прадукты

Секвенирование пракарыётычнай РНК

Секвеніраванне пракарыётычнай РНК Рэкамендаваны малюнак

Секвеніраванне пракарыётычнай РНК выкарыстоўвае секвеніраванне наступнага пакалення (NGS), каб выявіць прысутнасць і колькасць РНК у пэўны момант шляхам аналізу зменлівага клеткавага транскрыптому.Секвеніраванне пракарыётнай РНК нашай кампаніі спецыяльна накіравана на пракарыёт з эталоннымі геномамі, забяспечваючы прафіляванне транскрыптомаў, аналіз структуры генаў і г.д. Яно шырока выкарыстоўваецца для фундаментальных навуковых даследаванняў, даследаванняў і распрацоўкі лекаў і г.д.

Платформа: платформа Illumina NovaSeq

Звяжыцеся з намі

Падрабязнасці абслугоўвання

Спецыфікацыі абслугоўвання

Платформа: платформа Illumina NovaSeq, PE150

Тып бібліятэкі: бібліятэка кДНК устаўкі 350 біт (залежыць ад размеркавання пікаў)

Стратэгія секвенирования: парны канец 150 п.н

Рэкамендаваны аб'ём даных: 2 Гб неапрацаваных даных/узор

Біяінфарматыка

(1) Кантроль якасці дадзеных секвенирования: размеркаванне нуклеатыдаў, размеркаванне базавай якасці, ацэнка суадносін рРНК;

(2) Аналіз выраўноўвання паслядоўнасці: статыстыка вынікаў выраўноўвання, насычанасць секвенирования, ахоп секвенирования;

(3) Анатацыя эталоннага геному (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);

(4) Аналіз экспрэсіі: размеркаванне экспрэсіі (з двума ці больш узорамі), аналіз экспрэсіі паміж узорамі (аналіз Венна, карэляцыйны аналіз, аналіз PCA);

(5) Дыферэнцыяльны аналіз экспрэсіі (з двума ці больш узорамі);

(6) Аналіз набору генаў: аналіз Вэна, кластарны аналіз, аналіз анатацый функцый (COG, GO, KEGG), аналіз узбагачэння функцый (GO, KEGG), акордальны графік узбагачэння функцый, аналіз Ipath;

(7) аналіз sRNA: прагназаванне sRNA, анатацыя sRNA (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), прагназаванне другаснай структуры sRNA, прадказанне мэтавага гена sRNA;

(8) Аналіз структуры транскрыптаў: аналіз оперона, прагназаванне пачатку і канца транскрыпцыі, анатацыя і аналіз UTR, прагназаванне паслядоўнасці промотора, аналіз SNP/InDel (анатацыя SNP/InDel, рэгіянальнае размеркаванне SNP/InDel, статыстыка SNP).