Зборка геному T2T | Звышдоўгае секвенаванне
Асаблівасці сэрвісу
•Забяспечвае высокую дакладнасць, высокую ступень сумежнасці і высокую паўнату зборак геному ад тэламер да тэламер.
•Пераадольвае праблемы зборкі ў цэнтрамерных і высокапаўтаральных рэгіёнах.
•Аналізуе структурныя варыяцыі ў складаных абласцях, такіх як цэнтрамеры і тэламеры.
•Даследуе паходжанне храмасом і прыручэнне, а таксама вызначае ключавыя гены, якія вызначаюць пол.
Перавагі абслугоўвання
•Прафесійная звышдоўгая каманда, якая ахоплівае працэс ад экстракцыі да секвенавання, з паспяховым вопытам працы з рознымі відамі.
•Доступ да платформаў доўгага чытання PacBio і Nanopore з высокай прапускной здольнасцю і гнуткімі стратэгіямі секвенавання.
•Дасведчаная каманда ў зборцы геномаў і індывідуальным біяінфарматычным аналізе, валодае навыкамі працы з T2T геномнымі праектамі.
•Больш за 200 паспяховых праектаў па вывучэнні геному і больш за 2000 назапашаных імпакт-фактараў.
•Інтэграваныя эксперыментальныя і біяінфарматычныя рашэнні, падтрыманыя аўтарскімі правамі і патэнтамі.
Спецыфікацыі паслуг
| Геномнае даследаванне | Зборка геному | Узровень храмасом | Запаўненне прабелаў | Анатацыя геному |
| 50X Illumina NovaSeq PE150 | 30X PacBio CCS HiFi чытае | 100X Hi-C | 40-100X ONT Звышдоўгія чытанні | РНК-секвенаванне Illumina PE150 10 Гб + (па жаданні) поўнапамернае РНК-секвенаванне PacBio 40 Гб або Nanopore 12 Гб |
Патрабаванні да абслугоўвання
Інфармацыю пра ўзоры секвенавання Survey, PacBio CCS, Hi-C і транскрыптомаў (для анатацыі) можна знайсці ў раздзеле «узровень храмасомпатрабаванні да ўзору зборкі геному».
Для звышдоўгага секвенавання ONT рэкамендуюцца ўзоры тканін з больш высокімі стандартамі якасці для падтрымкі экстракцыі ДНК ультра-HMW.
Каб атрымаць падрабязныя інструкцыі і патрабаванні да падрыхтоўкі ўзораў, звярніцеся ў нашу службу продажаў, каб атрымаць індывідуальнае рашэнне ў залежнасці ад віду.
Працоўны працэс абслугоўвання
Дызайн эксперыменту
Дастаўка ўзораў
Экстракцыя ДНК
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвенаванне
Аналіз дадзеных
Пасляпродажнае абслугоўванне
Асноўныя аналізы ўключаюць:
1) Зборка геному T2T
● Геном T2T адносіцца да геному з «0 прабеламі», у якім прынамсі адна храмасома цалкам сабрана ад тэламеры да тэламеры.
● Выкарыстанне высокадакладных счытванняў CCS і звышдоўгіх счытванняў ONT:
* Генерацыя геному contig v1 з дапамогай гібрыднай зборкі з выкарыстаннем hifiasm (v0.25.0).
* Выдаліць пластыды і забруджаныя паслядоўнасці з дапамогай BLAST па базе дадзеных NT.
* Стварэнне кантыгаў у храмасомна-маштабную зборку з выкарыстаннем Hi-C дадзеных з 3D-ДНК.
* Запоўніце адсутныя тэламеры шляхам лакальнай зборкі з дапамогай ONT-чытанняў, каб атрымаць канчатковы геном T2T.
2) Ацэнка зборкі
● Ацэнка BUSCO
BUSCO v5.2.1 (Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs) стварае аднакопійныя наборы генаў для асноўных эвалюцыйных ліній на аснове базы дадзеных OrthoDB 10. Сабраны геном ацэньваецца шляхам выраўноўвання з гэтым наборам генаў на аснове каэфіцыента супадзення і цэласнасці.
Больш высокая доля «поўных BUSCO» сведчыць аб больш высокай паўнаце зборкі геному.
● Чытае мапінг
Сумясціце кароткія счытванні з секвенавання наступнага пакалення (напрыклад, Illumina) з сабраным геномам з дапамогай bwa. Сумясціце доўгія счытванні трэцяга пакалення з сабраным геномам з дапамогай Minimap2.
Паўната сабранага геному і аднастайнасць пакрыцця секвенавання ацэньваюцца на аснове хуткасці мапіравання, каэфіцыента пакрыцця геному і размеркавання глыбіні.
