Екзозомно секвениране на малки РНК - Illumina
Характеристики
● Като входен материал се използва екзозомна тотална РНК. По време на пречистването се използват miRNA перли за изолиране на miRNA.
● Биоинформатичен анализ, съсредоточен върху предсказването на miRNA и техните мишени.
Предимства на услугата
● Цялостен биоинформатичен анализ: Позволява идентифицирането както на известни, така и на нови miRNA, идентифициране на miRNA мишени и съответната функционална анотация и обогатяване с множество бази данни (KEGG, GO).
● Строг контрол на качеството: Ние внедряваме основни контролни точки на всички етапи, от подготовката на пробите и библиотеките до секвенирането и биоинформатиката. Този щателен мониторинг гарантира получаването на постоянно висококачествени резултати.
● Следпродажбено обслужване: Нашият ангажимент се простира и след завършването на проекта с 3-месечен период на следпродажбено обслужване. През това време предлагаме проследяване на проекта, помощ при отстраняване на неизправности и сесии с въпроси и отговори, за да отговорим на всякакви въпроси, свързани с резултатите.
Изисквания за проба и доставка
| Библиотека | Платформа | Препоръчителни данни | Контрол на качеството на данните |
| Изолиране на екзозомна miRNA | Илумина SE50 | 10-20 милиона четения | Q30≥85% |
Примерни изисквания
Нуклеотиди:
| Количество (нг) | Обем (μL) |
| 40 | 20 |
Тъкан:
Екзозом: 100 μL; 40 μg; >10^9 частици/mL
Серум/плазма: 5 mL
Супернатант от клетъчна култура: 100 mL
Урина: 100 мл
Слюнка: 15 мл
Носен секрет: 15 мл
Цереброспинална течност: 15 мл
Амниотична течност: 50 мл
Сперма: 5 мл
Жлъчка: 5 мл
Асцит: 50 мл
Мляко: 15 мл
Фоликуларна течност: 15 мл
Фекален супернатант: 50 мл
Супернатант от микробна култура: 100 мл
Животинска тъкан: 3 г
Растителна тъкан: 1 г
Препоръчителна доставка на проби
Контейнер: 2 mL центрофужна епруветка (не се препоръчва калаено фолио)
Примерно етикетиране: Групиране + повторение, например A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Пратка:
1. Сух лед: Пробите трябва да бъдат опаковани в торби и заровени в сух лед.
2. RNAstable епруветки: РНК пробите могат да бъдат изсушени в RNA стабилизираща епруветка (напр. RNAstable®) и транспортирани при стайна температура.
Работен поток на услугата
Дизайн на експеримента
Доставка на мостри
Екстракция на РНК
Строителство на библиотека
Секвениране
Анализ на данни
Следпродажбено обслужване
Биоинформатика
● Контрол на качеството на суровите данни
● класификация на sRNA
● Подравняване с референтен геном
● Идентифициране на известни и нови miRNA
● Диференциален анализ на експресията на miRNA
● Функционална анотация на miRNA мишени
Идентифициране на miRNA: структура и дълбочина
Диференциална експресия на miRNA – йерархично клъстериране
Функционална анотация на мишена на диференциално експресирани miRNA
