Продукти

Пълна дължина на иРНК секвениране-нанопора

Секвениране на иРНК в пълна дължина - представено изображение на нанопори

Секвенирането на РНК е безценен инструмент за цялостен анализ на транскриптоми.Несъмнено традиционната последователност за кратко четене постигна много важно развитие тук.Независимо от това, той често среща ограничения в идентификациите на изоформите в пълна дължина, количественото определяне, отклонението на PCR.

Секвенирането на нанопори се отличава от другите платформи за секвениране по това, че нуклеотидите се четат директно без ДНК синтез и генерира дълго четене при десетки килобази.Това дава възможност за директно отчитане, пресичане на преписи с пълна дължина и справяне с предизвикателствата в изследванията на ниво изоформа.

Платформа:Нанопора PromethION

Библиотека:cDNA-PCR

Свържете се с нас

Подробности за услугата

Демо резултати

Казус

Предимства на услугата

● Ниско отклонение на последователността

● Разкриване на cDNA молекули с пълна дължина

● Необходими са по-малко данни за покриване на същия брой преписи

● Идентифициране на множество изоформи на ген

● Количествено определяне на експресията на ниво изоформа

Сервизни спецификации

Библиотека

Платформа

Препоръчителен добив на данни (Gb)

Контрол на качеството

cDNA-PCR (Poly-A обогатен)

Нанопора PromethION P48

6 Gb/извадка (в зависимост от вида)

Съотношение на цялата дължина >70%

Средна оценка за качество: Q10

Биоинформатични анализи

●Обработка на необработени данни

● Идентификация на препис

● Алтернативно снаждане

● Количествено определяне на експресията на ниво ген и ниво на изоформа

● Анализ на диференциален израз

● Функционална анотация и обогатяване (DEG и DET)

Примерни изисквания и доставка

Примерни изисквания:

Нуклеотиди:

Конц. (ng/μl)

Количество (μg)

Чистота

Интегритет

≥ 100

≥ 0,6

OD260/280=1,7-2,5

OD260/230=0,5-2,5

Ограничено или никакво протеиново или ДНК замърсяване, показано на гела.

За растения: RIN≥7.0;

За животни: RIN≥7,5;

5.0≥28S/18S≥1.0;

ограничено или никакво повишение на базовата линия

Кърпа: Тегло (суха): ≥1 g

*За тъкани, по-малки от 5 mg, препоръчваме да изпратите бързо замразена (в течен азот) тъканна проба.

Клетъчна суспензия: Брой клетки = 3×10⁶- 1×10⁷

*Препоръчваме да изпратите замразен клетъчен лизат.В случай, че тази клетка е по-малка от 5×10⁵, препоръчва се бързо замразяване в течен азот, което е за предпочитане за микроекстракция.

Кръвни проби: Обем≥1 ml

Препоръчителна доставка на мостри

Контейнер: центрофужна епруветка от 2 ml (не се препоръчва калаено фолио)

Примерно етикетиране: Групиране+репликат напр. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...

Пратка: 2、Сух лед: Пробите трябва да бъдат опаковани в торби и заровени в сух лед.

РНК стабилни епруветки: РНК пробите могат да бъдат изсушени в РНК стабилизираща епруветка (напр. RNAstable®) и изпратени при стайна температура.

Работен поток на услугата

Нуклеотиди:

Доставка на мостри

Изграждане на библиотека

Секвениране

Анализ на данни

Следпродажбени услуги

Работен поток на услугата

Тъкан:

Дизайн на експеримента

Доставка на мостри

Екстракция на РНК

Изграждане на библиотека

Секвениране

Анализ на данни

Следпродажбени услуги

Предишен: Секвениране на иРНК в пълна дължина -PacBio

Следващия: 10x пространствен транскриптом на Genomics Visium

1.Анализ на диференциален израз - Графика на вулкан

Анализът на диференциалната експресия може да се обработва както на ниво ген, за да се идентифицират диференциално експресирани гени (DEGs), така и на ниво изоформа, за да се идентифицира диференциално

3(1)

експресирани транскрипти (DETs)

2.Топлинна карта на йерархично клъстериране

3. Алтернативна идентификация и класификация на сплайсинг

Пет вида алтернативни сплайсинг събития могат да бъдат предвидени от Astalavista.

4.Алтернативно идентифициране на събития на поли-аденилиране (APA) и мотив при 50 bp преди поли-A

Калъф BMK

Алтернативна идентификация на сплайсинг и количествено определяне на ниво изоформа чрез секвениране на транскриптоми с пълна дължина на нанопори

Публикувано:Nature Communications, 2020

Стратегия за последователност:

Групиране: 1. CLL-SF3B1(WT);2. CLL-SF3B1(K700E мутация);3. Нормални В-клетки

Стратегия за секвениране: MinION 2D библиотечно секвениране, PromethION 1D библиотечно секвениране;данни за кратко четене от същите проби

Платформа за секвениране: Nanopore MinION;Nanopore PromethION;

Ключови резултати

1. Алтернативна идентификация на сплайсинг на ниво изоформа

Последователностите за дълго четене позволяват идентифицирането на мутантния SF3B1^K700E-променени места на снаждане на ниво изоформа.Установено е, че 35 алтернативни 3'SSs и 10 алтернативни 5'SSs са значително различно свързани между SF3B1^K700Eи SF3B1^WT.33 от 35-те промени са били новооткрити чрез дълго четени последователности.

2. Количествено определяне на алтернативно снаждане на ниво изоформа

Експресия на изоформи за задържане на интрон (IR) в SF3B1^K700Eи SF3B1^WTбяха количествено определени въз основа на последователности на нанопори, разкриващи глобална низходяща регулация на IR изоформите в SF3B1^K700E.

справка

Tang AD, Soulette CM, Baren MJV и др.Характеризиране на препис с пълна дължина на SF3B1 мутация при хронична лимфоцитна левкемия разкрива понижаване на регулацията на задържаните интрони [J].Nature Communications.