● Предлагат се два екзомни панела, базирани на обогатяване на целта със сонди: Sure Select Human All Exon v6 (Agilent) и xGen Exome Hybridization Panel v2 (IDT).
● Секвениране на Illumina NovaSeq.
● Биоинформационен тръбопровод, насочен към анализ на заболявания или анализ на тумори.
●Насочва се към протеин-кодиращ регионЧрез улавяне и секвениране на протеинокодиращи региони, hWES се използва за разкриване на варианти, свързани с протеиновата структура.
●Рентабилно:hWES дава приблизително 85% от мутациите, свързани с човешки заболявания, от 1% от човешкия геном.
●Висока точностС висока дълбочина на секвениране, hWES улеснява откриването както на често срещани варианти, така и на редки варианти с честоти по-ниски от 1%.
●Строг контрол на качествотоНие внедряваме пет основни контролни точки на всички етапи, от подготовката на пробите и библиотеките до секвенирането и биоинформатиката. Този щателен мониторинг гарантира получаването на постоянно висококачествени резултати.
●Цялостен биоинформатичен анализНашият процес на разработване надхвърля идентифицирането на вариации в референтния геном, тъй като включва усъвършенстван анализ, предназначен специално за решаване на изследователски въпроси, свързани с генетични аспекти на заболявания или туморен анализ.
●Следпродажбена поддръжка:Нашият ангажимент се простира и след завършването на проекта с 3-месечен период на следпродажбено обслужване. През това време предлагаме проследяване на проекта, помощ при отстраняване на неизправности и сесии с въпроси и отговори, за да отговорим на всякакви въпроси, свързани с резултатите.
| Стратегия за улавяне на екзони | Стратегия за секвениране | Препоръчителен изход на данни |
| Sure Select Human All Exon v6 (Agilent) или xGen Exome Hybridization Panel v2 (IDT)
| Illumina NovaSeq PE150 | 5 -10 Гб За менделови разстройства/редки заболявания: > 50x За туморни проби: ≥ 100x |
| Тип на пробата
| Сума(Кюбит®)
| Концентрация | Обем
| Чистота (NanoDrop™) |
|
Геномна ДНК
| ≥ 50 нг | ≥ 6 ng/μL | ≥ 15 μL | OD260/280=1.8-2.0 без разграждане, без замърсяване
|
Биоинформатичният анализ на проби от hWES-заболяване включва:
● Контрол на качеството на данните от секвенирането
● Подравняване на референтния геном
● Идентифициране на SNP и InDels
● Функционална анотация на SNP и InDels
Биоинформатичният анализ на туморни проби включва:
● Контрол на качеството на данните от секвенирането
● Подравняване на референтния геном
● Идентифициране на SNP, InDels и соматични вариации
● Идентифициране на варианти на зародишна линия
● Анализ на мутационни сигнатури
● Идентифициране на гени, отговорни за задвижването, въз основа на мутации с усилване на функцията
● Анотация на мутации на ниво лекарствена чувствителност
● Анализ на хетерогенност – изчисляване на чистота и плоидност
Контрол на качеството на данните – Статистика на улавянето на екзоми
Идентификация на варианти – InDels
Разширен анализ: идентифициране и разпространение на вредни SNP/InDels – Circos график
Анализ на тумора: идентифициране и разпределение на соматични мутации – Circos plot
Туморен анализ: клонални линии