● Ацэнка кантролю якасці геному
Ацаніце зборку з дапамогай Merqury, параўноўваючы k-меры высокадакладных счытванняў секвенавання са зборкай геному, каб атрымаць кансенсусную якасць (QV).
Больш высокія значэнні якасці паказваюць на больш высокую дакладнасць сабранага геному.
● Ацэнка LAI геному
LAI (LTR Assembly Index) ацэньвае цэласнасць зборкі геному як суадносіны цэлых LTR-рэтратранспазонных паслядоўнасцей да агульнай колькасці LTR-паслядоўнасцей. Кандыдаты на LTR-RT-паслядоўнасці ідэнтыфікуюцца з дапамогай LTR_FINDER (v1.0.7) і LTRharvest (v1.5.9), затым фільтруюцца і інтэгруюцца з дапамогай LTR_retriever (v2.8) для атрымання LTR-рэтратранспазонаў з высокай дакладнасцю і разліку LAI.
Згодна з публікацыяй распрацоўшчыка LAI, значэнні LAI класіфікуюцца на тры ўзроўні:
Чарнавік (0 ≤ LAI < 10), эталонны (10 ≤ LAI < 20) і золата (LAI ≥ 20).
● Ідэнтыфікацыя тэламер і цэнтрамер
Вызначце патэнцыйныя адзінкі тэламерных паўтораў у геноме з дапамогай TIDK. Выяўляйце паслядоўнасці тэламер і атрымлівайце інфармацыю пра іх становішча з дапамогай FindTelomere's на аснове матываў паўтораў.
Вызначце патэнцыйныя цэнтрамерныя паўторы з дапамогай цэнтрамікі з доўгімі чытаннямі трэцяга пакалення, а затым перамапіруйце геном для атрымання пазіцый і паслядоўнасцей цэнтрамер.
1) Карта храмасом геному
2)Пазіцыі тэламер у геноме
| Хр | Даўжыня Chr (п.н.) | Пачатак_патоку(bp) | Выходны_канец(бп) | Даўжыня_пераходу (bp) | Пачатак_патоку (bp) | Канец_нізводнага_патоку (bp) | Даўжыня_патоку (bp) |
| Chr01 | 55 340 768 | 53 | 2036 | 1984 | 55 338 794 | 55 340 768 | 1975 |
| Chr02 | 56 588 289 | 1 | 2760 | 2760 | 56 584 191 | 56 588 289 | 4099 |
| Chr03 | 46 886 733 | 20 | 3001 | 2 982 | 46 881 994 | 46 886 733 | 4740 |
| Chr04 | 49 401 798 | 1 | 2143 | 2143 | 49 399 160 | 49 401 798 | 2639 |
| Chr05 | 45 855 317 | 10 | 3043 | 3034 | 45 852 809 | 45 855 317 | 2509 |
| Chr06 | 45 285 625 | 1 | 3268 | 3268 | 45 283 427 | 45 285 625 | 2199 |
| Chr07 | 48 122 726 | 1 | 2317 | 2317 | 48 120 519 | 48 122 726 | 2208 |
Nпрымеце:
Chr: Ідэнтыфікатар храмасомы
Chr_Length (п.н.): даўжыня храмасомы
Upstream_Start (bp): Пачатковая пазіцыя тэламеры вышэй па плыні на храмасоме
Upstream_End (bp): Канцавое становішча тэламеры, размешчанай вышэй па плыні, на храмасоме.
Upstream_Length (p.p.): Даўжыня тэламеры, размешчанай вышэй па плыні храмасомы.
