16S/18S/ITS ампликонно секвениране-PacBio
Предимства на услугата
● Дълги четения, разкриващи пълна дължина на последователност от 16S/18S/ITS
● Високо прецизно базово повикване с последователност в режим PacBio CCS
● Разделителна способност на ниво вид в OTU/ASV анотация
● Най-новият QIIME2 анализиращ поток с разнообразни анализи по отношение на база данни, анотация, OTU/ASV.
● Приложимо за различни изследвания на микробна общност
● BMK притежава богат опит с над 100 000 проби годишно, обхващащи почва, вода, газ, утайки, изпражнения, черва, кожа, ферментационен бульон, насекоми, растения и др.
● BMKCloud улеснява интерпретацията на данни, съдържаща 45 персонализирани инструмента за анализ
Сервизни спецификации
| СеквениранеПлатформа | Библиотека | Препоръчителни данни | Време за изпълнение |
| PacBio Продължение II | SMRT-звънец | 5K/10K/20K тагове | 44 работни дни |
Биоинформатични анализи
● Контрол на качеството на необработените данни
● OTU клъстериране/де-шум (ASV)
● OTU анотация
● Алфа разнообразие
● Бета разнообразие
● Междугрупов анализ
● Анализ на асоциацията срещу експериментални фактори
● Предсказване на функцията на гена
Примерни изисквания и доставка
Примерни изисквания:
ЗаДНК екстракти:
| Тип проба | Количество | Концентрация | Чистота |
| ДНК екстракти | > 1 μg | > 20 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
За екологични проби:
| Примерен тип | Препоръчителна процедура за вземане на проби |
| Почва | Количество на пробата: прибл.5 g;Останалото изсъхнало вещество трябва да се отстрани от повърхността;Смелете едри парчета и прекарайте през 2 mm филтър;Аликвотни проби в стерилна EP-епруветка или cyrotube за резервация. |
| Изпражнения | Количество на пробата: прибл.5 g;Съберете и аликвотирайте проби в стерилна ЕР-епруветка или криоепруветка за резервиране. |
| Чревно съдържимо | Пробите трябва да се обработват при асептични условия.Измийте събраната тъкан с PBS;Центрофугирайте PBS и съберете утайката в EP-епруветки. |
| Утайка | Количество на пробата: прибл.5 g;Съберете и аликвотна проба от утайка в стерилна EP-епруветка или криоепруветка за резервиране |
| Водно тяло | За проба с ограничено количество микроби, като чешмяна вода, вода от кладенци и т.н., съберете поне 1 L вода и преминете през 0,22 μm филтър, за да обогатите микробите върху мембраната.Съхранявайте мембраната в стерилна епруветка. |
| кожа | Внимателно изстържете кожната повърхност със стерилен памучен тампон или хирургическо острие и го поставете в стерилна епруветка. |
Препоръчителна доставка на мостри
Замразете пробите в течен азот за 3-4 часа и ги съхранявайте в течен азот или -80 градуса за дългосрочно съхранение.Изисква се мостра за доставка със сух лед.
Работен поток на услугата
Доставка на мостри
Изграждане на библиотека
Секвениране
Анализ на данни
Следпродажбени услуги
1.Степен на анотации на базирано на V3+V4(Illumina) профилиране на микробна общност спрямо профилиране на базата на пълна дължина (PacBio).
(Данни от 30 произволно избрани проекта бяха приложени за статистика)
2. Степен на анотации на секвениране на ампликони с пълна дължина на видово ниво в различни типове проби
3. Видово разпространение
4.Филогенетично дърво
Калъф BMK
Излагането на арсен предизвиква увреждане на чревната бариера и последващо активиране на оста черво-черен дроб, което води до възпаление и пироптоза на черния дроб при патици
Публикувано:Наука за цялостната среда,2021 г
Стратегия за последователност:
Проби: контрола срещу 8 mg/kg ATO експонирана група
Добив на данни за секвениране: общо 102 583 необработени CCS последователности
Контрол: 54,518 ± 747 ефективни CCS
Изложен на ATO: 45 050 ± 1675 ефективни CCS
Ключови резултати
Алфа разнообразие:Експозицията на ATO значително промени чревното микробно богатство и разнообразие в патиците.
Анализ на метастати:
На ниво тип: 2 бактериални вида, открити само в контролни групи
На родово ниво: 6 рода бяха открити значително различни в относително изобилие
На видово ниво: идентифицирани са общо 36 вида, като 6 от тях значително се различават по относително изобилие
справка
Thingholm, LB, et al.„Затлъстелите хора със и без диабет тип 2 показват различен функционален капацитет и състав на чревните микроби.“Клетъчен гостоприемник и микроб26.2 (2019).
