і інш. (2023) «Глутатыён-S-трансфераза GhTT19 вызначае пігментацыю пялёсткаў кветкі праз рэгуляванне назапашвання антоціанаў у бавоўне».Часопіс расліннай біятэхналогіі, 21 (2), с. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
Чэн, Х. і інш. (2023) «Геном дзікай Hevea brasiliensis на ўзроўні храмасом забяспечвае новыя інструменты для геномнай селекцыі і каштоўныя локусы для павышэння выхаду каўчуку».Часопіс расліннай біятэхналогіі, 21(5), с. 1058–1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
Лі, К. і інш. (2021) «Геномныя паслядоўнасці раскрываюць глабальныя шляхі распаўсюджвання і сведчаць аб канвергентных генетычных адаптацыях у эвалюцыі марскіх канькоў»,Прырода Камунікацыі, 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
Лі, Ю. і інш. (2023) «Маштабныя храмасомныя змены прыводзяць да зменаў экспрэсіі на ўзроўні геному, адаптацыі да навакольнага асяроддзя і відаўтварэння ў гаяла (Bos frontalis)»,Малекулярная біялогія і эвалюцыя, 40 (1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
Цянь, Т. і інш. (2023) «Зборка геному і генетычнае рассячэнне вядомай засухаўстойлівай зародкавай плазмы кукурузы»,Генетыка прыроды 202355:3, 55 (3), стар 496-506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. і інш. (2023) «Выяўленне эвалюцыі біясінтэзу алкалоідаў трапана шляхам аналізу двух геномаў сямейства паслёнавых».Прырода Камунікацыі2023 14:1, 14(1), с. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Цзэн, Т. і інш. (2022) «Аналіз змяненняў геному і метылявання ў кітайскіх карэнных парод курэй з цягам часу дае ўяўленне пра захаванне віду».Біялогія камунікацый, 5(1), с. 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
Складаныя тэматычныя даследаванні:
Зборка тэламер з тэламерамі:Фу, А. і інш. (2023) «Зборка геному ад тэламер да тэламер горкай дыні (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) раскрывае развіццё, склад і генетычныя характарыстыкі паспявання пладоў»,Даследаванні ў галіне садаводства, 10 (1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Зборка гаплатыпаў:Ху, У. і інш. (2021) «Алельна-вызначаны геном выяўляе біялельную дыферэнцыяцыю падчас эвалюцыі маніёкі»,Малекулярны завод, 14 (6), стар. 851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Гіганцкая зборка геному:Юань, Дж. і інш. (2022) «Геномная аснова гігахрамасом і гігагеному дрэвападобнага півоні Paeonia ostii».Прырода Камунікацыі2022 13:1, 13(1), с. 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Зборка поліплоіднага геному:Zhang, Q. і інш. (2022) «Геномныя дадзеныя аб нядаўнім зніжэнні колькасці храмасом аўтапаліплоіднага цукровага трыснёга Saccharum spontaneum»,Генетыка прыроды 202254:6, 54 (6), стар 885-896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
