Анализ за транспозазно-достъпен хроматин с високопроизводително секвениране (ATAC-seq)
Характеристики на услугата
● Услугата изисква тъканни проби, вместо извлечени нуклеинови киселини, за да се запазят взаимодействията ДНК-протеин.
● ATAC методът включва тъканна дисоциация, последвана от изолиране на ядра, третиране и пречистване с Tn5, PCR амплификация, селекция на размер и секвениране.
● Секвениране в Illumina NovaSeq
Предимства на услугата
●Висока чувствителност:Ниското начално количество клетки е достатъчно за подготовка и секвениране на библиотеката.
●Високоинформативна техникаедновременно разкрива геномните местоположения на отворения хроматин и активните регулаторни елементи, като например местата за свързване на транскрипционни фактори.
●Добра експериментална възпроизводимостТехническите реплики показват отлична повторяемост.
●Обширна експертизаСъс стотици успешно завършени проекти за ATAC секвениране, BMKGENE разполага с над десет години опит, висококвалифициран екип за анализ, изчерпателно съдържание и отлична следпродажбена поддръжка.
●Възможност за присъединяване към транскриптомичен анализ: позволява интегриран анализ на ATAC seq с други omics данни, като например RNA-seq.
● Цялостен биоинформационен анализ: позволява не само идентифицирането на отворените области на хроматина и съответната им функционалност (промотори, UT, екзони, интрони), но и анализ на разликите между отворените области на хроматина между пробите.
Спецификации на услугата
| Библиотека | Стратегия за секвениране | Препоръчителен изход на данни | Контрол на качеството |
| ATAC-seq | Илумина PE150 | > 20 милиона четения В зависимост от размера на генома (човек: 50 милиона прочитания) | Q30≥85% |
Примерни изисквания
Вид проби: Тъкани, живи или замразени клетки, кръв
● Брой клетки: ≥ 106клетки
● Тегло на тъканта: ≥ 200 мг прясна тъкан
● Кръв: ≥ 4 мл
Работен поток на услугата
Дизайн на експеримента
Доставка на мостри
Екстракция на ДНК
Строителство на библиотека
Секвениране
Анализ на данни
Следпродажбено обслужване
Включва следния анализ:
● Контрол на качеството на суровите данни;
● Определяне на пикове въз основа на картографиране към референтен геном;
● Анотация на гена върху местоположението на пика;
● Анализ на мотиви: идентифициране на места за свързване на транскрипционни фактори (TFBS);
● Диференциален пиков анализ и анотация.
1. Топлинна карта върху разпределението на ATAC четенията в TSS и съседни региони (±3 kb)
2. Разпределение на отворения хроматинов регион в различни компоненти на генома
3. Диференциално пиково обаждане между групите
Разгледайте напредъка в научните изследвания, улеснен от услугите за секвениране ATAC на BMKGene, чрез подбрана колекция от публикации.
Фу, А.и др.(2023) „Теломерно-теломерният геномен състав на горчив пъпеш (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) разкрива генетичните характеристики на развитието, състава и зреенето на плодовете“,Изследвания в градинарството, 10 (1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Гонг, Б.и др.(2023) „Епигенетична и транскрипционна активация на секреторната киназа FAM20C като онкоген в глиома“,Списание за генетика и геномика, 50(6), стр. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
Той, Й.и др.(2023) „Бутиратът обръща резистентността към фероптоза при колоректален рак чрез индуциране на c-Fos-зависима xCT супресия“,Редокс биология, 65, стр. 102822. doi: 10.1016/J.REDOX.2023.102822.
