16S/18S/ITS Ампликонно секвениране-NGS
Характеристики на услугата
● Платформа за секвениране: Illumina NovaSeq.
● Амплификация на къси региони на 16S, 18S и ITS, наред с други амплификационни мишени.
● Гъвкав избор на ампликон.
● Предишен опит в проекти с множество амплификационни мишени.
Предимства на услугата
●Без изолация:Бърза идентификация на микробния състав в проби от околната среда.
●Висока резолюцияВ нискоразпространени компоненти в проби от околната среда.
●Широко приложимРазнообразни изследвания на микробни съобщества.
●Цялостен биоинформационен анализНай-новият пакет QIIME2 (количествен анализ на микробната екология) с разнообразни анализи по отношение на база данни, анотации, OTU/ASV.
●Обширна експертизаСъс 150 хиляди проекта за секвениране на ампликони, провеждани годишно, BMKGENE разполага с над десет години опит, висококвалифициран екип за анализ, изчерпателно съдържание и отлична следпродажбена поддръжка.
Спецификации на услугата
| Библиотека | Стратегия за секвениране | Препоръчителни данни |
| Ампликон | Илумина PE250 | 50/100/300 хиляди тагове (четене по двойки) |
Изисквания за обслужване
| Концентрация (ng/µL) | Общо количество (нг) | Обем (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Почва/утайка: 1-2 г
● Чревно съдържимо - животински: 0,5-2 г
● Чревно съдържимо - насекомо: 0,1-0,25 г
● Повърхност на растението (обогатена утайка): 0,1-0,5 г
● Утайка, обогатена с ферментационен бульон): 0,1-0,5 г
● Фекалии (големи животни): 0,5-2 г
● Фекалии (мишка): 3-5 зърна
● Течност от белодробен алвеоларно лаваж: филтърна хартия
● Вагинален тампон: 5-6 тампона
● Кожна/генитална тампон/слюнка/меки тъкани от устната кухина/фарингеална тампон/ректална тампон: 2-3 тампона
● Повърхностни микроорганизми: филтърна хартия
● Воден басейн/въздух/биофилм: филтърна хартия
● Ендофити: 1-2 г
● Зъбна плака: 0,5-1 г
Работен поток на услугата
Доставка на мостри
Строителство на библиотека
Секвениране
Анализ на данни
Следпродажбено обслужване
Включва следния анализ:
- Контрол на качеството на суровите данни
- Клъстериране/потискане на шума на OTU (ASV)
- Анотация на OTU
- Анализ на алфа разнообразието: множество индекси, включително Shannon, Simpson и ACE.
- Анализ на бета разнообразието
- Междугрупов анализ
- Корелационен анализ: между факторите на околната среда и състава и разнообразието на излезлите от употреба
- 16S функционално предсказване на гени
Хистограма на таксономичното разпределение
топлинна карта на клъстериране на таксономично изобилие
Анализ на алфа разнообразието: крива на разреждане
бета анализ на разнообразието: NMDS
Междугрупов анализ: откриване на биомаркери LEFSE
Разгледайте напредъка, улеснен от услугите за секвениране на ампликони на BMKGene с Illumina, чрез подбрана колекция от публикации.
Dong, C. et al. (2022) „Сглобяване, основна микробиота и функция на ризосферната почвена и корова микробиота в Eucommia ulmoides“, Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Li, Y. et al. (2023) „Трансплантация на синтетични бактериални консорциуми за лечение на бактериална вагиноза, индуцирана от Gardnerella vaginalis, при мишки“, Microbiome, 11(1), стр. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. и Liu, H. (2022) „Микробиоми от въздушен прах, събрани по време на наземния затворен биорегенеративен експеримент за животоподдържане „Lunar Palace 365““, Environmental Microbiomes, 17(1), стр. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
Yin, S. et al. (2022) „Зависимо от суровините изобилие на функционални гени, свързани с контролирана загуба на азот при компостиране чрез трансформация на азот“, Bioresource Technology, 361, стр. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
