Секвеніраванне бісульфітаў са зніжанай рэпрэзентацыяй (RRBS)
Спецыфікацыі абслугоўвання
Платформа: платформа NovaSeq, PE150
Тып бібліятэкі: бібліятэка ДНК, апрацаваная бісульфітам, 200-400 п.о
Стратэгія секвенирования: парны канец 150 п.н
Рэкамендаваны выхад даных: 10 Гб неапрацаваных даных/узор
Узоры патрабаванняў
Колькасць ДНК: ≥ 2ug
Канцэнтрацыя ДНК: ≥ 20нг/мкл.
Чысціня: OD260/280 = 1,8 да 2,0 без дэградацыі або забруджвання РНК
Біяінфарматычны аналіз
Працэдура абслугоўвання
Дастаўка ўзору
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвеніраванне
Аналіз дадзеных
Пасляпродажнае абслугоўванне
a.Эталонная статыстыка выраўноўвання геному
Статыстыка адлюстравання чытанняў
Sстатыстыка глыбіні секвенирования і ахоп сайта C
Aназапашанае пакрыццё
Dэфектыўнасць засваення кожнага ўзору
b.Выяўленне сайта метылявання
Спіс узроўняў метылявання на сайце C
BS канверсія
Mэтыляваны цытазін
Размеркаванне ўзроўню метылявання
c.Карта метилирования
Gэномэ
Gэлемент эном
d.Параўнанне узроўняў метилирования паміж узорамі
PAirwise Карэляцыя CG метилирования
PМетыляванне CA-CG
Cбляск метилирования CG
d.Дыферэнцыяльны аналіз метылявання
Sстатыстыка ДМР
Размеркаванне па даўжыні DMR
Hз'есці карту
DРазмеркаванне MR у мэтавым рэгіёне
