BMKCloud Log in
条形банер-03

Продукти

Групиран сегрегационен анализ

Групираният сегрегантен анализ (BSA) е техника, използвана за бързо идентифициране на генетични маркери, свързани с фенотипа.Основният работен процес на BSA включва избиране на две групи индивиди с изключително противоположни фенотипове, обединяване на ДНК на всички индивиди, за да се образуват две големи части от ДНК, идентифициране на диференциални последователности между два пула.Тази техника е широко използвана за идентифициране на генетични маркери, силно свързани с целеви гени в растителни/животински геноми.


Подробности за услугата

Демо резултати

Казус

Предимства на услугата

12

Takagi et al., The plant journal, 2013

● Точно локализиране: Смесване на групи от 30+30 до 200+200 индивида за минимизиране на фоновия шум;несинонимично предсказване на регион кандидат, базирано на мутанти.

● Изчерпателен анализ: Задълбочена анотация на функцията на кандидат ген, включително NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG и др.

● По-бързо време за изпълнение: Бързо локализиране на ген в рамките на 45 работни дни.

● Богат опит: BMK е допринесъл за локализиране на хиляди черти, обхващащи различни видове като култури, водни продукти, гора, цветя, плодове и др.

Сервизни спецификации

Население:
Разделяне на потомство на родители с противоположни фенотипове.
напр. F2 потомство, обратно кръстосване (BC), рекомбинантна инбредна линия (RIL)

Смесителен басейн
За качествени характеристики: 30 до 50 индивида (минимум 20)/насипно състояние
За количествена характеристика: най-добрите 5% до 10% индивиди с един от двата крайни фенотипа в цялата популация (минимум 30+30).

Препоръчителна дълбочина на секвениране
Най-малко 20X/родител и 1X/потомство индивид (напр. за смесване на поколение потомство от 30+30 индивида, дълбочината на секвениране ще бъде 30X за маса)

Биоинформатични анализи

● Ресеквениране на целия геном
 
● Обработка на данни
 
● SNP/Indel повикване
 
● Проверка на регион кандидат
 
● Анотация за функцията на кандидат-ген

流程图-BS-A1

Примерни изисквания и доставка

Примерни изисквания:

Нуклеотиди:

gDNA проба

Тъканна проба

Концентрация: ≥30 ng/μl

Растения: 1-2гр

Количество: ≥2 μg (обем ≥15 μl)

Животни: 0,5-1 g

Чистота: OD260/280= 1.6-2.5

Цяла кръв: 1,5 мл

Работен поток на услугата

Примерен QC

Дизайн на експеримента

доставка на проби

Доставка на мостри

Пилотен експеримент

Екстракция на РНК

Подготовка на библиотеката

Изграждане на библиотека

Секвениране

Секвениране

Анализ на данни

Анализ на данни

Следпродажбени услуги

Следпродажбени услуги


  • Предишен:
  • Следващия:

  • 1. База за анализ на асоциациите на Евклидово разстояние (ED) за идентифициране на регион кандидат.На следващата фигура

    X-ос: Брой на хромозомите;Всяка точка представлява ED стойност на SNP.Черната линия съответства на монтираната ED стойност.По-високата стойност на ED показва по-значима връзка между мястото и фенотипа.Червената прекъсната линия представлява праг на значима асоциация.

    mRNA-FLNC-разпределение на дължината на четене

     

    2. Анализ на асоциацията, базиран на SNP-индекс

    X-ос: Брой на хромозомите;Всяка точка представлява стойност на SNP-индекс.Черната линия означава монтирана стойност на SNP-индекса.Колкото по-голяма е стойността, толкова по-значима е връзката.

    mRNA-пълно-ORF-разпределение по дължина

     

    Калъф BMK

    Локусът на количествения признак с основен ефект Fnl7.1 кодира изобилен протеин в късната ембриогенеза, свързан с дължината на шийката на плода в краставица

    Публикувано: Вестник за растителна биотехнология, 2020 г

    Стратегия за последователност:

    Родители (Jin5-508, YN): Повторно секвениране на целия геном за 34× и 20×.

    ДНК пулове (50 с дълга шия и 50 с къса шия): Повторно секвениране за 61× и 52×

    Ключови резултати

    В това проучване сегрегиращата популация (F2 и F2:3) е генерирана чрез кръстосване на линия на краставици с дълга шия Jin5-508 и YN с къса шия.Два ДНК басейна бяха конструирани от 50 индивида с екстремна дълга шия и 50 индивида с екстремна къса шия.QTL с основен ефект беше идентифициран на Chr07 чрез BSA анализ и традиционно QTL картографиране.Кандидат регионът беше допълнително стеснен чрез фино картографиране, количествено определяне на генната експресия и трансгенни експерименти, които разкриха ключов ген за контролиране на дължината на врата, CsFnl7.1.В допълнение, беше установено, че полиморфизмът в CsFnl7.1 промоторната област е свързан със съответната експресия.Допълнителен филогенетичен анализ предполага, че Fnl7.1 локусът е много вероятно да произхожда от Индия.

    PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

    QTL-картографиране в BSA анализ за идентифициране на регион кандидат, свързан с дължината на шията на краставица

    PB-пълна дължина-РНК-алтернативен-сплайсинг

    LOD профили на QTL с дължина на врата на краставица, идентифицирани на Chr07

     
    справка

    Xu, X., et al.„Локусът на количествения признак с основен ефект Fnl7.1 кодира изобилен протеин в късна ембриогенеза, свързан с дължината на шийката на плода в краставицата.“Вестник за растителна биотехнология 18.7 (2020).

    получите оферта

    Напишете вашето съобщение тук и ни го изпратете

    Изпратете вашето съобщение до нас: