-
Узаемадзеянне храмаціну на аснове Hi-C
Hi-C — гэта метад, прызначаны для фіксацыі геномнай канфігурацыі шляхам спалучэння зондавання ўзаемадзеянняў на аснове блізкасці і высокапрадукцыйнага секвенавання. Метад заснаваны на зшыванні храматыну з фармальдэгідам, а затым на пераварванні і паўторным лігаванні такім чынам, што толькі кавалентна звязаныя фрагменты будуць утвараць прадукты лігавання. Шляхам секвенавання гэтых прадуктаў лігавання можна вывучаць трохмерную арганізацыю геному. Hi-C дазваляе вывучаць размеркаванне частак геному, якія слаба спакаваныя (А-адсекі, эўхрамацін) і, хутчэй за ўсё, транскрыпцыйна актыўныя, а таксама рэгіёнаў, якія больш шчыльна спакаваныя (В-адсекі, гетэрахрамацін). Hi-C таксама можа быць выкарыстаны для выяўлення тапалагічна асацыяваных даменаў (TAD), рэгіёнаў геному, якія маюць складзеныя структуры і, верагодна, маюць падобныя патэрны экспрэсіі, а таксама для ідэнтыфікацыі завес храматыну, рэгіёнаў ДНК, якія злучаны разам бялкамі і якія часта ўзбагачаны рэгуляторнымі элементамі. Служба секвенавання Hi-C ад BMKGene дазваляе даследчыкам даследаваць прасторавыя вымярэнні геномікі, адкрываючы новыя шляхі для разумення рэгуляцыі геному і яе ўплыву на здароўе і хваробы.
-
Імунапрэцыпітацыйнае секвенаванне храмаціну (ChIP-seq)
Імунапрэцыпітацыя храмаціну (CHIP) — гэта метад, які выкарыстоўвае антыцелы для селектыўнага ўзбагачэння бялкоў, якія звязваюць ДНК, і адпаведных ім геномных мішэняў. Яго інтэграцыя з NGS дазваляе прафіляваць ДНК-мішэні па ўсім геноме, звязаныя з мадыфікацыяй гістонаў, транскрыпцыйнымі фактарамі і іншымі ДНК-звязальнымі бялкамі. Гэты дынамічны падыход дазваляе параўноўваць сайты звязвання ў розных тыпах клетак, тканінах або станах. Прымяненне ChIP-Seq ахоплівае ўсё ад вывучэння рэгуляцыі транскрыпцыі і шляхоў развіцця да высвятлення механізмаў захворванняў, што робіць яго незаменным інструментам для разумення ландшафтаў геномнай рэгуляцыі і пашырэння тэрапеўтычных ведаў.
Платформа: Illumina NovaSeq
-
Поўнае секвенаванне бісульфітаў геному (WGBS)
Гэтая методыка, заснаваная на апрацоўцы ДНК бісульфітам для індукцыі пераўтварэння неметыляваных цытазінаў у урацыл (C у U), пакідаючы пры гэтым метыляваныя цытазіны нязменнымі, з'яўляецца залатым стандартам для паглыбленага вывучэння метылявання ДНК, у прыватнасці пятай пазіцыі ў цытазіне (5-mC), ключавым рэгулятары экспрэсіі генаў і клеткавай актыўнасці.
Гэтая методыка прапануе разрозненне па адной базе, што дазваляе даследчыкам усебакова даследаваць метылом і выяўляць анамальныя заканамернасці метылявання ва ўзорах. Выкарыстоўваючы WGBS, навукоўцы могуць атрымаць беспрэцэдэнтную інфармацыю аб ландшафтах метылявання ўсяго геному, што забяспечвае тонкае разуменне эпігенетычных механізмаў, якія ляжаць у аснове розных біялагічных працэсаў і захворванняў.
-
Аналіз на транспазаза-даступны храмацін з дапамогай высокапрадукцыйнага секвенавання (ATAC-seq)
ATAC-seq — гэта высокапрадукцыйны метад секвенавання, які выкарыстоўваецца для аналізу даступнасці храматыну па ўсім геноме. Ён дазваляе глыбей зразумець складаныя механізмы глабальнага эпігенетычнага кантролю над экспрэсіяй генаў. У гэтым метадзе выкарыстоўваецца гіперактыўная транспозаза Tn5 для адначасовай фрагментацыі і маркіроўкі адкрытых участкаў храматыну шляхам устаўкі адаптараў секвенавання. Паслядоўная ПЛР-ампліфікацыя прыводзіць да стварэння бібліятэкі секвенавання, якая дазваляе праводзіць комплексную ідэнтыфікацыю адкрытых участкаў храматыну ў пэўных прасторава-часавых умовах. ATAC-seq забяспечвае цэласнае ўяўленне аб даступных ландшафтах храматыну, у адрозненне ад метадаў, якія сканцэнтраваны выключна на сайтах звязвання транскрыпцыйных фактараў або канкрэтных мадыфікаваных гістонамі участках. Шляхам секвенавання гэтых адкрытых участкаў храматыну, ATAC-seq выяўляе ўчасткі, якія, хутчэй за ўсё, з'яўляюцца актыўнымі рэгуляторнымі паслядоўнасцямі і патэнцыйнымі сайтамі звязвання транскрыпцыйных фактараў, што дае каштоўную інфармацыю аб дынамічнай мадуляцыі экспрэсіі генаў па ўсім геноме.
-
Скарачэнне прадстаўніцтва бісульфітнага секвенавання (RRBS)
Бісульфітнае секвенаванне з рэдуцыраванай рэпрэзентацыяй (RRBS) абапіраецца на ўзбагачэнне багатых на CpG-астраўкі участкаў шляхам расшчаплення MspI з наступным адборам па памеры фрагментаў памерам 200-500/600 пар зыходных пунктаў. Такім чынам, секвенуюцца толькі ўчасткі, размешчаныя паблізу CpG-астраўкоў, а ўчасткі з аддаленымі CpG-астраўкамі выключаюцца з аналізу. Гэты працэс у спалучэнні з бісульфітным секвенаваннем дазваляе выяўляць метыляванне ДНК з высокім разрозненнем, а падыход секвенавання PE150 факусуецца менавіта на канцах уставак, а не на сярэдзіне, што павышае эфектыўнасць прафілявання метылявання.
Гэты метад стаў эканамічна эфектыўнай і эфектыўнай альтэрнатывай поўнагеномнаму бісульфітнаму секвенаванню (WGBS) у даследаваннях метылявання ДНК. Хоць WGBS дае ўсебаковую інфармацыю, вывучаючы ўвесь геном з дазволам адной асновы, яго высокі кошт можа быць абмежавальным фактарам, і RRBS стратэгічна змяншае гэтую праблему, выбарачна аналізуючы прадстаўнічую частку геному. Гэтая методыка з'яўляецца неацэнным інструментам, які дазваляе праводзіць эканамічна эфектыўныя даследаванні метылявання ДНК і пашырае веды аб эпігенетычных механізмах.
