-
Метагеномнае секвенаванне -NGS
Метагеном — гэта сукупнасць усяго генетычнага матэрыялу змешанай супольнасці арганізмаў, напрыклад, метагеномаў навакольнага асяроддзя і чалавека. Ён змяшчае геномы як культываваных, так і некультываваных мікраарганізмаў. Метагеномнае секвенаванне з дапамогай стрэльбы з выкарыстаннем NGS дазваляе вывучаць гэтыя складаныя геномныя ландшафты, убудаваныя ва ўзоры навакольнага асяроддзя, забяспечваючы не толькі таксанамічнае прафіляванне, але і падрабязнае разуменне відавай разнастайнасці, дынамікі колькасці і складаных папуляцыйных структур. Акрамя таксанамічных даследаванняў, стрэльбавая метагеноміка таксама прапануе функцыянальную геномічную перспектыву, дазваляючы даследаваць закадаваныя гены і іх меркаваную ролю ў экалагічных працэсах. Нарэшце, стварэнне карэляцыйных сетак паміж генетычнымі элементамі і фактарамі навакольнага асяроддзя спрыяе цэласнаму разуменню складанага ўзаемадзеяння паміж мікробнымі супольнасцямі і іх экалагічным фонам. У заключэнне, метагеномнае секвенаванне з'яўляецца ключавым інструментам для раскрыцця геномных складанасцей розных мікробных супольнасцей, асвятляючы шматгранныя ўзаемаадносіны паміж генетыкай і экалогіяй у гэтых складаных экасістэмах.
Платформы: Illumina NovaSeq і DNBSEQ-T7
-
Метагеномнае секвенаванне-TGS
Метагеном — гэта сукупнасць генетычнага матэрыялу змешанай супольнасці арганізмаў, такіх як метагеномы навакольнага асяроддзя і чалавека. Ён змяшчае геномы як культываваных, так і некультываваных мікраарганізмаў. Метагеномнае секвенаванне дазваляе вывучаць гэтыя складаныя геномныя ландшафты, убудаваныя ў экалагічныя ўзоры, забяспечваючы больш, чым проста таксанамічнае прафіляванне. Яно таксама прапануе функцыянальную геномную перспектыву, даследуючы закадаваныя гены і іх меркаваную ролю ў працэсах навакольнага асяроддзя. У той час як традыцыйныя падыходы з секвенаваннем "дробяком" з Illumina шырока выкарыстоўваліся ў метагеномных даследаваннях, з'яўленне доўгатэрміновага секвенавання Nanopore і PacBio змяніла гэтую галіну. Тэхналогіі Nanopore і PacBio паляпшаюць наступныя біяінфарматычныя аналізы, у прыватнасці, зборку метагеномаў, забяспечваючы больш бесперапынныя зборкі. Паведамленні паказваюць, што метагеноміка на аснове Nanopore і PacBio паспяхова стварыла поўныя і закрытыя бактэрыяльныя геномы са складаных мікрабіёмаў (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Інтэграцыя счытванняў Nanopore з счытваннямі Illumina забяспечвае стратэгічны падыход да карэкцыі памылак, змяншаючы ўласцівую Nanopore нізкую дакладнасць. Гэта сінергічнае спалучэнне выкарыстоўвае моцныя бакі кожнай платформы секвенавання, прапаноўваючы надзейнае рашэнне для пераадолення патэнцыйных абмежаванняў і павышэння дакладнасці і надзейнасці метагеномных аналізаў.
Платформа: Nanopore PromethION 48, Illumia і PacBio Revio
-
Секвенаванне ампліконаў 16S/18S/ITS - PacBio
Гены 16S і 18S рРНК, разам з вобласцю ўнутранага транскрыпцыйнага спейсера (ITS), служаць ключавымі маркерамі малекулярных адбіткаў пальцаў дзякуючы спалучэнню высокакансерватыўных і гіперварыябельных рэгіёнаў, што робіць іх неацэннымі інструментамі для характарыстыкі пракарыятычных і эўкарыятычных арганізмаў. Ампліфікацыя і секвенаванне гэтых рэгіёнаў прапануюць падыход без ізаляцыі для даследавання мікробнага складу і разнастайнасці ў розных экасістэмах. Хоць секвенаванне Illumina звычайна накіравана на кароткія гіперварыябельныя рэгіёны, такія як V3-V4 16S і ITS1, было паказана, што лепшая таксанамічная анатацыя дасягаецца шляхам секвенавання поўнай даўжыні 16S, 18S і ITS. Гэты комплексны падыход прыводзіць да больш высокага працэнта дакладна класіфікаваных паслядоўнасцей, дасягаючы ўзроўню раздзяляльнай здольнасці, які распаўсюджваецца на ідэнтыфікацыю відаў. Платформа секвенавання адзінкавых малекул у рэжыме рэальнага часу (SMRT) ад PacBio вылучаецца тым, што забяспечвае высокадакладныя доўгія чытанні (HiFi), якія ахопліваюць ампліконы поўнай даўжыні, канкуруючы з дакладнасцю секвенавання Illumina. Гэтая магчымасць дазваляе даследчыкам атрымаць непераўзыдзеную перавагу — панарамны агляд генетычнага ландшафту. Пашыранае ахопленне значна павышае раздзяляльную здольнасць пры анатацыі відаў, асабліва ў бактэрыяльных або грыбковых супольнасцях, што дазваляе глыбей зразумець складанасці мікробных папуляцый.
