10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Техническа схема
Характеристики
● Разделителна способност: 100 µM
● Диаметър на петното: 55 µM
● Брой места: 4992
● Зона на заснемане: 6,5 x 6,5 мм
● Всяко място с баркод е заредено с праймери, съставени от 4 секции:
- поли(dT) опашка за иницииране на мРНК и синтез на кДНК
- Уникален молекулярен идентификатор (UMI) за коригиране на амплификационното отклонение
- Пространствен баркод
- Свързваща последователност на частично разчетения 1 секвениращ праймер
● Оцветяване на срези с хемолитична и еозинофилна терапия (H&E)
Предимства
●Услуга на едно гише: интегрира всички стъпки, базирани на опит и умения, включително криосекциониране, оцветяване, оптимизация на тъкани, пространствено баркодиране, подготовка на библиотеки, секвениране и биоинформатика.
● Висококвалифициран технически екипс опит в над 250 вида тъкани и над 100 вида, включително хора, мишки, бозайници, риби и растения.
●Актуализация в реално време за целия проектс пълен контрол върху експерименталния напредък.
●Цялостна стандартна биоинформатика:Пакетът включва 29 анализа и над 100 висококачествени фигури.
●Персонализиран анализ и визуализация на данни: достъпно за различни заявки за изследване.
●Допълнителен съвместен анализ с едноклетъчно mRNA секвениране
Спецификации
| Примерни изисквания | Библиотека | Стратегия за секвениране | Препоръчителни данни | Контрол на качеството |
| OCT-вградени криогенни проби (Оптимален диаметър: приблизително 6x6x6 мм³) 2 блока на проба | 10X Visium cDNA библиотека | Илумина PE150 | 50 000 PE четения на място (60 Гб) | РИН > 7 |
За повече подробности относно насоките за подготовка на пробите и работния процес на услугата, моля, не се колебайте да се обърнете къмексперт по BMKGENE
Работен процес на услугата
Във фазата на подготовка на пробата се провежда първоначален опит за екстракция на обемна РНК, за да се гарантира получаването на висококачествена РНК. В етапа на оптимизация на тъканите срезите се оцветяват и визуализират, а условията на пермеабилизация за освобождаване на иРНК от тъканта се оптимизират. Оптимизираният протокол се прилага по време на изграждането на библиотеката, последвано от секвениране и анализ на данните.
Цялостният работен процес на услугата включва актуализации в реално време и потвърждения от клиентите, за да се поддържа бърза обратна връзка, осигуряваща безпроблемно изпълнение на проекта.
Включва следния анализ:
Контрол на качеството на данните:
o Изходни данни и разпределение на качествения рейтинг
o Откриване на гени на място
o Покритие с тъкан
Анализ на вътрешната проба:
o Генно богатство
o Клъстеризация на точки, включително анализ на редуцирани размери
o Анализ на диференциалната експресия между клъстери: идентифициране на маркерни гени
o Функционална анотация и обогатяване на маркерни гени
Междугрупов анализ
o Рекомбинация на петна от двете проби (напр. болни и контролни) и повторно клъстериране
o Идентифициране на маркерни гени за всеки клъстер
o Функционална анотация и обогатяване на маркерни гени
o Различна експресия на един и същ клъстер между групите
Анализ на вътрешната проба
Точково групиране
Идентификация на маркерни гени и пространствено разпределение
Междугрупов анализ
Комбиниране на данни от двете групи и повторно клъстериране
Маркерни гени на нови клъстери
Разгледайте напредъка, улеснен от пространствената транскриптомична услуга на BMKGene от 10X Visium В тези представени публикации:
Чен, Д. и др. (2023) „mthl1, потенциален хомолог на адхезионните GPCR при бозайници в Drosophila, участва в противотуморни реакции към инжектирани онкогенни клетки в мухи“.Трудове на Националната академия на науките на Съединените американски щати, 120(30), стр. e2303462120. doi: /10.1073/pnas.2303462120
Чен, Й. и др. (2023) „STEEL позволява разграничаване с висока резолюция на пространствено-времеви транскриптомични данни“,Брифинги по биоинформатика, 24(2), стр. 1–10. doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. et al. (2022) „Пространствено-времеви атлас на органогенезата в развитието на цветовете на орхидеите“,Изследване на нуклеинови киселини, 50 (17), стр. 9724–9737. doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. et al. (2023) „Интегрирането на пространствена транскриптомика и едноядрено РНК секвениране разкрива потенциалните терапевтични стратегии за маточен лейомиом“,Международно списание за биологични науки, 19 (8), стр. 2515–2530. doi: 10.7150/IJBS.83510.
