Скарачэнне прадстаўніцтва бісульфітнага секвенавання (RRBS)
Бісульфітнае секвенаванне з рэдуцыраванай рэпрэзентацыяй (RRBS) абапіраецца на ўзбагачэнне багатых на CpG-астраўкі участкаў шляхам расшчаплення MspI з наступным адборам па памеры фрагментаў памерам 200-500/600 пар зыходных пунктаў. Такім чынам, секвенуюцца толькі ўчасткі, размешчаныя паблізу CpG-астраўкоў, а ўчасткі з аддаленымі CpG-астраўкамі выключаюцца з аналізу. Гэты працэс у спалучэнні з бісульфітным секвенаваннем дазваляе выяўляць метыляванне ДНК з высокім разрозненнем, а падыход секвенавання PE150 факусуецца менавіта на канцах уставак, а не на сярэдзіне, што павышае эфектыўнасць прафілявання метылявання.
Гэты метад стаў эканамічна эфектыўнай і эфектыўнай альтэрнатывай поўнагеномнаму бісульфітнаму секвенаванню (WGBS) у даследаваннях метылявання ДНК. Хоць WGBS дае ўсебаковую інфармацыю, вывучаючы ўвесь геном з дазволам адной асновы, яго высокі кошт можа быць абмежавальным фактарам, і RRBS стратэгічна змяншае гэтую праблему, выбарачна аналізуючы прадстаўнічую частку геному. Гэтая методыка з'яўляецца неацэнным інструментам, які дазваляе праводзіць эканамічна эфектыўныя даследаванні метылявання ДНК і пашырае веды аб эпігенетычных механізмах.
Асаблівасці сэрвісу
● Секвенаванне на Illumina NovaSeq.
● Патрабуецца эталонны геном.
● Лямбда-ДНК выкарыстоўваецца для кантролю эфектыўнасці пераўтварэння бісульфіту.
● Таксама кантралюецца эфектыўнасць пераварвання MspI.
● Падвойнае ферментатыўнае пераварванне раслінных узораў.
Перавагі абслугоўвання
●Эканамічна эфектыўная і выгадная альтэрнатыва WGBSГэта дазваляе праводзіць аналіз з меншымі выдаткамі і меншымі патрабаваннямі да ўзораў.
●Поўная платформа:Мы прапануем універсальнае выдатнае абслугоўванне, пачынаючы ад апрацоўкі ўзораў і стварэння бібліятэкі, секвенавання і заканчваючы біяінфарматычным аналізам.
●Шырокі вопытМы дасягнулі поспеху ў апрацоўцы самых розных відаў. BMKGENE мае больш чым дзесяцігадовы вопыт, высокакваліфікаваную каманду аналітыкаў, поўны кантэнт і выдатную пасляпродажную падтрымку.
Спецыфікацыі паслуг
| Бібліятэка | Стратэгія секвенавання | Рэкамендаваны вывад дадзеных | Кантроль якасці |
| Бібліятэка, перавараная MspI і апрацаваная бісульфітам | Ілюміна PE150 | 8 Гб | Q30 ≥ 85% Канверсія бісульфіту > 99% Эфектыўнасць рэзання MspI > 95% |
Патрабаванні да ўзораў
| Канцэнтрацыя (нг/мкл) | Агульная колькасць (мкг) |
| |
| Геномная ДНК | ≥ 30 | ≥ 1 | Абмежаваная дэградацыя або забруджванне |
Працоўны працэс абслугоўвання
Дастаўка ўзораў
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвенаванне
Аналіз дадзеных
Пасляпродажнае абслугоўванне
Аналіз бізнес-аналізу ўключае ў сябе:
● Кантроль якасці неапрацаванага секвенавання;
● Картаграфаванне з эталонным геномам;
● Выяўленне метыляваных асноў 5mC і ідэнтыфікацыя матываў;
● Аналіз размеркавання метылявання і параўнанне ўзораў;
● Аналіз дыферэнцыяльна метыляваных рэгіёнаў (DMR);
● Функцыянальная анатацыя генаў, звязаных з DMR.
Кантроль якасці: эфектыўнасць пераварвання (пры картаграфаванні геному)
Кантроль якасці: пераўтварэнне бісульфіту (пры экстракцыі інфармацыі аб метыляванні)
Карта метылявання: размеркаванне метылявання 5mC па ўсім геноме
Параўнанне прыкладаў: аналіз галоўных кампанент
Аналіз дыферэнцыяльна метыляваных рэгіёнаў (DMR): цеплавая карта
Азнаёмцеся з дасягненнямі ў даследаваннях, якія праводзяцца дзякуючы паслугам BMKGene па секвенаванні бісульфітаў усяго геному, з дапамогай спецыяльна адабранай калекцыі публікацый.
Лі, З. і інш. (2022) «Высокая дакладнасць перапраграмавання ў клеткі Лейдыга з дапамогай актывацыі CRISPR і паракрынных фактараў»,PNAS Nexus, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Цянь, Х. і інш. (2023) «Аналіз метылявання ДНК па ўсім геноме складу цела ў кітайскіх моназіготных блізнят»,Еўрапейскі часопіс клінічных даследаванняў, 53(11), с. е14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Ву, Ю. і інш. (2022) «Метыляванне ДНК і суадносіны аб'ёму таліі і аб'ёму сцёгнаў: даследаванне асацыяцыі на ўзроўні ўсяго эпігеному ў кітайскіх моназіготных блізнят»,Часопіс эндакрыналагічных даследаванняў, 45 (12), стар. 2365–2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
