Поўнае секвенаванне бісульфітаў геному (WGBS)
Гэтая методыка, заснаваная на апрацоўцы ДНК бісульфітам для індукцыі пераўтварэння неметыляваных цытазінаў у урацыл (C у U), пакідаючы пры гэтым метыляваныя цытазіны нязменнымі, з'яўляецца залатым стандартам для паглыбленага вывучэння метылявання ДНК, у прыватнасці пятай пазіцыі ў цытазіне (5-mC), ключавым рэгулятары экспрэсіі генаў і клеткавай актыўнасці.
Гэтая методыка прапануе разрозненне па адной базе, што дазваляе даследчыкам усебакова даследаваць метылом і выяўляць анамальныя заканамернасці метылявання ва ўзорах. Выкарыстоўваючы WGBS, навукоўцы могуць атрымаць беспрэцэдэнтную інфармацыю аб ландшафтах метылявання ўсяго геному, што забяспечвае тонкае разуменне эпігенетычных механізмаў, якія ляжаць у аснове розных біялагічных працэсаў і захворванняў.
Асаблівасці сэрвісу
● Секвенаванне на Illumina NovaSeq.
● Патрабуецца эталонны геном.
● Для кантролю эфектыўнасці пераўтварэння бісульфіту дадаецца лямбда-ДНК.
Перавагі абслугоўвання
●Залаты стандарт даследаванняў метылявання ДНКГэтая сталая тэхналогія мае высокую дакладнасць і добрую ўзнаўляльнасць.
●Шырокі ахоп і аднабазавае дазвол:Выяўленне сайтаў метылявання адбываецца на ўзроўні ўсяго геному.
●Поўная платформа:Мы прапануем комплексныя паслугі: ад апрацоўкі ўзораў і стварэння бібліятэкі, секвенавання да біяінфарматычнага аналізу.
●Шырокі вопытМы выканалі шырокі спектр праектаў па самых розных відах дрэва. BMKGENE мае больш чым дзесяцігадовы вопыт, высокакваліфікаваную каманду аналітыкаў, поўны кантэнт і выдатную пасляпродажную падтрымку.
●Магчымасць далучыцца да аналізу транскрыптамікіДазваляе праводзіць інтэграваны аналіз WGBS з іншымі омнымі дадзенымі, такімі як РНК-секвенаванне.
Прыклады спецыфікацый
| Бібліятэка | Стратэгія секвенавання | Рэкамендаваны вывад дадзеных | Кантроль якасці |
| Апрацаваны бісульфітам | Ілюміна PE150 | 30-кратная глыбіня | Q30 ≥ 85% Канверсія бісульфіту > 99% |
Патрабаванні да ўзораў
| Канцэнтрацыя (нг/мкл) | Агульная колькасць (мкг) | Дадатковыя патрабаванні | |
| Геномная ДНК | ≥ 5 | ≥ 400 нг | Абмежаваная дэградацыя або забруджванне |
Працоўны працэс абслугоўвання
Дастаўка ўзораў
Экстракцыя ДНК
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвенаванне
Аналіз дадзеных
Дастаўка дадзеных
Паслуга ўключае ў сябе наступны аналіз:
● Кантроль якасці неапрацаванага секвенавання;
● Картаграфаванне з эталонным геномам;
● Выяўленне метыляваных асноў 5mC;
● Аналіз размеркавання метылявання і анатацыя;
● Аналіз дыферэнцыяльна метыляваных рэгіёнаў (DMR);
● Функцыянальная анатацыя генаў, звязаных з DMR.
Выяўленне метылявання 5mC: тыпы метыляваных сайтаў
Карта метылявання. Размеркаванне метылявання 5mC па ўсім геноме.
Анатацыя высокаметыляваных рэгіёнаў
Дыферэнцыяльна метыляваныя рэгіёны: звязаныя гены
Дыферэнцыяльна метыляваныя рэгіёны: анатацыя звязаных генаў (генная анталогія)
Азнаёмцеся з дасягненнямі ў даследаваннях, якія праводзяцца дзякуючы паслугам BMKGene па секвенаванні бісульфітаў усяго геному, з дапамогай спецыяльна адабранай калекцыі публікацый.
Фан, Ю. і інш. (2020) «Аналіз профіляў метылявання ДНК падчас развіцця шкілетных мышцаў авечак з выкарыстаннем бісульфітнага секвенавання ўсяго геному»,Геноміка BMC, 21 (1), стар. 1–15. doi: 10.1186/S12864-020-6751-5.
Zhao, X. і інш. (2022) «Новыя парушэнні метылявання дэзоксірыбануклеінавай кіслаты ў работнікаў, якія падвяргаліся ўздзеянню вінілхларыду»,Таксікалогія і прамысловая гігіена, 38 (7), стар. 377–388. doi: 10.1177/07482337221098600
Цзо, Дж. і інш. (2020) «Сувязь паміж метыляваннем геному, узроўнямі некадзіруючых РНК, мРНК і метабалітаў у паспяваючых пладах памідораў».Часопіс раслін, 103 (3), стар. 980–994. doi: 10.1111/TPJ.14778.
