● Използват се специални сонди за изчерпване на рибозомната кДНК.
● Изграждане на библиотеки, специфични за дадена нишка.
● Един работен процес за едновременно получаване на данни за mRNA, lncRNA и circRNA.
● Строг контрол на качеството: Ние внедряваме основни контролни точки на всички етапи, от подготовката на пробите и библиотеките до секвенирането и биоинформатиката. Този щателен мониторинг гарантира получаването на постоянно висококачествени резултати.
● Следпродажбено обслужване: Нашият ангажимент се простира и след завършването на проекта с 3-месечен период на следпродажбено обслужване. През това време предлагаме проследяване на проекта, помощ при отстраняване на неизправности и сесии с въпроси и отговори, за да отговорим на всякакви въпроси, свързани с резултатите.
| Библиотека | Платформа | Препоръчителни данни | Контрол на качеството на данните |
| rRNA изчерпана насочена библиотека | Илумина PE150 | 10-16 Гб | Q30≥85% |
Нуклеотиди:
| Количество (нг) | Обем (μL) |
| 40 | 20 |
Тъкан:
Екзозом: 100 μL; 40 μg; >10^9 частици/mL
Серум/плазма: 5 mL
Супернатант от клетъчна култура: 100 mL
Урина: 100 мл
Слюнка: 15 мл
Носен секрет: 15 мл
Цереброспинална течност: 15 мл
Амниотична течност: 50 мл
Сперма: 5 мл
Жлъчка: 5 мл
Асцит: 50 мл
Мляко: 15 мл
Фоликуларна течност: 15 мл
Фекален супернатант: 50 мл
Супернатант от микробна култура: 100 мл
Животинска тъкан: 3 г
Растителна тъкан: 1 г
Контейнер: 2 mL центрофужна епруветка (не се препоръчва калаено фолио)
Примерно етикетиране: Групиране + повторение, например A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Пратка:
1. Сух лед: Пробите трябва да бъдат опаковани в торби и заровени в сух лед.
2. RNAstable епруветки: РНК пробите могат да бъдат изсушени в RNA стабилизираща епруветка (напр. RNAstable®) и транспортирани при стайна температура.
Биоинформатика
прогнозиране на circRNA: хромозомно разпределение
Диференциално експресирани circRNAs – Вулканична диаграма
Диференциално експресирани circRNA – йерархично клъстериране
Функционално обогатяване на гените-гостоприемници на circRNA
Анализ на диференциалната генна експресия (DEG)
Количествено определяне на експресията на lncRNA – клъстеризация
Обогатяване на целеви гени на lncRNA
Анализ на позицията на съвместни mRNA и lncRNA – Circos графика (средният кръг е mRNA, а вътрешният кръг е lncRNA)