Секвениране на пълна дължина на mRNA - Nanopore
Характеристики
● Улавяне на поли-А мРНК, последвано от синтез на кДНК и подготовка на библиотека
● Секвениране на пълните транскрипти
● Биоинформатичен анализ, базиран на подравняване с референтен геном
● Биоинформатичният анализ включва не само експресия на генно и изоформно ниво, но също така анализ на дълга некротична РНК (lncRNA), генни сливания, полиаденилация и генна структура
Предимства на услугата
●Количествено определяне на експресията на ниво изоформа: позволява подробен и точен анализ на експресията, разкривайки промени, които може да са маскирани при анализа на цялата генна експресия
●Намалени изисквания за данни:В сравнение със секвенирането от следващо поколение (NGS), нанопорното секвениране показва по-ниски изисквания за данни, което позволява еквивалентни нива на насищане с количествено определяне на генната експресия с по-малки данни.
●По-висока точност на количествено определяне на експресиятакакто на генно, така и на изоформно ниво
●Идентифициране на допълнителна транскриптомна информацияалтернативна полиаденилация, фузионни гени и lcnRNA и техните целеви гени
●Обширна експертизаНашият екип влага богат опит във всеки проект, като е завършил над 850 проекта с пълнометражни транскриптоми на Nanopore и е обработил над 8000 проби.
●Следпродажбена поддръжкаНашият ангажимент се простира и след завършването на проекта с 3-месечен период на следпродажбено обслужване. През това време предлагаме проследяване на проекта, помощ при отстраняване на неизправности и сесии с въпроси и отговори, за да отговорим на всякакви въпроси, свързани с резултатите.
Изисквания за проба и доставка
| Библиотека | Стратегия за секвениране | Препоръчителни данни | Контрол на качеството |
| Обогатен с поли А | Нанопорен PromethION 48 | 6/12 Гб | Среден качествен резултат: Q10 |
Примерни изисквания:
Нуклеотиди:
| Конц. (нг/μl) | Количество (μg) | Чистота | Почтеност |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Ограничено или никакво замърсяване с протеини или ДНК, наблюдавано върху гела. | За растения: RIN≥7.0; За животни: RIN ≥ 7,5; 5.0≥28S/18S≥1.0; ограничена или никаква елевация на базовата линия |
● Растения:
Корен, стъбло или венчелистче: 450 мг
Листа или семена: 300 мг
Плодове: 1,2 г
● Животно:
Сърце или черва: 300 мг
Вътрешни органи или мозък: 240 мг
Мускули: 450 мг
Кости, коса или кожа: 1 г
● Членестоноги:
Насекоми: 6 г
Ракообразни: 300 мг
● Пълна кръв1 туба
● Клетки: 106 клетки
Препоръчителна доставка на проби
Контейнер: 2 ml центрофужна епруветка (не се препоръчва калаено фолио)
Примерно етикетиране: Групиране + повторение, например A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Пратка:
1. Сух лед: Пробите трябва да бъдат опаковани в торби и заровени в сух лед.
2. RNAstable епруветки: РНК пробите могат да бъдат изсушени в RNA стабилизираща епруветка (напр. RNAstable®) и транспортирани при стайна температура.
Работен поток на услугата
Нуклеотиди:
Доставка на мостри
Строителство на библиотека
Секвениране
Анализ на данни
Следпродажбено обслужване
Работен поток на услугата
Тъкан:
Дизайн на експеримента
Доставка на мостри
Екстракция на РНК
Строителство на библиотека
Секвениране
Анализ на данни
Следпродажбено обслужване
● Обработка на сурови данни
● Идентификация на преписа
● Алтернативно снаждане
● Количествено определяне на експресията на генно и изоформно ниво
● Диференциален експресионен анализ
● Анотация и обогатяване на функции (DEG и DET)
Алтернативен анализ на сплайсинга
Алтернативен полиаденилационен анализ (APA)
Предсказване на lncRNA
Анотация на нови гени
Клъстериране на DET
Протеин-протеинови мрежи в диференциално разположени електрони (DEG)
Разгледайте напредъка, улеснен от услугите за секвениране на мРНК с пълна дължина Nanopore на BMKGene, чрез подбрана колекция от публикации.
Gong, B. et al. (2023) „Епигенетична и транскрипционна активация на секреторната киназа FAM20C като онкоген в глиома“, Journal of Genetics and Genomics, 50(6), стр. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
He, Z. et al. (2023) „Пълноразмерно транскриптомно секвениране на лимфоцити, реагиращи на IFN-γ, разкрива Th1-изкривен имунен отговор при писия (Paralichthys olivaceus)“, Fish & Shellfish Immunology, 134, стр. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. et al. (2023) „Сравнителен анализ на методите за секвениране на РНК PacBio и ONT за идентифициране на отрова на Nemopilema Nomurai“, Genomics, 115(6), стр. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. et al. (2023) „Нано-секвениращият анализ разкрива различна функционална тенденция между екзозомите и микровезикулите, получени от hUMSC“, Stem Cell Research and Therapy, 14(1), стр. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.
