Пратэоміка
Асаблівасці
●Якасная пратэоміка: выкарыстоўвае вадкасную хроматографію-мас-спектрометрыю/мас-спектрометрыю (LC-MS/MS) для вызначэння складу бялкоў у складаных узорах (гель-палоскі SDS-PAGE, IP, Co-IP, Pull-down). Перавагі: адсутнасць абмежаванняў па колькасці ўзораў, хуткае выяўленне, простая апрацоўка ўзораў, высокая прапускная здольнасць і магчымасць выяўляць бялкі з нізкай колькасцю ўзораў.
● Колькасная пратэоміка без метак: тэхналогія без метак з выяўленнем асобных узораў. Колькасна вызначае бялкі шляхам параўнання інтэнсіўнасці пептыдных сігналаў у дадзеных мас-спектрометрыі. Перавагі: простая аперацыя, высокая прапускная здольнасць (без абмежавання колькасці ўзораў) і шырокая прымяняльнасць (падыходзіць для дыферэнцыяльнага параўнання бялкоў "прысутнасць/адсутнасць" розных відаў).
● DIA Колькасная пратэоміка: выкарыстоўвае рэжым незалежнага ад дадзеных збору дадзеных (DIA), скануючы ўсе іоны ў сегментаваных вокнах для атрымання поўнай інфармацыі пра іоны. Перавагі: лепшая паўтаральнасць, больш высокі пакрыццё бялкоў і больш дакладная колькасная ацэнка, чым у рэжыме DDA (TMT/без маркіроўкі), ідэальна падыходзіць для даследаванняў вялікіх выбарак.
● 4D-Label Free Collective Proteomics/4D-DIA Collective Proteomics: заснаваны на мас-спектрометры Bruker timsTOF, дадае рухомасць іонаў (папярочны сячэнне сутыкнення) да традыцыйнага 3D-падзелу. Перавагі: палепшанае выкарыстанне і дакладнасць іонаў, значнае паляпшэнне глыбіні ахопу, адчувальнасці і прапускной здольнасці; большая глыбіня ідэнтыфікацыі ў параўнанні з традыцыйным 3D-метадам.
● Astral Label Free Quantitative Proteomics/Astral DIA Quantitative Proteomics: заснаваны на мас-спектрометры высокага разрознення Orbitrap™ Astral™. Перавагі: больш высокая прапускная здольнасць (больш за 100 узораў/дзень з 8-хвілінным градыентам), больш глыбокае пакрыццё (больш за 8000 бялкоў выяўляецца ў клетках HeLa за 8 хвілін) і больш высокая адчувальнасць (патрабуецца менш узораў).
● Колькасная пратэоміка TMT: выкарыстоўвае 18 ізатопных метак для маркіроўкі пептыдаў для адначасовага выяўлення 18 узораў. Перавагі: высокая стабільнасць (мінімальны ўплыў на стабільнасць прыбора, малая памылка сістэмы) і высокая адчувальнасць (фракцыянаванне памяншае складанасць узораў, паляпшаючы выяўленне бялкоў з нізкай колькасцю).
● Мэтавая пратэоміка з выкарыстаннем PRM: мэтавая тэхналогія высокага разрознення для селектыўнага выяўлення мэтавых бялкоў/пептыдаў. Перавагі: дазваляе адносна/абсалютна колькасную ацэнку і праверку вынікаў колькаснай пратэомікі; адсутнасць абмежаванняў па антыцелах, больш шырокае прымяненне, чым у Western-блоттынгу і ELISA.
Перавагі
● Пашыранае абсталяванне: абсталяваны як традыцыйнымі пратэомнымі платформамі, так і перадавымі мас-спектрометрамі высокай глыбіні (напрыклад, 4D, Astral).
● Стабільнае выяўленне: строгія сістэмы кантролю якасці забяспечваюць паслядоўныя і стабільныя працэсы тэсціравання.
● Надзейныя вынікі: адначасовы якасны і колькасны аналіз дае адносную экспрэсію, малекулярную масу, колькасць і іншыя ключавыя дадзеныя для кожнай групы.
● Высокая аўтаматызацыя: Аўтаматызаваныя сістэмы LC-MS дазваляюць хутка праводзіць аналіз і выдатна раздзяляць рэчывы.
Спецыфікацыі паслуг
| Параўнанне метадаў немэтавой пратэомікі | ||||
| Без этыкетак | АСВ | ТМТ | ||
| Маркіроўка | NO | NO | ТАК | |
| Рэжым сканавання дадзеных | ДДА | ДДА | АСВ | ДДА |
| Узнаўляльнасць | Ніжэй | Высокі | Высокі | |
| Адчувальнасць | Ніжэй | Высокі | Высокі | |
| Мультыплексаванне | NO | ТАК | NO | ТАК |
| Прыкладанне | Параўнанне наяўнасці/адсутнасці бялку | Буйнамаштабныя ўзоры | Аналіз розных партый узораў | Параўнанне дыферэнцыяльнай экспрэсіі бялкоў у тым жа відзе і тканіне |
| Дакладнасць | ★ | ★★ (4D/Astral DlA ★★★) | ★★ | |
| Колькасць выяўленняў | ★ | ★★(4D/Astral D|A★★★) | ★★ | |
Патрабаванні да ўзораў
Ці адпавядаюць вашы ўзоры нашым крытэрыям? Націсніце тут, каб атрымаць нашыапошнія патрабаванні да ўзораў.
Працоўны працэс абслугоўвання
Збор узораў
Экстракцыя бялку
Ферментатыўнае пераварванне
Падзел
Збор дадзеных
Аналіз дадзеных
Дастаўка дадзеных
Якасная пратэоміка
1. Раствор/гель бялку: табліца якасных вынікаў
2. Вынікі пошуку ў базе дадзеных
2.1 Спіс пептыдных сегментаў, якія адпавядаюць пошуку ў базе дадзеных
2.2 Спіс бялкоў, якія адпавядаюць пошуку ў базе дадзеных
2.3 Спіс мадыфікацый, якія адпавядаюць пошуку ў базе дадзеных (фасфарыляванне, убіквітынаванне і г.д.)
3. Неапрацаваныя дадзеныя
Колькасная пратэоміка(Без маркіроўкі/DIA/TMT)
1. Папярэдняя апрацоўка дадзеных
1.1 Пошук па базе дадзеных бялкоў
2. Аналіз экспрэсіі бялкоў
2.1 Аналіз галоўных кампанент (АГК)
2.2 Адноснае стандартнае адхіленне (RSD)
2.3 Размеркаванне трэнду K-сярэдніх
2.4 Ацэнка ўзнаўляльнасці
2.5 Цеплавая карта экспрэсіі бялкоў
3. Функцыянальная анатацыя
3.1 Функцыянальная анатацыя GO
3.2 Функцыянальная анатацыя KEGG
3.3 Функцыянальная анатацыя COG
3.4 Функцыянальная анатацыя GOslim
3.5 Анатацыя дамена структуры бялку Pfam
4. Дыферэнцыяльны аналіз бялкоў (біялагічныя паўторы ≥ 3)
4.1 Вынікі дыферэнцыяльнага аналізу бялкоў
4.2 Размеркаванне дыферэнцыяльных змен бялковых згортак (FC)
4.3 Статыстычны аналіз дыферэнцыяльнай колькасці бялку
4.4 Дыферэнцыяльны графік бялковага вулкана
4.5 Дыферэнцыяльная цеплавая карта кластэрызацыі бялкоў
4.6 Дыферэнцыяльная функцыянальная анатацыя і аналіз узбагачэння бялку GO
4.7 Дыферэнцыяльны бялок KEGG Функцыянальная анатацыя і аналіз узбагачэння
4.8 Дыферэнцыяльная функцыянальная анатацыя бялковага COG
4.9 Дыферэнцыяльны бялковы аналіз GOslim і аналіз узбагачэння
4.10 Дыферэнцыяльны аналіз анатацыі даменаў структуры бялку і ўзбагачэння
5. Аналіз узаемадзеяння бялковых сетак
6. Анатацыя шляху бялковага рэактома
7. Прагназаванне сігнальных пептыдаў
8. Субклеткавая лакалізацыя бялкоў
Колькасная пратэоміка(PRM)
1. Вынікі колькаснага вызначэння бялку PRM
1.1 Агляд вынікаў колькаснай ацэнкі
1.2 Размеркаванне плошчаў пікаў фрагментных іёнаў для пептыдных сегментаў
Колькасная пратэоміка
1.Аналіз экспрэсіі бялку
↑Аналіз галоўных кампанент (PCA)↑Адноснае стандартнае адхіленне (RSD)
↑K-размеркаванне сярэдніх трэндаў ↑КарэляцыяAаналізPбялокEвыразLузроўні
↑ Цеплавая карта экспрэсіі бялкоў
2. Функцыянальная анатацыя
↑GO Функцыянальная анатацыя↑Функцыянальная анатацыя KEGG
↑ Функцыянальная анатацыя COG ↑ Функцыянальная анатацыя GOslim
↑ Анатацыя дамена структуры бялку Pfam
3.Аналіз узаемадзеяння бялковых сетак
↑ Аналіз узаемадзеяння бялковых сетак
4.Прагназаванне сігнальных пептыдаў
↑ Прагназаванне сігнальных пептыдаў
5. Субклеткавая лакалізацыя бялкоў
↑Субклеткавая лакалізацыя бялкоў
| 2025 год | Апаптатычныя везікулы, атрыманыя з мезенхімальных ствалавых клетак, паляпшаюць рэакцыі гіперчувствітельносці праз індукцыю апоптозу CD8+ Т-клетак з перагрузкай кальцыем і мітахандрыяльнай дысфункцыяй | Перадавая навука |
| 2024 год | Інтэграваная мультыоміка дэманструе павышаную супрацьпухлінную эфектыўнасць | Трансляцыйная анкалогія |
| 2024 год | Мультыомічны аналіз выяўляе адметныя асаблівасці шляхоў метабалізму, якія падтрымліваюць Памер пладоў і варыяцыі колеру гіганцкай гарбузы | Міжнародны часопіс малярных навук. |
| 2024 год | Прафіляванне транскрыптомаў і метабаломаў дае новае разуменне атрафіі цягліц, выкліканай невыкарыстаннем у курыцы: патэнцыйная роля хуткіх мышачных валокнаў | Міжнародны часопіс малярных навук. |
| 2023 год | Мульты-омічны аналіз паказвае ўплыў тэтрацыкліну на рост кораня райграсу. | Часопіс небяспечных матэрыялаў |
