Секвенаванне пракарыятычнай РНК
Асаблівасці
● Апрацоўка ўзораў РНК уключала дэплецыю рРНК з наступнай падрыхтоўкай накіраванай бібліятэкі РНК.
● Біяінфарматычны аналіз, заснаваны на выраўноўванні з эталонным геномам
● Аналіз уключае экспрэсію генаў і дыферэнцыяльныя эквіваленты (DEG), а таксама аналіз структуры транскрыптаў і sRNA
Перавагі абслугоўвання
●Строгі кантроль якасціМы ўкараняем асноўныя кантрольныя пункты на ўсіх этапах, ад падрыхтоўкі ўзораў і бібліятэк да секвенавання і біяінфарматыкі. Гэты дбайны маніторынг гарантуе атрыманне вынікаў пастаянна высокай якасці.
●Дадзеныя секвенавання, спецыфічныя для ланцуга: з-за накіраванасці падрыхтоўкі бібліятэкі РНК, што дазваляе ідэнтыфікаваць антысэнсавыя транскрыпты.
●Поўны аналіз, адаптаваны да пракарыятычных транскрыптомаўБіяінфарматычны канвеер уключае не толькі аналіз экспрэсіі генаў, але і аналіз структуры транскрыптаў, у тым ліку ідэнтыфікацыю аперонаў, нетрансліруемых рэгіёнаў (UTR) і прамотараў. Ён таксама ўключае аналіз sRNA, а менавіта анатацыю і прагназаванне другаснай структуры і мішэняў.
●Пасляпродажная падтрымкаНашы абавязацельствы распаўсюджваюцца і на завяршэнне праекта, бо мы прапануем 3-месячны пасляпродажны перыяд абслугоўвання. На працягу гэтага часу мы прапануем суправаджэнне праекта, дапамогу ў ліквідацыі непаладак і сесіі пытанняў і адказаў, каб адказаць на любыя пытанні, звязаныя з вынікамі.
Патрабаванні да ўзораў і дастаўка
| Бібліятэка | Стратэгія секвенавання | Рэкамендаваныя дадзеныя | Кантроль якасці |
| Накіраваная бібліятэка з дэфіцытам рРНК | Ілюміна PE150 | 1-2 Гб | Q30≥85% |
Патрабаванні да ўзораў:
| Канцэнтрацыя (нг/мкл) | Колькасць (мкг) | Чысціня | Цэласнасць |
| ≥ 50 | ≥ 1 | АД260/280=1,8-2,0 АД260/230=1,0-2,5 Абмежаванае або адсутнае забруджванне бялком або ДНК на гелі. | RIN≥6,5 |
Рэкамендаваная дастаўка ўзораў
Ёмістасць: цэнтрыфужная прабірка аб'ёмам 2 мл (не рэкамендуецца выкарыстоўваць алавяную фальгу)
Прыклад маркіроўкі: Група + паўтараць, напрыклад, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Адгрузка:
1. Сухі лёд: Узоры неабходна спакаваць у пакеты і закапаць у сухі лёд.
2. Прабіркі для стабілізацыі РНК: узоры РНК можна высушыць у прабірцы для стабілізацыі РНК (напрыклад, RNAstable®) і перавозіць пры пакаёвай тэмпературы.
Працоўны працэс абслугоўвання
Дастаўка ўзораў
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвенаванне
Аналіз дадзеных
Пасляпродажнае абслугоўванне
Працоўны працэс біяінфарматычнага аналізу
Уключае наступны аналіз:
● Кантроль якасці неапрацаваных дадзеных
● Выраўноўванне з эталонным геномам
● Ацэнка якасці бібліятэкі: выпадковасць фрагментацыі РНК, памер устаўкі і насычанасць секвенавання
● Функцыянальная анатацыя прадказаных кадуючых генаў
● Аналіз экспрэсіі: карэляцыя і аналіз галоўных кампанент (PCA)
● Дыферэнцыяльная экспрэсія генаў (DEG)
● Функцыянальная анатацыя і ўзбагачэнне дыферэнцыяльных элементаў
● Аналіз рРНК: прагназаванне, анатацыя, мішэнь і прадказанне другаснай структуры
● Аналіз структуры транскрыпта: апероны, пачатковыя і канчатковыя пазіцыі, нетрансліруемы рэгіён (UTS), прамотар і аналіз SNP/InDel
Насычэнне паслядоўнасці
Функцыянальная анатацыя кадуючых генаў
Карэляцыя паміж узорамі
Аналіз дыферэнцыяльна экспрэсаваных генаў (DEG)
Аналіз функцыянальнага ўзбагачэння
анатацыя рРНК
Азнаёмцеся з дасягненнямі, якія дасягаюцца дзякуючы паслугам поўнапамернага секвенавання мРНК Nanopore ад BMKGene, у гэтай публікацыі.
Гуань, К.П. і інш. (2018) «Глабальныя змены транскрыптома біяплёнкаўтвараючага Staphylococcus epidermidis у адказ на агульныя алкалоіды Sophorea alopecuroides».Польскі часопіс мікрабіялогіі, 67 (2), с. 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024.
