De novo сглобяване на бактериален геном
Ние предлагаме цялостна услуга за сглобяване на бактериален геном, гарантираща 0 пропуски. Това е възможно чрез интегриране на технологии за секвениране с дълги четения, като Nanopore и PacBio за сглобяване, и секвениране с кратки четения с Illumina за валидиране на сглобяване и коригиране на грешки при ONT четения. Нашата услуга предоставя пълния биоинформационен работен процес - от сглобяване, функционална анотация и усъвършенстван биоинформатичен анализ, изпълнявайки специфични изследователски цели. Тази услуга позволява разработването на прецизни референтни геноми за различни генетични и геномни изследвания. Освен това, тя формира основата за приложения като оптимизация на щамове, генно инженерство и разработване на микробни технологии, осигурявайки надеждни и без пропуски геномни данни, които са от решаващо значение за развитието на научните познания и биотехнологичните иновации.
Характеристики на услугата
● С две възможни опции за избор в зависимост от желаната степен на пълнота на генома.
● Опция за чернова на геном: Секвениране с кратко четене с Illumina NovaSeq PE150.
● Пълен геном с 0 празнини.
● Дългосрочно секвениране на Nanopore PromethION 48 или PacBio Revio за сглобяване на геном.
● Кратко секвениране на Illumina NovaSeq за валидиране на генома и коригиране на грешки (Nanopore) или за генериране на чернова на геном.
Предимства на услугата
●Гарантиран геном с нулева празнинаТова се дължи на интеграцията на секвенирането на Illumina с дълго четене на секвениране (Nanopore или PacBio).
●Пълен работен процес по биоинформатика:Това включва сглобяване на генома и прогнозиране на множество геномни елементи, функционална анотация на гени и визуализации на генома, като например Circos plot.
●Обширна експертизаС над 20 000 събрани микробни генома, BMKGENE разполага с над десет години опит, висококвалифициран екип за анализ, изчерпателно съдържание и отлична следпродажбена поддръжка.
●Следпродажбена поддръжка:Нашият ангажимент се простира и след завършването на проекта с 3-месечен период на следпродажбено обслужване. През това време предлагаме проследяване на проекта, помощ при отстраняване на неизправности и сесии с въпроси и отговори, за да отговорим на всякакви въпроси, свързани с резултатите.
●Налични са множество стратегии за секвениране:За различни изследователски цели и изисквания за пълнота на генома.
Спецификации на услугата
| Услуга | Стратегия за секвениране |
| Проект на геном | Илумина PE150 100x |
| 0 Gap геном | Нанопор 100x + Илумина PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (по избор) |
Примерни изисквания:
| Концентрация (ng/µL) | Общо количество (µg) | Обем (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| ПакБио | ≥20 | ≥1.2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.0 |
| Нанопори | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Илумина | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
· Бактерии: ≥3,5x1010 клетки
Работен поток на услугата
Доставка на мостри
Строителство на библиотека
Секвениране
Анализ на данни
Следпродажбено обслужване
Включва следния анализ:
● Контрол на качеството на данните от секвенирането
● Сглобяване на генома
● Анализ на геномните компоненти: Предсказване на CDS и множество геномни елементи
● Функционална анотация с множество общи бази данни (GO, KEGG и др.) и разширени бази данни (CARD, VFDB и др.)
● Визуализация на генома
Предоставяме генома в леснодостъпен fasta формат и файл с анотации на генома (gff).
Анотация на гени – GO
Анотация на гени – въглехидрати CAZY
Визуализация на генома – Circos plot
Разгледайте напредъка, улеснен от услугите за сглобяване на бактериален геном на BMKGene, чрез подбрана колекция от публикации.
Dai, W. et al. (2023) „Откриване на Bacteroides uniformis F18-22 като безопасна и нова пробиотична бактерия за лечение на улцерозен колит от здраво човешко дебело черво“,Международно списание за молекулярни науки, 24(19), стр. 14669. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. et al. (2021) „Многорезистентни изолати на Proteus mirabilis, носещи blaOXA-1 и blaNDM-1 от диви животни в Китай: нарастващ риск за общественото здраве“,Интегративна зоология, 16(6), стр. 798–809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT et al. (2017) „Пълната геномна последователност на ендофита Bacillus flexus KLBMP 4941 разкрива механизма му за стимулиране на растежа на растенията и генетичната основа за толерантност към сол“,Списание за биотехнологии, 260, стр. 38–41. doi: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Wang, X. et al. (2021) „Плазмидите на Klebsiella с многократна репликационна резистентност медиират широко разпространение на антимикробни гени“,Граници в микробиологията, 12, стр. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
