Вход в BMKCloud

Продукти

Взаимодействие на хроматин, базирано на Hi-C

Hi-C е метод, предназначен за улавяне на геномна конфигурация чрез комбиниране на сондиране на взаимодействия, базирани на близост, и високопроизводително секвениране. Методът се основава на омрежване на хроматин с формалдехид, последвано от смилане и повторно лигиране по начин, при който само фрагменти, които са ковалентно свързани, ще образуват продукти на лигиране. Чрез секвениране на тези продукти на лигиране е възможно да се изследва 3D организацията на генома. Hi-C позволява изучаване на разпределението на частите от генома, които са леко опаковани (А компартменти, еухроматин) и е по-вероятно да бъдат транскрипционно активни, и регионите, които са по-плътно опаковани (В компартменти, хетерохроматин). Hi-C може да се използва и за точно определяне на топологично асоциирани домейни (TAD), региони на генома, които имат сгънати структури и е вероятно да имат подобни модели на експресия, както и за идентифициране на хроматинови бримки, ДНК региони, които са закотвени заедно от протеини и които често са обогатени с регулаторни елементи. Услугата за секвениране Hi-C на BMKGene дава възможност на изследователите да изследват пространствените измерения на геномиката, отваряйки нови пътища за разбиране на регулацията на генома и нейните последици за здравето и болестите.

Свържете се с нас

Детайли за услугата

Биоинформатика

Резултати от демото

Препоръчани публикации

Характеристики на услугата

● Секвениране на Illumina NovaSeq с PE150.

● Услугата изисква тъканни проби, вместо извлечени нуклеинови киселини, да се омрежят с формалдехид и да се запазят взаимодействията ДНК-протеин.

● Експериментът Hi-C включва рестрикция и поправка на лепкавите краища с биотин, последвано от циркуляризация на получените тъпи краища, като същевременно се запазват взаимодействията. След това ДНК се извлича със стрептавидинови перли и се пречиства за последваща подготовка на библиотека.

Предимства на услугата

●Оптимален дизайн на рестрикционни ензими: да се осигури висока Hi-C ефективност върху различни видове с до 93% валидни двойки взаимодействия.

●Обширни експертни познания и публикации:BMKGene има богат опит с >2000 проекта за Hi-C секвениране от 800 различни вида и различни патенти. Над 100 публикувани случая с кумулативен импакт фактор над 900.

●Висококвалифициран екип по биоинформатика:с вътрешни патенти и софтуерни авторски права за Hi-C експерименти и анализ на данни, както и самостоятелно разработен софтуер за визуализация на данни.

●Следпродажбена поддръжка:Нашият ангажимент се простира и след завършването на проекта с 3-месечен период на следпродажбено обслужване. През това време предлагаме проследяване на проекта, помощ при отстраняване на неизправности и сесии с въпроси и отговори, за да отговорим на всякакви въпроси, свързани с резултатите.

●Изчерпателна анотацияИзползваме множество бази данни, за да анотираме функционално гените с идентифицираните вариации и да извършим съответния анализ на обогатяването, предоставяйки информация за множество изследователски проекти.

Спецификации на услугата

Библиотека

Стратегия за секвениране

Препоръчителен изход на данни

Разделителна способност на сигнала Hi-C

Hi-C библиотека

Илумина PE150

Хроматинова бримка: 150x

TAD: 50x

Хроматинова бримка: 10Kb

TAD: 40Kb

Изисквания за обслужване

Тип на пробата	Необходимо количество
Животинска тъкан	≥2 г
Цяла кръв	≥2 мл
Гъби	≥1 г
Растителна - млада тъкан	1 г/аликвота, препоръчват се 2-4 аликвоти
Култивирани клетки	≥1x10⁷

Предишно: Комплект за растителна ДНК TGuide Smart Magnetic

Следващо: DNBSEQ предварително създадени библиотеки

Включва следния анализ:

● Контрол на качеството на суровите данни;

● Картографиране и контрол на качеството от Hi-C библиотека: валидни двойки взаимодействия и показатели на затихване на взаимодействията (IDE);

● Профилиране на взаимодействията в целия геном: cis/trans анализ и Hi-C карта на взаимодействията;

● Анализ на разпределението на A/B компартментите;

● Идентифициране на TAD и хроматинови бримки;

● Диференциален анализ на 3D хроматинови структурни елементи между проби и съответна функционална анотация на свързани гени.

Цис и транс пропорционално разпределение

Топлинна карта на хромозомните взаимодействия между пробите

Разпределение на A/B компартментите в целия геном

Разпределение на хроматиновите бримки в целия геном

Визуализация на TAD

Разгледайте напредъка в научните изследвания, улеснен от услугите за секвениране Hi-C на BMKGene, чрез подбрана колекция от публикации.

Meng, T. et al. (2021) „Сравнителен интегриран мулти-омичен анализ идентифицира CA2 като нова цел за хордома“,Невроонкология, 23 (10), стр. 1709–1722. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.

Xu, L. et al. (2021) „3D дезорганизацията и пренареждането на генома предоставят информация за патогенезата на NAFLD чрез интегрирано Hi-C, Nanopore и RNA секвениране“,Acta Pharmaceutica Sinica B, 11 (10), стр. 3150–3164. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.