Анализ на асоциациите в целия геном
Работен процес
Предимства на услугата
●Обширна експертиза и публикацииС натрупан опит в GWAS, BMKGene е завършил стотици видове проекти в популационни GWAS изследвания, помогнал е на изследователите да публикуват повече от 100 статии, а кумулативният импакт фактор достигна 500.
● Цялостен биоинформатичен анализРаботният процес включва анализ на асоциацията на SNP-ознаки, предоставяйки набор от кандидат-гени и съответстващата им функционална анотация.
●Висококвалифициран екип по биоинформатика и кратък цикъл на анализС богат опит в напредналия геномен анализ, екипът на BMKGene предоставя цялостни анализи с кратко време за изпълнение.
●Следпродажбена поддръжка:Нашият ангажимент се простира и след завършването на проекта с 3-месечен период на следпродажбено обслужване. През това време предлагаме проследяване на проекта, помощ при отстраняване на неизправности и сесии с въпроси и отговори, за да отговорим на всякакви въпроси, свързани с резултатите.
Спецификации и изисквания за услугите
| Вид секвениране | Препоръчителен мащаб на популацията | Стратегия за секвениране | Изисквания за нуклеотиди |
| Секвениране на целия геном | 200 проби | 10 пъти | Концентрация: ≥ 1 ng/µL Общо количество ≥ 30 нг Ограничено или никакво разграждане или замърсяване |
| Специфично-локусен амплифициран фрагмент (SLAF) | Дълбочина на етикета: 10x Брой етикети: < 400 Mb: Препоръчва се WGS < 1Gb: 100K тагове 1 Гб > 2Gb: 300K тагове Максимум 500 хиляди тагове | Концентрация ≥ 5 ng/µL Общо количество ≥ 80 нг Нанокапка OD260/280=1.6-2.5 Агарозен гел: без или ограничено разграждане или замърсяване
|
Избор на материал
Различни сортове, подвидове, местни сортове/генни банки/смесени семейства/диви ресурси
Различни сортове, подвидове, местни сортове
Семейство полубрат/семейство пълнобрат/диви ресурси
Работен поток на услугата
Дизайн на експеримента
Доставка на мостри
Екстракция на РНК
Строителство на библиотека
Секвениране
Анализ на данни
Следпродажбено обслужване
Включва следния анализ:
- Анализ на асоциациите в целия геном: LM, LMM, EMMAX, FASTLMM модел
- Функционална анотация на кандидат-гени
Анализ на асоциацията на SNP-черта – Манхатънска диаграма
Анализ на асоциацията SNP-черта – QQ график
Разгледайте напредъка, улеснен от услугите на BMKGene за де Глобални и глобални асоциации (de GWAS), чрез подбрана колекция от публикации:
Lv, L. et al. (2023) „Проучване на генетичната основа на амонячната толерантност при мидата бръснач Sinonovacula constricta чрез проучване на асоциациите в целия геном“,Аквакултура, 569, стр. 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Li, X. et al. (2022) „Мулти-омик анализи на 398 образци от просо от лисича опашка разкриват геномни региони, свързани с опитомяването, метаболитните характеристики и противовъзпалителните ефекти“,Молекулярно растение, 15 (8), стр. 1367–1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. et al. (2022) „Картиране на асоциации в целия геном на фенотипове на Hulless Barely в суша“,Граници в растениевъдството, 13, стр. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Zhao, X. et al. (2021) „GmST1, който кодира сулфотрансфераза, придава резистентност към щамове G2 и G3 на соевия мозаичен вирус“,Растения, клетки и околна среда, 44 (8), стр. 2777–2792. doi: 10.1111/PCE.14066.
