Продукти

ДНК/РНК секвениране -PacBio Sequencer

Секвениране на ДНК/РНК - PacBio Sequencer Представено изображение

Платформата за секвениране PacBio е отдавна прочетена платформа за секвениране, която също е известна като една от технологиите за секвениране от трето поколение (TGS).Основната технология, едномолекулно реално време (SMRT), дава възможност за генериране на четения с дължина десетки килобази.На базата на „Секвениране чрез синтез“ разделителната способност на единичен нуклеотид се постига чрез вълновод с нулев режим (ZMW), където се осветява само ограничен обем на дъното (мястото на синтеза на молекулата).В допълнение, секвенирането на SMRT до голяма степен избягва специфично за последователността отклонение в NGS системата, тъй като повечето от стъпките на PCR амплификация не са необходими в процеса на изграждане на библиотека.

Платформа: Sequel II, Revio

Свържете се с нас

Подробности за услугата

Демо резултати

Характеристика

Два режима на секвениране на PacBio секвенсер: непрекъснато дълго четене (CLR) и кръгово консенсусно четене (CCS)

Режим на последователност

Размер на библиотеката

Теоретични данниДобив (на клетка)

Еднобазовиточност

Приложения

CLR

20Kb, 30Kb и т.н.

80 Gb до 130 Gb

Прибл.85%

De novo, SV повикване и др.

CCS

15-20 Kb

14 до 40 Gb/клетка (Продължение II)

70 до 110 Gb/клетка (Revio)

Зависи от пробите

Прибл.99%

De novo, SNP/Indel/SV извикване, Iso-Seq,

Сравнение на производителността и характеристиките на Revio и Sequel II

Условия	Система Sequel II	Система Revio	Нараства
По-висока плътност	8 милиона ZMW	25 милиона ZMW	3x
Независими етапи	1	4	4x
По-кратки времена на работа	30 часа	24 часа	1,25x
30X HiFi човешки геноми / година	88	1300	15x общо

Предимства на услугата

● Над 8 години опит в платформата за секвениране на PacBio с хиляди затворени проекти с различни видове.

● Напълно оборудван с най-новите платформи за секвениране PacBio, Revio за гарантиране на достатъчна производителност на секвениране.

● По-бързо време за изпълнение, по-голям добив на данни и по-точни данни.

● Участва в стотици силно въздействащи публикации, базирани на PacBio.

Примерни изисквания

Тип проба

Количество

Концентрация （Qubit®）

Сила на звука

Чистота

други

Геномна ДНК

Зависи от изискването за данни

≥50 ng/μl

≥15μl

OD260/280=1.7-2.2;
OD260/230=1,8-2,5;
Ясен пик при 260 nm，никакви замърсявания

Концентрацията трябва да се измерва чрез Qubit и Qubit/Nanopore = 0,8-2,5

Обща РНК

≥1.2μg

≥120 ng/μl

≥15μl

OD260/280=1.7-2.5;
OD260/230=0,5-2,5;никакви замърсявания

RIN стойност ≥7,5

5≥28S/18S≥1

Работен процес на услугата

приготвяне на пробата

Изграждане на библиотека

Секвениране

Анализ на данни

Доставка на проект

Предишен: OEM производител Mrna Sequencing Service - Дълго некодиращо секвениране-Illumina – Biomarker

Следващия: Illumina и BGI

1. Вътрешен добив на данни

Данни, генерирани от 63 CCS клетки (от 26 вида)

ДАННИ-PacBio-CCS-15 Kb	Средно аритметично	Макс	Мин	Медиана
Добив - подчетения (Gb)	421.12	544.27	221,38	426,58
Yiled - CCS (Gb)	25.93	38,59	10.86	25.43
Полимераза N50	145,651	175,430	118,118	144,689
Подчете N50	17,509	23,924	12,485	17,584
CCS N50	14,490	19,034	9,876	14,747
Средна дължина-Полимераза	67,995	89,379	49,664	66,433
Средна дължина-Подхлебове	15,866	21,036	11,657	16 012
Средна дължина-CCS	14,489	19,074	8,575	14,655

Данни, генерирани от 16 CLR клетки (от 76 вида)

DATA-PacBio-CLR-30Kb	Средно аритметично	Макс	Мин	Медиана
Добив - подчетения (Gb)	142.20	291.40	50,55	142,49
Полимераза N50	39,456	121,191	15,389	35,231
Подчете N50	28,490	41,012	14,430	29,063
Средна дължина-Полимераза	22,063	48,886	8,747	21,555
Средна дължина-Подхлебове	17,720	27,225	8,293	17,779

2. Данни QC – ДемоСтатистика за добива на данни

проба	ccs Чете номер	Общо ccs бази (bp)	ccs Чете N50 (bp)	ccs средна дължина (bp)	ccs Най-дълго четене (bp)	subreads Bases (bp)	ccs скорост (%)
PB_BMKxxx	3,444,159	54,164,122,586	15,728	15,726	36,110	863,326,330,465	6.27