Пачатак_нізходнага_патоку (п.н.): Пачатковая пазіцыя тэламеры ніжэй па плыні на храмасоме
Канец_нізходнага_патоку (п.н.): канчатковае становішча тэламеры ніжэй па плыні на храмасоме
Даўжыня ніжэй па плыні (п.н.): даўжыня тэламеры ніжэй па плыні на храмасоме
3)Пазіцыі цэнтрамер у геноме
| Хр | Chr_Length(bp) | Centromics_Start(bp) | Цэнтромікі_Канец(бп) |
| Chr01 | 55 340 768 | 18 943 204 | 23 005 555 |
| Chr02 | 56 588 289 | 28 114 720 | 30 677 916 |
| Chr03 | 46 886 733 | 24 487 558 | 24 929 326 |
| Chr04 | 49 401 798 | 20 976 875 | 22 563 388 |
| Chr05 | 45 855 317 | 18 578 095 | 19 715 924 |
| Chr06 | 45 285 625 | 19 398 436 | 19 950 173 |
| Chr07 | 48 122 726 | 26 390 720 | 27 913 284 |
Заўвага:
Chr: Ідэнтыфікатар храмасомы
Chr_Length (п.н.): даўжыня храмасомы
Цэнтрамерны_пачатк (п.н.): пачатковая пазіцыя цэнтрамеры на храмасоме
Цэнтрамерны_канец (п.н.): канчатковае становішча цэнтрамеры на храмасоме
4) Статыстыка разрыву вынікаў Асамблеі
| Група | Нумар_прабелу | Лен |
| Chr01 | 0 | 55 340 768 |
| Chr02 | 0 | 56 588 289 |
| Chr03 | 0 | 46 886 733 |
| Chr04 | 0 | 49 401 798 |
| Chr05 | 0 | 45 855 317 |
| Chr06 | 0 | 45 285 625 |
| Chr07 | 0 | 48 122 726 |
| Усяго (суадносіны %) | 0 | 347 481 256 (100,00) |
Nпрымеце:
Група: Ідэнтыфікатар храмасомы
Gap_Number: Колькасць прабелаў у храмасоме
Даўжыня храмасомы (п.н.): даўжыня храмасомы
5) Ацэнка LAI геному
| Хр | Даўжыня Chr (п.а.) | Непашкоджаная | Усяго | raw_LAI | ЛАІ |
| увесь_геном | 347 481 256 | 0,046 | 0,36 | 12,94 | 15.18 |
Заўвага: Згодна з публікацыяй распрацоўшчыкаў LAI, значэнні LAI класіфікуюцца па трох катэгорыях: чарнавік (0 ≤ LAI < 10), эталон (10 ≤ LAI < 20) і залаты (LAI ≥ 20).
Даўжыня храмасомы (п.н.): даўжыня храмасомы
Непашкоджаныя: Доля непашкоджаных LTR-RT у геноме
Усяго: Доля агульнай колькасці LTR у геноме
raw_LAI = Некранутая / Агульная сума × 100
LAI: Выпраўленае значэнне LAI
Даведайцеся пра дасягненні, якія дасягаюцца дзякуючы паслугам BMKGene па зборцы геному de novo, з дапамогай спецыяльна адабранай калекцыі публікацый:
T2T Gэном
Лю, Шоучэнг і інш.«Зборка геному ад тэламер да тэламер у спалучэнні з мультыомічнымі дадзенымі дае ўяўленне аб эвалюцыі гексаплоіднай мяккай пшаніцы.«Генетыка прыроды аб. 57,4 (2025): 1008-1020. doi:10.1038/s41588-025-02137-x
Яо, Сюэ-Фэн і інш.«Поўны збор геному японскага гатунку рысу Чжунхуа 11.«Камунікацыі раслін т. 6, 10 (2025): 101463. doi:10.1016/j.xplc.2025.101463
Лв, Чжыюань і інш.«Зборка геному Camellia pitardii, блізкая да целамернай лініі.«Навуковыя дадзеныя аб. 12,1 1422. 14 жніўня 2025 г., doi:10.1038/s41597-025-05764-5
Ду, Хайюань і інш.«Амаль поўны збор геному Fragaria iinumae.«Геноміка BMC аб. 26,1 253. 14 сакавіка 2025 г., doi:10.1186/s12864-025-11440-0
Чэнь, Вэйкай і інш.«Поўны збор геному Nicotiana benthamiana раскрывае генетычны і эпігенетычны ландшафт цэнтрамер.«Прыродныя расліны аб. 10, 12 (2024): 1928-1943. doi:10.1038/s41477-024-01849-y
Геном T2T з гаплатыпным разрозненнем
Хан, Фалак Шэр і інш. «Геномы без гаплатыпаў T2T вінаграднага гатунку Кабернэ Совіньён».Навуковыя дадзеныя, 10.1038/s41597-026-06910-3. 26 лютага 2026 г., doi:10.1038/s41597-026-06910-3
Геном T2T + параўнальны геном
Хонг, Лін і інш. «Канструяванне і аналіз геномаў ад тэламер да тэламер для 2 салодкіх апельсінаў: Лонгхуіхон і Ньюхол (Citrus sinensis)».ГігаНавукат. 13 (2024): giae084. doi:10.1093/gigascience/giae084
Лі, Сяо-Цзе і інш. «Аналіз ад тэламер да тэламернага геному чырвонай морквы TXH4 высвятляе ролю DcLCYE і DcLCYB1 у назапашванні лікапіну ў моркве».Даследаванні ў галіне садаводствааб. 12,11 uhaf192. 29 ліпеня 2025 г., doi:10.1093/hr/uhaf192
Геном T2T + пангеном
Ван, Сяацзін і інш. «Геном T2T, панагеномны аналіз і гены рэакцыі на цеплавы стрэс у відаў рададэндранаў».iMetaаб. 4,2 e70010. 5 сакавіка 2025 г., doi:10.1002/imt2.70010
