Еволюционна генетика
Предимства на услугата
Такаги и др.,Списанието за растения, 2013 г.
●Цялостен биоинформационен анализ:позволявайки оценка на генетичното разнообразие, което отразява еволюционния потенциал на видовете, и разкривайки надеждна филогенетична връзка между видовете с минимизирано влияние на конвергентната еволюция и паралелната еволюция
●Допълнителен персонализиран анализ: като например оценката на времето и скоростта на дивергенция въз основа на вариации на ниво нуклеотиди и аминокиселини.
●Обширна експертиза и публикацииBMKGene е натрупал огромен опит в проекти за популационна и еволюционна генетика в продължение на над 15 години, обхващащи хиляди видове и др., и е допринесъл за над 1000 проекта на високо ниво, публикувани в Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal и др.
● Висококвалифициран екип по биоинформатика и кратък цикъл на анализС богат опит в напредналия геномен анализ, екипът на BMKGene предоставя цялостни анализи с кратко време за изпълнение.
● Следпродажбено обслужване:Нашият ангажимент се простира и след завършването на проекта с 3-месечен период на следпродажбено обслужване. През това време предлагаме проследяване на проекта, помощ при отстраняване на неизправности и сесии с въпроси и отговори, за да отговорим на всякакви въпроси, свързани с резултатите.
Спецификации и изисквания за услугата
| Вид секвениране | Препоръчителен мащаб на популацията | Стратегия за секвениране | Изисквания за нуклеотиди |
| Секвениране на целия геном | ≥ 30 индивида, с ≥ 10 индивида от всяка подгрупа
| 10 пъти | Концентрация: ≥ 1 ng/µL Общо количество ≥ 30 нг Ограничено или никакво разграждане или замърсяване |
| Специфично-локусен амплифициран фрагмент (SLAF) | Дълбочина на етикета: 10 пъти Брой етикети: <400 Mb: Препоръчва се WGS <1Gb: 100K тагове 1 Гб >2Gb: 300K тагове Максимум 500 хиляди тагове | Концентрация ≥ 5 ng/µL Общо количество ≥ 80 нг Нанокапка OD260/280=1.6-2.5 Агарозен гел: без или ограничено разграждане или замърсяване
|
Работен поток на услугата
Дизайн на експеримента
Доставка на мостри
Строителство на библиотека
Секвениране
Анализ на данни
Следпродажбено обслужване
Услугата включва анализ на структурата на популацията (филогенетично дърво, PCA, диаграма на стратификацията на популацията), разнообразието на популацията и селекцията на популацията (неравновесие на свързване, селективен подбор на благоприятни места). Услугата може да включва и персонализиран анализ (напр. време на дивергенция, генен поток).
*Показаните тук демо резултати са от геноми, публикувани с BMKGENE
1. Еволюционният анализ включва изграждане на филогенетично дърво, структура на популацията и PCA въз основа на генетични вариации.
Филогенетичното дърво представлява таксономични и еволюционни връзки между видове с общ прародител.
PCA има за цел да визуализира близостта между подгрупите.
Структурата на популацията показва наличието на генетично обособена субпопулация по отношение на честотата на алелите.
Чен и др.PNAS, 2020 г.
2. Селективно почистване
Селективното почистване се отнася до процес, чрез който се избира благоприятно място и честотите на свързани неутрални места се увеличават, а тези на несвързани места се намаляват, което води до намаляване на регионалното.
Геномното откриване в селективни области на сканиране се обработва чрез изчисляване на популационния генетичен индекс (π, Fst, Tajima's D) на всички SNP в рамките на плъзгащ се прозорец (100 Kb) на определена стъпка (10 Kb).
Нуклеотидно разнообразие (π)
Д на Таджима
Индекс на фиксация (Fst)
Ву и др.Молекулярно растение, 2018 г.
3. Генен поток
Ву и др.Молекулярно растение, 2018 г.
4. Демографска история
Джанг и др.Екология и еволюция на природата, 2021 г.
5. Време на дивергенция
Джанг и др.Екология и еволюция на природата, 2021 г.
Разгледайте напредъка, улеснен от услугите за еволюционна генетика на BMKGene, чрез подбрана колекция от публикации:
Хасаняр, АК и др. (2023) „Откриване на SNP молекулярни маркери и кандидат-гени, свързани с резистентност към вируса на Sacbrood при ларви на Apis cerana cerana чрез повторно секвениране на целия геном“,Международно списание за молекулярни науки, 24 (7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
Chai, J. et al. (2022) „Откриването на див, генетично чист китайски гигантски саламандър създава нови възможности за опазване на вида“,Зоологически изследвания, 2022, том 43, брой 3, страници: 469-480, 43(3), стр. 469–480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Хан, М. и др. (2022) „Филогеографски модел и история на еволюцията на популацията на местния Elymus sibiricus L. на Цинхайско-тибетското плато“,Граници в растениевъдството, 13, стр. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Wang, J. et al. (2022) „Геномни прозрения за еволюцията на лонган от геномен сбор на хромозомно ниво и популационна геномика на лонган присъединявания“,Изследвания в градинарството, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
