BMKCloud Log in
条形банер-03

Продукти

Hi-C базирано сглобяване на генома

Hi-C е метод, предназначен за улавяне на хромозомна конфигурация чрез комбиниране на сондиране на базирани на близост взаимодействия и високопроизводително секвениране.Смята се, че интензивността на тези взаимодействия е отрицателно свързана с физическото разстояние на хромозомите.Следователно, Hi-C данните биха могли да ръководят групирането, подреждането и ориентирането на сглобени последователности в проект на геном и закрепването им върху определен брой хромозоми.Тази технология дава възможност за сглобяване на геном на ниво хромозома при липса на генетична карта, базирана на населението.Всеки един геном се нуждае от Hi-C.

Платформа: Платформа Illumina NovaSeq / DNBSEQ


Подробности за услугата

Демо резултати

Казус

Предимства на услугата

1 Принцип на Hi-C-последователност

Преглед на Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Наука, 2009)

● Няма нужда от конструиране на генетична популация за закрепване на контиг;
● По-висока плътност на маркера, водеща до по-висок коефициент на закотвяне на контиги над 90%;
● Позволява оценка и корекции на съществуващи геномни сборки;
● По-кратко време за изпълнение с по-висока точност при сглобяването на генома;
● Богат опит с над 1000 Hi-C библиотеки, конструирани за над 500 вида;
● Над 100 успешни случая с общ публикуван импакт фактор над 760;
● Геномно сглобяване на базата на Hi-C за полиплоиден геном, 100% степен на закотвяне беше постигната в предишния проект;
● Вътрешни патенти и авторски права върху софтуер за Hi-C експерименти и анализ на данни;
● Саморазработен визуализиран софтуер за настройка на данни, който позволява ръчно преместване на блокове, обръщане, отмяна и повторно изпълнение.

Сервизни спецификации

 

Тип библиотека

 

 

Платформа


Прочетете дължина
Препоръчайте стратегия
Здравей-C
Illumina NovaSeq
PE150
≥ 100X

Биоинформатични анализи

● Контрол на качеството на необработените данни

● Контрол на качеството на библиотеката Hi-C

● Сглобяване на геном на базата на Hi-C

● Оценка след монтажа

Работен процес на HiC

Примерни изисквания и доставка

Примерни изисквания:

Животно
гъбички
растения

 

Замразена тъкан: 1-2g на библиотека
Клетки: 1x 10^7 клетки на библиотека
Замразена тъкан: 1 g на библиотека
Замразена тъкан: 1-2g на библиотека

 

 
*Силно препоръчваме да изпратите поне 2 аликвотни части (1 g всяка) за Hi-C експеримента.

Препоръчителна доставка на мостри

Контейнер: центрофужна епруветка от 2 ml (не се препоръчва калаено фолио)
За повечето проби препоръчваме да не се съхраняват в етанол.
Етикетиране на проби: Пробите трябва да бъдат ясно етикетирани и идентични с представения формуляр с информация за пробата.
Пратка: Сух лед: Пробите трябва първо да бъдат опаковани в торби и заровени в сух лед.

Работен поток на услугата

Примерен QC

Дизайн на експеримента

доставка на проби

Доставка на мостри

Пилотен експеримент

Екстракция на ДНК

Подготовка на библиотеката

Изграждане на библиотека

Секвениране

Секвениране

Анализ на данни

Анализ на данни

Следпродажбени услуги

Следпродажбени услуги


  • Предишен:
  • Следващия:

  • *Показаните тук демонстрационни резултати са от геноми, публикувани с Biomarker Technologies

    1.Hi-C взаимодействие топлинна карта наCamptotheca acuminataгеном.Както е показано на картата, интензивността на взаимодействията е отрицателно свързана с линейното разстояние, което показва високо прецизно сглобяване на ниво хромозома.(Коефициент на закотвяне: 96,03%)

    3Hi-C-interaction-heatmap-showing-contigs-anchoring-in-genome-assembly

    Kang M и др.,Nature Communications, 2021 г

     

    2.Hi-C улесни валидирането на инверсии междуGossypium hirsutumL. TM-1 A06 иЖ. дендрариумChr06

    4Hi-C-heatmap-улеснява-разкриването-на-инверсии-между-геноми

    Yang Z и др.,Nature Communications, 2019

     

     

    3. Сглобяване и двуалелна диференциация на генома на маниока SC205.Hi-C топлинна карта показва ясно разделяне на хомоложни хромозоми.

    5Hi-C-топлинна карта-показваща-хомоложни-хромозоми

    Hu W и др.,Молекулярно растение, 2021 г

     

     

    4.Hi-C топлинна карта на генома на два вида Ficus:F.microcarpa(коефициент на закотвяне: 99,3%) иF.hispida (коефициент на закотвяне: 99,7%)
    6Hi-C-heatmap-showing-contig-anchoring-of-Ficus-genomes

    Zhang X и др.,клетка, 2020 г

     

     

    Калъф BMK

    Геномите на Banyan Tree и опрашителната оса дават представа за коеволюцията на смокинята и осата

    Публикувано: клетка, 2020 г

    Стратегия за последователност:

    F. microcarpa геном: Прибл.84 X PacBio RSII (36,87 Gb) + Hi-C (44 Gb)

    F. hispidaгеном: Прибл.97 X PacBio RSII (36.12 Gb) + Hi-C (60 Gb)

    Eupristina verticillataгеном: Прибл.170 X PacBio RSII (65 Gb)

    Ключови резултати

    1. Два генома на бананово дърво и един геном на опрашваща оса бяха конструирани с помощта на PacBio секвениране, Hi-C и карта на свързване.
    (1)F. microcarpaгеном: Установен е сбор от 426 Mb (97,7% от изчисления размер на генома) с контиг N50 от 908 Kb, BUSCO резултат от 95,6%.Общо 423 Mb последователности бяха закотвени към 13 хромозоми от Hi-C.Анотацията на генома даде 29 416 гени, кодиращи протеини.
    (2)F. Hispidaгеном: Сглобка от 360 Mb (97,3% от изчисления размер на генома) е добив с контиг N50 от 492 Kb и BUSCO резултат от 97,4%.Общо 359 Mb последователности бяха закотвени върху 14 хромозоми чрез Hi-C и силно идентични с картата на свързване с висока плътност.
    (3)Eupristina verticillataгеном: Установен е сбор от 387 Mb (Очакван размер на генома: 382 Mb) с контиг N50 от 3,1 Mb и BUSCO резултат от 97,7%.

    2. Сравнителният геномен анализ разкрива голям брой структурни вариации между двеФикусгеноми, които предоставиха безценен генетичен ресурс за адаптивни еволюционни изследвания.Това проучване за първи път даде представа за коеволюцията на смокиня и оса на геномно ниво.

    PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

    Диаграма на Circos за геномни характеристики на двеФикусгеноми, включително хромозоми, сегментни дупликации (SDs), транспозони (LTR, TEs, ДНК TEs), генна експресия и синтения

    PB-пълна дължина-РНК-алтернативен-сплайсинг

    Идентифициране на Y хромозомата и кандидат гена за определяне на пола

     
    справка

    Zhang, X., et al.„Геномите на Banyan Tree и осата опрашител дават представа за коеволюцията на смокиня и оса.“Клетка 183.4 (2020).

    получите оферта

    Напишете вашето съобщение тук и ни го изпратете

    Изпратете вашето съобщение до нас: