BMKCloud Log in
条形банер-03

Продукти

Сравнителна геномика

Сравнителната геномика буквално означава сравняване на пълните геномни последователности и структури на различни видове.Тази дисциплина има за цел да разкрие еволюцията на видовете, генната функция, генния регулаторен механизъм на ниво геном чрез идентифициране на структурите на последователностите и елементите, които са запазени или диференцирани в различни видове.Типичното сравнително геномно изследване включва анализи в генно семейство, еволюционно развитие, дублиране на целия геном, селективен натиск и др.


Подробности за услугата

Демо резултати

Казус

Предимства на услугата

1Сравнителна геномика

● Изчерпателен пакет за анализи, съдържащ осемте най-често изисквани анализа

● Висока надеждност на анализа с подробна и лесно разбираема интерпретация на резултатите

● Добре проектирани фигури, готови за публикуване

● Висококвалифициран екип по биоинформатика изпълнява разнообразни персонализирани изисквания за анализ

● По-кратко време за изпълнение с по-висока точност на анализа

● Богат опит с над 90 успешни случая с натрупан публикуван импакт фактор над 900

Сервизни спецификации

Очаквано време за изпълнение

Брой видове

Анализи

30 работни дни

6 - 12

Групиране на генно семейство

Разширяване и свиване на семейството на гените

Изграждане на филогенетично дърво

Оценка на времето на отклонение (необходимо е калибриране на вкаменелости)

Време за вмъкване на LTR (за растения)

Дублиране на целия геном (за растения)

Селективен натиск

Синтеничен анализ

Биоинформатични анализи

● Семейство ген

● Филогенетика

● Време на отклонение

● Селективен натиск

● Synteny анализ

流程图Сравнителна геномика

Примерни изисквания и доставка

Примерни изисквания:

Тъкан или ДНК за секвениране и сглобяване на генома

За Тъкан

видове

Тъкан

Изследване

PacBio CCS

Животно

Висцерална тъкан

0,5 ~ 1g

≥ 3,5g

Мускулна тъкан

≥ 5.0g

≥ 5,0 ml

Кръв на бозайник

≥ 0,5 ml

Кръв от птици/риба

растение

Свежи листа

1 ~ 2g

≥ 5.0g

 

Венчелистче/Стъбло

1 ~ 2g

≥ 10.0g

 

Корен/семе

1 ~ 2g

≥ 20.0g

клетки

Култивирана клетка

-

≥ 1 x 108

Данни

Файлове с геномни последователности (.fasta) и файлове с анотации (.gff3) на тясно свързани видове

Работен поток на услугата

Примерен QC

Дизайн на експеримента

доставка на проби

Доставка на мостри

Подготовка на библиотеката

Изграждане на библиотека

Секвениране

Секвениране

Анализ на данни

Анализ на данни

Следпродажбени услуги

Следпродажбени услуги


  • Предишен:
  • Следващия:

  • *Показаните тук демонстрационни резултати са от геноми, публикувани с Biomarker Technologies

    1. Оценка на времето за вмъкване на LTR: Фигурата показва уникално бимодално разпределение на времената на вмъкване на LTR-RT в генома на Weining ръж, в сравнение с други видове.Най-новият връх се е появил преди около 0,5 милиона години.

    3LTR-оценка-времето-на-вмъкване-в-Weining-ръж

    Li Guang и др.,Природна генетика, 2021 г

     

     

    2. Анализ на филогенеза и генна фамилия на чайот (Sechium edule): Чрез анализиране на чайот и другите 13 свързани вида в генното семейство беше установено, че Chayote е най-тясно свързан със змийската кратуна (Trichosanthes anguina).Чайот, получен от змийска кратуна на около 27-45 Mya и дублиране на целия геном (WGD) е наблюдавано в chayote на 25±4 Mya, което е третото WGD събитие в cucuibitaceae.

    4 Филогенетично-дърво-от-чайот

    Fu A и др.,Изследвания в градинарството, 2021 г

     

     

    3. Синтетичен анализ: Някои гени, свързани с фитохормоните в развитието на плодовете, са открити в чайот, змийска кратуна и тиква.Корелацията между чайот и тиква е малко по-висока от тази между чайот и змийска кратуна.

    4 Филогенетично-дърво-от-чайот

    Fu A и др.,Изследвания в градинарството, 2021 г

     

     

    4.Анализ на генно семейство: Обогатяването на KEGG върху разширяването и свиването на генното семейство в геномите на G.thurberi и G.davidsonii показва, че гените, свързани с биосинтезата на стероиди и биосинтезата на брасиностероиди, са разширени.

    4 Филогенетично-дърво-от-чайот

    Yang Z и др.,Биология на BMC, 2021 г

     

     

    5.Анализ на дублиране на целия геном: 4DTV и Ks анализ на разпределението показаха събитие на дублиране на целия геном.Пикове на вътрешновидови показани събития на дублиране.Пикове на междувидови показани събития на видообразуване.Анализът показа, че в сравнение с другите три тясно свързани вида, O. europaea премина през широкомащабно генно дублиране напоследък.

    4 Филогенетично-дърво-от-чайот

    Rao G и др.,Изследвания в градинарството, 2021 г

    Калъф BMK

    Роза без бодли: геномни прозрения, свързани с адаптирането към влага

    Публикувано: Национален научен преглед, 2021 г

    Стратегия за последователност:

    „На Басибез бодли' (Р.Wichurainan) геном:
    Прибл.93 X PacBio + прибл.90 X Nanopore + 267 X Illumina

    Ключови резултати

    1.Висококачественият геном на R.wichuraiana е конструиран с помощта на техники за секвениране с дълго четене, които дават сбор от 530,07 Mb (Очакваният размер на генома е приблизително 525,9 Mb чрез поточна цитометрия и 525,5 чрез изследване на генома; Хетерозиготността е около 1,03%).Оценката на BUSCO е 93,9%.Сравнявайки със „Old blush“ (haploOB), качеството и пълнотата на този геном беше потвърдено от базова еднобазова точност и LTR индекс на сглобяване (LAI=20.03).Геномът на R.wichuraiana съдържа 32 674 протеинови кодиращи гени.

    2. Мулти-омичен съвместен анализ, състоящ се от сравнителна геномика, транскриптомика, QTL анализ на генетична популация, разкрива решаващата спецификация между R. wichuraiana и Rosa chinensis.Също така, вариацията на експресията на свързаните гени в QTL е вероятно да бъде свързана с моделиране на бодли на стъблото.

    7KEGG-обогатяване-на-генно-семейство-разширяване-и-свиване

    Сравнителният анализ на геномиката между Basye;s Thornless и Rosa chinensis, включително синтетичен анализ, клъстер на генно семейство, анализ на разширяване и свиване, разкрива голям брой вариации, които са свързани с решаващи характеристики на розите.Уникалната експанзия в семейството на гени NAC и FAR1/FRS е много вероятно да бъде свързана с резистентност към черно петно.

    81Сравнителни-геномни-анализи-между-BT-и-OB 82Сравнителни-геномни-анализи-между-BT-и-OB 83Сравнителни-геномни-анализи-между-BT-и-OB

    Сравнителен геномичен анализ между BT и haploOB геноми.

    справка

    Zhong, M., et al.„Роза без бодли: геномни прозрения, свързани с адаптирането към влагата“Национален научен преглед, 2021;, nwab092.

    получите оферта

    Напишете вашето съобщение тук и ни го изпратете

    Изпратете вашето съобщение до нас: