Сглобяване на геном, базирано на Hi-C
Hi-C е метод, предназначен за улавяне на хромозомната конфигурация чрез комбиниране на сондиране на взаимодействия, базирани на близост, и високопроизводително секвениране. Смята се, че интензивността на тези взаимодействия е отрицателно корелирана с физическото разстояние между хромозомите. Следователно, Hi-C данните се използват за насочване на клъстерирането, подреждането и ориентирането на сглобени последователности в проект на геном и закотвянето им върху определен брой хромозоми. Тази технология дава възможност за сглобяване на геном на хромозомно ниво при липса на генетична карта, базирана на популацията. Всеки отделен геном се нуждае от Hi-C.
Характеристики на услугата
● Секвениране на Illumina NovaSeq с PE150.
● Услугата изисква тъканни проби, вместо извлечени нуклеинови киселини, да се омрежят с формалдехид и да се запазят взаимодействията ДНК-протеин.
● Експериментът Hi-C включва рестрикция и поправка на лепкавите краища с биотин, последвано от циркуляризация на получените тъпи краища, като същевременно се запазват взаимодействията. След това ДНК се извлича със стрептавидинови перли и се пречиства за последваща подготовка на библиотека.
Предимства на услугата
Преглед на Hi-C
(Либерман-Айдън Е. и др.,Наука, 2009 г.)
●Премахване на нуждата от генетични данни за популацията:Hi-C замества основната информация, необходима за контиг закотвяне.
●Висока плътност на маркерите:което води до висок коефициент на закотвяне на контиги над 90%.
●Обширна експертиза и публикации:BMKGene има богат опит с повече от 2000 случая на сглобяване на Hi-C геноми от 1000 различни вида и различни патенти. Над 200 публикувани случая имат кумулативен импакт фактор над 2000.
●Висококвалифициран екип по биоинформатика:С вътрешни патенти и софтуерни авторски права за Hi-C експерименти и анализ на данни, самостоятелно разработеният софтуер за визуализация на данни позволява ръчно преместване на блокове, обръщане, отмяна и повторно действие.
●Следпродажбена поддръжка:Нашият ангажимент се простира и след завършването на проекта с 3-месечен период на следпродажбено обслужване. През това време предлагаме проследяване на проекта, помощ при отстраняване на неизправности и сесии с въпроси и отговори, за да отговорим на всякакви въпроси, свързани с резултатите.
●Изчерпателна анотацияИзползваме множество бази данни, за да анотираме функционално гените с идентифицираните вариации и да извършим съответния анализ на обогатяването, предоставяйки информация за множество изследователски проекти.
Спецификации на услугата
| Подготовка на библиотеката | Стратегия за секвениране | Препоръчителен изход на данни | Контрол на качеството |
| Hi-C библиотека | Illumina NovaSeq PE150 | 100 пъти | Q30 ≥ 85% |
Примерни изисквания
| Тъкан | Необходимо количество |
| Животински вътрешности | ≥ 2 г |
| Животински мускул | |
| Кръв на бозайници | ≥ 2 мл |
| Кръв от домашни птици/риби | |
| Растение - пресни листа | ≥ 3 г |
| Култивирани клетки | ≥ 1x107 |
| Насекомо | ≥ 2 г |
Работен поток на услугата
Дизайн на експеримента
Доставка на мостри
Строителство на библиотека
Секвениране
Анализ на данни
Следпродажбено обслужване
1) Контрол на качеството на суровите данни
2) QC на Hi-C библиотека: оценка на валидни Hi-C взаимодействия
3) Hi-C асемблиране: групиране на контиги в групи, последвано от подреждане на контиги във всяка група и задаване на ориентация на контигите
4) Оценка на Hi-C
Hi-C библиотека QC – оценка на валидни Hi-C двойки взаимодействия
Hi-C Assembly – статистика
Оценка след сглобяване – топлинна карта на интензитета на сигнала между интервалите
Разгледайте напредъка, осигурен от услугите за сглобяване Hi-C на BMKGene, чрез подбрана колекция от публикации.
Tian, T. et al. (2023) „Сглобяване на геном и генетична дисекция на видна сухоустойчива зародишна плазма от царевица“, Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), стр. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Уанг, ЗЛ и др. (2020) „Сглобяване на генома на азиатската медоносна пчела Apis cerana в хромозомен мащаб“, Frontiers in Genetics, 11, стр. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. et al. (2023) „Разкриване на еволюцията на биосинтеза на тропановия алкалоид чрез анализ на два генома от семейство Solanaceae“, Nature Communications 2023 14:1, 14(1), стр. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) „Геномите на баняновото дърво и опрашителната оса предоставят информация за коеволюцията на смокините и осите“, Cell, 183(4), стр. 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
