Дълго некодиращо секвениране - Illumina
Предимства на услугата
●Съвместен анализ на иРНК и дълга некротизираща РНК (lncRNA)Чрез комбиниране на количественото определяне на мРНК транскрипти с изучаването на lncRNA и техните мишени е възможно да се получи задълбочен преглед на регулаторния механизъм, който е в основата на клетъчния отговор.
●Обширна експертизаОбработили сме над 230 000 проби, обхващащи разнообразни цели на проби и проекти. Ние влагаме богатия си опит във всеки проект.
●Съвместен анализ на иРНК и дълга некротизираща РНК (lncRNA)Ние комбинираме количественото определяне на mRNA транскрипти с изучаването на lncRNA и техните мишени, което прави възможно получаването на задълбочен преглед на регулаторния механизъм, който е в основата на клетъчния отговор.
●Строг контрол на качествотоНие внедряваме основни контролни точки на всички етапи, от подготовката на пробите до подготовката на библиотеките, секвенирането и биоинформатиката. Нашият щателен мониторинг гарантира получаването на постоянно висококачествени резултати.
●Изчерпателна анотацияИзползваме множество бази данни, за да анотираме функционално диференциално експресираните гени (DEG) и да извършваме съответните анализи за обогатяване. Този всеобхватен подход предоставя информация за клетъчните и молекулярните процеси, лежащи в основата на транскриптомния отговор, като гарантира, че ще получите цялата възможна информация за данните от вашия експеримент.
●Следпродажбена поддръжкаРазбираме колко е важно да присъствате, затова нашият ангажимент се простира и отвъд завършването на проекта с 3-месечен период на следпродажбено обслужване. През това време предлагаме проследяване на проекта, помощ при отстраняване на неизправности и сесии с въпроси и отговори, за да отговорим на всякакви въпроси, свързани с резултатите.
Изисквания за проба и доставка
| Библиотека | Платформа | Препоръчителни данни | Контрол на качеството на данните |
| rRNA изчерпана насочена библиотека | Илумина PE150 | 10-16 Гб | Q30≥85% |
Нуклеотиди:
| Конц. (нг/μl) | Количество (μg) | Чистота | Почтеност |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Ограничено или никакво замърсяване с протеини или ДНК, наблюдавано върху гела. | RIN≥6.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; ограничена или никаква елевация на базовата линия |
● Растения:
Корен, стъбло или венчелистче: 450 мг
Листа или семена: 300 мг
Плодове: 1,2 г
● Животно:
Сърце или черва: 450 мг
Вътрешни органи или мозък: 240 мг
Мускули: 600 мг
Кости, коса или кожа: 1,5 г
● Членестоноги:
Насекоми: 9 г
Ракообразни: 450 мг
● Пълна кръв:2 тръби
● Клетки: 106 клетки
● Серум и плазма6 мл
Препоръчителна доставка на проби
Контейнер: 2 ml центрофужна епруветка (не се препоръчва калаено фолио)
Примерно етикетиране: Групиране + повторение, например A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Пратка:
1. Сух лед: Пробите трябва да бъдат опаковани в торби и заровени в сух лед.
2. RNAstable епруветки: РНК пробите могат да бъдат изсушени в RNA стабилизираща епруветка (напр. RNAstable®) и транспортирани при стайна температура.
Работен поток на услугата
Дизайн на експеримента
Доставка на мостри
Екстракция на РНК
Строителство на библиотека
Секвениране
Анализ на данни
Следпродажбено обслужване
Биоинформатика
- Сурови данни
- Контрол на качеството на данните
- Подравняване на генома
- Генна структура (алтернативно снаждане, оптимизация на генната структура и предсказване на нови гени)
- Количествено определяне на генната експресия
- Диференциален експресионен анализ
- DEG анотация и обогатяване + Диференциално експресирани lncRNA целеви гени
- Идентификация на преписа
- Идентификация на lncRNA (консервация на lncRNA и известна lncRNA)
- Предсказване на целеви гени на lncRNA
- Количествено определяне на експресията на lncRNA
- Съвместен анализ с mRNA данни
Анализ на диференциалната генна експресия (DEG)
Количествено определяне на експресията на lncRNA – клъстеризация
Обогатяване на целеви гени на lncRNA
Анализ на позицията на съвместни mRNA и lncRNA – Circos графика (средният кръг е mRNA, а вътрешният кръг е lncRNA)
Разгледайте напредъка, улеснен от услугите за секвениране на lncRNA на BMKGene, чрез подбрана колекция от публикации.
Ji, H. et al. (2020) „Идентификация, функционално прогнозиране и ключова проверка на lncRNA на lncRNA, свързани със студов стрес, в черен дроб на плъхове“,Научни доклади2020 10:1, 10(1), стр. 1–14. doi: 10.1038/s41598-020-57451-7.
Jia, Z. et al. (2021) „Интегративен транскриптомен анализ разкрива имунния механизъм за щам на обикновен шаран, резистентен на CyHV-3“,Граници в имунологията, 12, стр. 687151. doi: 10.3389/FIMMU.2021.687151/BIBTEX.
Wang, XJ et al. (2022) „Приоритизиране на конкуриращи се ендогенни РНК регулаторни мрежи при дребноклетъчен рак на белия дроб, базирано на мулти-омикс интеграция: Молекулярни характеристики и кандидати за лекарства“,Граници в онкологията, 12, стр. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xiao, L. et al. (2020) „Генетична дисекция на мрежата за генна коекспресия, която е в основата на фотосинтезата при Populus“,Списание за растителна биотехнология, 18(4), стр. 1015–1026. doi: 10.1111/PBI.13270.
Женг, Х. и др. (2022) „Глобална регулаторна мрежа за нарушена генна експресия и анормална метаболитна сигнализация в имунните клетки в микросредата на болестта на Грейвс и тиреоидита на Хашимото“,Граници в имунологията, 13, стр. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
