● Предлагат се два екзомни панела, базирани на обогатяване на целта със сонди: SureSelect Human All Exon v6 (Agilent) и xGen Exome Hybridization Panel v2 (IDT).
- Въз основа на SureSelect Human All Exon V6 Panel, UTR регионите и mtDNA с пълна дължина са допълнени към целевия диапазон на улавяне.
- UMI-съвместимото изграждане на библиотеки е достъпно с панела SureSelect Human All Exon V6.
● Секвениране на Illumina NovaSeq.
● Биоинформационен тръбопровод, насочен към анализ на заболявания или анализ на тумори.
●Насочва се към протеин-кодиращ регионЧрез улавяне и секвениране на протеинокодиращи региони, hWES се използва за разкриване на варианти, свързани с протеиновата структура.
●Рентабилно:hWES дава приблизително 85% от мутациите, свързани с човешки заболявания, от 1% от човешкия геном.
●Висока точностС висока дълбочина на секвениране, hWES улеснява откриването както на често срещани варианти, така и на редки варианти с честоти по-ниски от 1%.
●Строг контрол на качествотоНие внедряваме пет основни контролни точки на всички етапи, от подготовката на пробите и библиотеките до секвенирането и биоинформатиката. Този щателен мониторинг гарантира получаването на постоянно висококачествени резултати.
●Цялостен биоинформатичен анализНашият процес на разработване надхвърля идентифицирането на вариации в референтния геном, тъй като включва усъвършенстван анализ, предназначен специално за решаване на изследователски въпроси, свързани с генетични аспекти на заболявания или туморен анализ.
●Следпродажбена поддръжка:Нашият ангажимент се простира и след завършването на проекта с 3-месечен период на следпродажбено обслужване. През това време предлагаме проследяване на проекта, помощ при отстраняване на неизправности и сесии с въпроси и отговори, за да отговорим на всякакви въпроси, свързани с резултатите.
| Стратегия за улавяне на екзони | Стратегия за секвениране | Препоръчителен изход на данни |
| Agilent SureSelectXT Човешка ДНК с всички екзони V6 + UTR + мтДНК Agilent SureSelectXT човешка ДНК с всички екзони V6 + UTR + мтДНК (с UMI) IDT xGen Exome Hyb Panel V2 | Illumina NovaSeq PE150 | 5 -10 Гб За менделови разстройства/редки заболявания: > 50x За туморни проби: ≥ 100x |
| Тип на пробата | Сума(Кюбит®) | Концентрация | Обем | Агарозен гел |
| WES-FF | ≥ 150 нг | ≥ 15 ng/µL |
≥ 15 µL | Няма или е ограничено замърсяване и разграждане (основната лента е прозрачна). FFPE ДНК: Ако основната лента е неясна, е необходима отчетлива намазка над 2 kb. |
| WES-FFPE | ≥ 200 нг | ≥ 15 ng/µL |
Биоинформатичният анализ на проби от hWES-заболяване включва:
● Контрол на качеството на данните от секвенирането
● Подравняване на референтния геном
● Идентифициране на SNP и InDels
● Функционална анотация на SNP и InDels
Биоинформатичният анализ на туморни проби включва:
● Контрол на качеството на данните от секвенирането
● Подравняване на референтния геном
● Идентифициране на SNP, InDels и соматични вариации
● Идентифициране на варианти на зародишна линия
● Анализ на мутационни сигнатури
● Идентифициране на гени, отговорни за задвижването, въз основа на мутации с усилване на функцията
● Анотация на мутации на ниво лекарствена чувствителност
● Анализ на хетерогенност – изчисляване на чистота и плоидност
Контрол на качеството на данните – Статистика на улавянето на екзоми
Идентификация на варианти – InDels
Разширен анализ: идентифициране и разпространение на вредни SNP/InDels – Circos график
Анализ на тумора: идентифициране и разпределение на соматични мутации – Circos plot
Туморен анализ: клонални линии