Секвенаванне фрагментаў з узмоцненым спецыфічным локусам (SLAF-Seq)
Працоўны працэс
Сэрвіс мае некаторыя папярэднія распрацоўкі in silico, каб гарантаваць аптымальны выбар фермента пры падрыхтоўцы бібліятэкі.
Тэхнічная схема
Асаблівасці сэрвісу
● Секвенаванне на NovaSeq з PE150.
● Падрыхтоўка бібліятэкі з падвойным штрых-кадаваннем, што дазваляе аб'яднаць больш за 1000 узораў.
● Незалежна ад эталоннага геному:
З эталонным геномам: выяўленне SNP і InDel
Без эталоннага геному: кластарызацыя ўзораў і выяўленне SNP
● Уin-silicoНа этапе перадпраектавання праводзіцца скрынінг некалькіх камбінацый рэстрыкцыйных ферментаў, каб знайсці тыя, якія забяспечваюць раўнамернае размеркаванне SLAF-метак па ўсім геноме.
● Падчас папярэдняга эксперыменту тры камбінацыі ферментаў тэстуюцца ў 3 узорах для стварэння 9 бібліятэк SLAF, і гэтая інфармацыя выкарыстоўваецца для выбару аптымальнай камбінацыі рэстрыкцыйных ферментаў для праекта.
Перавагі абслугоўвання
●Выяўленне высокіх генетычных маркераўМы інтэгруем высокапрадукцыйную сістэму падвойнага штрых-кода, якая дазваляе адначасова секвенаваць вялікія папуляцыі, і спецыфічную для локусаў ампліфікацыю, што павышае эфектыўнасць, гарантуючы, што нумары метак адпавядаюць разнастайным патрабаванням розных даследчых пытанняў.
● Нізкая залежнасць ад геномуГэта можна ўжываць да відаў з эталонным геномам або без яго.
●Гнуткая схема праектаванняДля задавальнення розных даследчых мэтаў або відаў можна выбраць аднаферментнае, двухферментнае, шматферментнае пераварванне і розныя тыпы ферментаў.
● Высокая эфектыўнасць ферментатыўнага пераварванняПравядзеннеin-silicoПапярэдні дызайн і папярэдні эксперымент забяспечваюць аптымальны дызайн з раўнамерным размеркаваннем SLAF-метак на храмасоме (1 SLAF-метка/4 Кб) і зніжэннем паўтаральнай паслядоўнасці (<5%).
●Шырокі вопытМы ўкладваем багаты вопыт у кожны праект, маючы за плячыма больш за 5000 праектаў SLAF-Seq для сотняў відаў, у тым ліку раслін, млекакормячых, птушак, насякомых і водных арганізмаў.
● Самастойна распрацаваны біяінфарматычны працоўны працэсМы распрацавалі інтэграваны біяінфарматычны працоўны працэс для SLAF-Seq, каб забяспечыць надзейнасць і дакладнасць канчатковага выніку.
Спецыфікацыі паслуг
| Тып аналізу | Рэкамендаваны маштаб папуляцыі | Стратэгія секвенавання | |
| Глыбіня паслядоўнасці тэгаў | Нумар тэга | ||
| Генетычныя карты | 2 бацькі і >150 нашчадкаў | Бацькі: 20x WGS Нашчадства: 10x | Памер геному: <400 Мб: рэкамендуецца WGS <1 Гб: 100 тыс. тэгаў 1-2 Гб:: 200 тыс. тэгаў >2 Гб: 300 тыс. тэгаў Максімум 500 тыс. тэгаў |
| Даследаванні асацыяцый па ўсім геноме (GWAS) | ≥200 узораў | 10x | |
| Генетычная эвалюцыя | ≥30 узораў, з >10 узорамі з кожнай падгрупы | 10x | |
Патрабаванні да абслугоўвання
Канцэнтрацыя ≥ 5 нг/мкл
Агульная колькасць ≥ 80 нг
Нанакропля OD260/280=1,6-2,5
Агарозны гель: адсутнасць або абмежаваная дэградацыя або забруджванне
Рэкамендаваная дастаўка ўзораў
Кантайнэр: прабірка для цэнтрыфугі аб'ёмам 2 мл
(Для большасці ўзораў мы рэкамендуем не захоўваць у этаноле)
Маркіроўка ўзораў: Узоры павінны быць выразна маркіраванымі і ідэнтычнымі прадстаўленай форме інфармацыі аб узоры.
Адгрузка: Сухі лёд: Узоры спачатку трэба спакаваць у пакеты і пахаваць у сухім лёдзе.
Працоўны працэс абслугоўвання
Узор кантролю якасці
Пілотны эксперымент
SLAF-эксперымент
Падрыхтоўка бібліятэкі
Секвенаванне
Аналіз дадзеных
Пасляпродажнае абслугоўванне
Наш біяінфарматычны аналіз уключае ў сябе:
Кантроль якасці дадзеных і абрэзка дадзеных для выдалення N-багатых счытванняў, счытванняў адаптараў або счытванняў нізкай якасці.
Другі кантроль якасці чыстых счытванняў для праверкі размеркавання асноў, якасці паслядоўнасці і ацэнкі дадзеных, а таксама для праверкі эфектыўнасці пераварвання і атрыманых уставак.
Пасля праверкі чытанняў ёсць два варыянты:
- Картаграфаванне з эталонным геномам
- Без эталоннага геному: кластарызацыя
Пасля гэтага аналіз SLAF-тэгаў выкарыстоўваецца для выканання некаторых выклікаў варыянтаў, якія дапамагаюць у выяўленні маркераў: выклік SNP, InDel, SNV, CV і анатацыя.
Размеркаванне SLAF-метак на храмасомах:
Размеркаванне SNP па храмасомах:
Анатацыя SNP
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X і Shi C (2023) QTL-мапіраванне і транскрыптомны аналіз утрымання цукру падчас паспявання пладоўПірус пырлілісты.Фронт. Навука аб раслінах.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022). Ідэнтыфікацыя st1 выяўляе адбор, які ўключае змяненне марфалогіі насення і ўтрымання алею падчас дамасавання соі.Часопіс расліннай біятэхналогіі, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Сюй, П., Чжан, X., Ван, X.і інш.Паслядоўнасць геному і генетычная разнастайнасць звычайнага карпа,Карп карпа.Нат Жэне 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Чжуан В., Чэнь Х., Ян М.і інш.Геном культываванага арахіса дае ўяўленне пра карыятыпы бабовых, эвалюцыю поліплоідаў і адамашненне сельскагаспадарчых культур.Нат Жэне 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Год | Часопіс | IF | Назва | Прыкладанні |
| 2022 год | Прыродныя камунікацыі | 17.694 | Геномная аснова гігахрамасом і гігагеному дрэвападобнага півоні Півоня Осці | SLAF-GWAS |
| 2015 год | Новы фітолаг | 7.433 | Сляды адамашнення замацоўваюць геномныя рэгіёны агранамічнага значэння ў соевыя бабы | SLAF-GWAS |
| 2022 год | Часопіс перадавых даследаванняў | 12.822 | Штучныя інтрагрэсіі Gossypium barbadense ў G. hirsutum па ўсім геноме выяўляюць лепшыя локусы для адначасовага паляпшэння якасці і выхаду баваўнянага валакна рысы | SLAF - Эвалюцыйная генетыка |
| 2019 год | Малекулярны завод | 10,81 | Геномны аналіз папуляцыі і зборка De Novo раскрываюць паходжанне Weedy Рыс як эвалюцыйная гульня | SLAF - Эвалюцыйная генетыка |
| 2019 год | Генетыка прыроды | 31.616 | Паслядоўнасць геному і генетычная разнастайнасць звычайнага карпа, Cyprinus carpio | Карта сувязяў SLAF |
| 2014 год | Генетыка прыроды | 25.455 | Геном культываванага арахіса дае ўяўленне пра карыятыпы бабовых, поліплоіднасць эвалюцыя і прыручэнне сельскагаспадарчых культур. | Карта сувязяў SLAF |
| 2022 год | Часопіс расліннай біятэхналогіі | 9.803 | Ідэнтыфікацыя ST1 выяўляе адбор, які ўключае змяненне марфалогіі насення. і ўтрыманне алею падчас вырошчвання соі | Распрацоўка SLAF-маркера |
| 2022 год | Міжнародны часопіс малекулярных навук | 6.208 | Ідэнтыфікацыя і распрацоўка ДНК-маркера для пшаніцы - Leymus mollis 2Ns (2D) Дысомная храмасомная замена | Распрацоўка SLAF-маркера |
| Год | Часопіс | IF | Назва | Прыкладанні |
| 2023 год | Перавагі ў расліназнаўстве | 6.735 | QTL-мапіраванне і транскрыптомны аналіз утрымання цукру падчас паспявання пладоў Pyrus pyrifolia | Генетычная карта |
| 2022 год | Часопіс расліннай біятэхналогіі | 8.154 | Ідэнтыфікацыя ST1 выяўляе адбор, які ўключае змяненне марфалогіі насення і ўтрымання алею падчас домасірацыі соі.
| Заклік ШНП |
| 2022 год | Перавагі ў расліназнаўстве | 6.623 | Картаграфаванне асацыяцый па ўсім геноме фенатыпаў Hulless Barely ва ўмовах засухі.
| ГВАС |
