16S/18S/ITS Ампликонно секвениране - PacBio
Характеристики на услугата
● Платформа за секвениране: PacBio Revio
● Режим на секвениране: CCS (HiFi четене)
● Амплификация на целевия регион, последвана от тандемно свързване на ампликони преди подготовката на HiFi SMRT bell библиотека
Предимства на услугата
●По-висока таксономична резолюция: Tсеквениране на къси ампликони на Хан,което позволява по-високи нива на класификация на OTU на видово ниво.
●Високоточно определяне на базатаPacBio CCS режим на секвениране (HiFi четения).
●Без изолацияБърза идентификация на микробния състав в проби от околната среда.
●Широко приложимоРазнообразни изследвания на микробни съобщества.
●Цялостен биоинформационен анализНай-новият пакет QIIME2 (количествен анализ на микробната екология) с разнообразни анализи по отношение на база данни, анотации, OTU/ASV.
●Обширна експертизаС хиляди проекти за секвениране на ампликони, провеждани ежегодно, BMKGENE разполага с над десетилетие опит, висококвалифициран екип за анализ, изчерпателно съдържание и отлична следпродажбена поддръжка.
Спецификации на услугата
| Библиотека | Стратегия за секвениране | Препоръчителни данни |
| Ампликон | PacBio Revio | 10/30/50 хиляди етикета (CCS) |
Примерни изисквания
| Концентрация (ng/µL) | Общо количество (µg) | Обем (µL) |
| ≥5 | ≥0,3 | ≥20 |
Препоръчителна доставка на проби
Замразете пробите в течен азот за 3-4 часа и съхранявайте в течен азот или при -80 градуса до дългосрочно съхранение. Изисква се транспортиране на пробите със сух лед.
Работен поток на услугата
Доставка на мостри
Строителство на библиотека
Секвениране
Анализ на данни
Следпродажбено обслужване
Включва следния анализ:
●Контрол на качеството на суровите данни
●Клъстериране/Подтискане на шума на OTU (ASV)
●Анотация на OTU
●Анализ на алфа разнообразието: множество индекси, включително Shannon, Simpson и ACE.
●Анализ на бета разнообразието
●Междугрупов анализ
●Корелационен анализ: между факторите на околната среда и състава и разнообразието на изоставените
●Предсказване на функционалния ген на 16S
Хистограма на таксономичното разпределение
Филогенетично дърво на разпространението в общността
Анализ на алфа разнообразието: ACE
индекс
Бета анализ на разнообразието: PCoA
Междугрупов анализ: ANOVA
Разгледайте напредъка, улеснен от услугите за секвениране на ампликони на BMKGene с PacBio, чрез подбрана колекция от публикации.
Gao, X. и Wang, H. (2023) „Сравнителен анализ на профилите и функциите на бактерията в търбуха по време на адаптация към различна фенология (повторно озеленяване срещу тревиста среда) при алпийски мериносови овце с два етапа на растеж върху алпийска поляна“, Fermentation, 9(1), стр. 16. doi: 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.
Li, S. et al. (2023) „Улавяне на микробната тъмна материя в пустинни почви с помощта на метагеномика, базирана на културомика, и анализ с висока резолюция“, npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), стр. 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.
Mu, L. et al. (2022) „Влияние на солите на мастните киселини върху ферментационните характеристики, бактериалното разнообразие и аеробната стабилност на смесен силаж, приготвен с люцерна, оризова слама и пшенични трици“, Journal of the Science of Food and Agriculture, 102(4), стр. 1475–1487. doi: 10.1002/JSFA.11482.
Yang, J. et al. (2023) „Взаимодействието между биомаркерите на оксидативния стрес и чревната микробиота върху антиоксидантните ефекти на екстракти от Sonchus brachyotus DC. при индуциран от оксазолон чревен оксидативен стрес при възрастни рибки зебра“, Antioxidants 2023, том 12, страница 192, 12(1), стр. 192. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.