-
Секвенаванне ампліконаў 16S/18S/ITS-NGS
Секвенаванне ампліконаў з выкарыстаннем тэхналогіі Illumina, накіраванае спецыяльна на генетычныя маркеры 16S, 18S і ITS, з'яўляецца магутным метадам для раскрыцця філагеніі, таксанаміі і колькасці відаў у мікробных супольнасцях. Гэты падыход прадугледжвае секвенаванне гіперварыябельных участкаў хатніх генетычных маркераў. Першапачаткова ўведзены ў якасці малекулярнага адбітка пальцаВузэс і інш.У 1977 годзе гэтая методыка зрабіла рэвалюцыю ў прафіляванні мікрабіёма, дазволіўшы аналіз без ізаляцыі. Дзякуючы секвенаванню 16S (бактэрыі), 18S (грыбы) і ўнутранага транскрыпцыйнага спэйсера (ITS, грыбы), даследчыкі могуць ідэнтыфікаваць не толькі распаўсюджаныя віды, але і рэдкія і неідэнтыфікаваныя. Шырока прынятае ў якасці асноўнага інструмента, секвенаванне ампліконаў стала важным інструментам для вызначэння дыферэнцыяльнага мікробнага складу ў розных асяроддзях, у тым ліку ў роце чалавека, кішачніку, кале і іншых месцах.
-
Паўторнае секвенаванне геномаў бактэрый і грыбоў
Праекты па паўторным секвенаванні геномаў бактэрый і грыбоў маюць вырашальнае значэнне для развіцця мікробнай геномікі, бо дазваляюць завяршыць і параўнаць мікробныя геномы. Гэта спрыяе распрацоўцы ферментацыйнай інжынерыі, аптымізацыі прамысловых працэсаў і вывучэнню шляхоў другаснага метабалізму. Акрамя таго, паўторнае секвенаванне грыбоў і бактэрый мае вырашальнае значэнне для разумення адаптацыі да навакольнага асяроддзя, аптымізацыі штамаў і выяўлення дынамікі генетычнай эвалюцыі, што мае шырокае значэнне ў медыцыне, сельскай гаспадарцы і навуцы аб навакольным асяроддзі.
-
Секвенаванне пракарыятычнай РНК
РНК-секвенаванне дазваляе правесці комплекснае прафіляванне ўсіх РНК-транскрыптаў у клетках пры пэўных умовах. Гэтая перадавая тэхналогія служыць магутным інструментам, які раскрывае складаныя профілі экспрэсіі генаў, генныя структуры і малекулярныя механізмы, звязаныя з рознымі біялагічнымі працэсамі. Шырока ўжываецца ў фундаментальных даследаваннях, клінічнай дыягностыцы і распрацоўцы лекаў, РНК-секвенаванне дае разуменне складанасцей клетачнай дынамікі і генетычнай рэгуляцыі. Наша апрацоўка ўзораў пракарыятычнай РНК адаптавана для пракарыятычных транскрыптомаў, уключаючы дэплецыю рРНК і накіраваную падрыхтоўку бібліятэк.
-
Секвенаванне метатранскрыптомаў
Выкарыстоўваючы тэхналогію секвенавання Illumina, служба секвенавання метатранскрыптомаў BMKGENE раскрывае дынамічную экспрэсію генаў разнастайных мікробаў, ад эўкарыёт да пракарыёт і вірусаў, у прыродных асяроддзях, такіх як глеба, вада, мора, кал і кішачнік. Наш комплексны сэрвіс дазваляе даследчыкам паглыбіцца ў поўныя профілі экспрэсіі генаў складаных мікробных супольнасцей. Акрамя таксанамічнага аналізу, наша служба секвенавання метатранскрыптомаў спрыяе даследаванню функцыянальнага ўзбагачэння, праліваючы святло на дыферэнцыяльна экспрэсаваныя гены і іх ролі. Адкрыйце для сябе багацце біялагічных ведаў, арыентуючыся ў складаных ландшафтах экспрэсіі генаў, таксанамічнай разнастайнасці і функцыянальнай дынамікі ў гэтых розных экалагічных нішах.
-
Зборка геному грыбка De novo
BMKGENE прапануе універсальныя рашэнні для грыбковых геномаў, задавальняючы разнастайныя патрэбы даследаванняў і жаданую паўнату геному. Выкарыстанне толькі кароткатэрміновага секвенавання Illumina дазваляе стварыць чарнавік геному. Кароткія і доўгія секвенаванне з выкарыстаннем Nanopore або Pacbio спалучаюцца для атрымання больш вытанчанага грыбковага геному з больш доўгімі кантыгамі.
-
Зборка бактэрыяльнага геному De Novo
Мы прапануем поўны спектр паслуг па зборцы бактэрыяльнага геному, гарантуючы адсутнасць прабелаў. Гэта магчыма дзякуючы інтэграцыі тэхналогій секвенавання доўгіх счытванняў, такіх як Nanopore і PacBio для зборкі, і секвенавання кароткіх счытванняў з Illumina для праверкі зборкі і карэкцыі памылак ONT-счытванняў. Наш сэрвіс забяспечвае поўны біяінфарматычны працоўны працэс ад зборкі, функцыянальнай анатацыі да пашыранага біяінфарматычнага аналізу, выконваючы канкрэтныя даследчыя мэты. Гэты сэрвіс дазваляе распрацоўваць дакладныя эталонныя геномы для розных генетычных і геномных даследаванняў. Акрамя таго, ён фарміруе аснову для такіх прыкладанняў, як аптымізацыя штамаў, генная інжынерыя і распрацоўка мікробных тэхналогій, забяспечваючы надзейныя і безпрабелавыя геномныя дадзеныя, якія маюць вырашальнае значэнне для развіцця навуковых ведаў і біятэхналагічных інавацый.
