Дълго некодиращо секвениране-Illumina
Предимства на услугата
● Предимства на услугата
● Клетъчно и тъканно специфични
● Конкретен етап изразява и представя динамична промяна на израза
● Прецизни модели на изразяване на времето и пространството
● Съвместен анализ с иРНК данни.
● Предоставяне на резултати, базирано на BMKCloud: Персонализирано извличане на данни, достъпно на платформата.
● Следпродажбено обслужване, валидно за 3 месеца след завършване на проекта
Примерни изисквания и доставка
| Библиотека | Платформа | Препоръчителни данни | Данни QC |
| рРНК изчерпване | Ilumina PE150 | 10 Gb | Q30≥85% |
| Конц. (ng/μl) | Количество (μg) | Чистота | Интегритет |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Ограничено или никакво протеиново или ДНК замърсяване, показано на гела. | За растения: RIN≥6.5; За животни: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; ограничено или никакво повишение на базовата линия |
Нуклеотиди:
Кърпа: Тегло (суха): ≥1 g
*За тъкани, по-малки от 5 mg, препоръчваме да изпратите бързо замразена (в течен азот) тъканна проба.
Клетъчна суспензия: Брой клетки = 3×107
*Препоръчваме да изпратите замразен клетъчен лизат.В случай, че тази клетка е по-малка от 5×105, препоръчва се бързо замразяване в течен азот.
Кръвни проби:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol и 2mL кръв (TRIzol:Кръв=3:1)
Препоръчителна доставка на мостри
Контейнер: центрофужна епруветка от 2 ml (не се препоръчва калаено фолио)
Примерно етикетиране: Групиране+репликат напр. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Пратка:
1. Сух лед: Пробите трябва да бъдат опаковани в торби и заровени в сух лед.
2. РНК стабилни епруветки: РНК пробите могат да бъдат изсушени в РНК стабилизираща епруветка (напр. RNAstable®) и изпратени при стайна температура.
Работен поток на услугата
Дизайн на експеримента
Доставка на мостри
Екстракция на РНК
Изграждане на библиотека
Секвениране
Анализ на данни
Следпродажбени услуги
Биоинформатика
1.LncRNA класификация
LncRNA, предвидена от четирите софтуера по-горе, беше класифицирана в 4 категории: lincRNA, анти-сенс-LncRNA, intronic-LncRNA;сетивна-LncRNA.Класификацията на LncRNA е показана в хистограмата по-долу.
LncRNA класификация
2. Цис-насочени гени на анализ на обогатяване на DE-lncRNA
ClusterProfiler беше използван в анализ на обогатяване на GO върху цис-насочени гени на диференциално експресирана lncRNA (DE-lncRNA), по отношение на биологични процеси, молекулярни функции и клетъчни компоненти.Анализът на обогатяване на GO е процес за идентифициране на DEG-насочени значително обогатени GO термини в сравнение с целия геном.Обогатените термини бяха представени в хистограма, балонна диаграма и т.н., както е показано по-долу.
Цис-насочени гени на анализ на обогатяване на DE-lncRNA - Балонна диаграма
3. Чрез сравняване на дължината, броя на екзона, ORF и количеството на експресия на mRNA и lncRNA, можем да разберем разликите в структурата, последователността и така нататък между тях и също така да проверим дали новата lncRNA, предвидена от нас, отговаря на общите характеристики.
Калъф BMK
Дерегулиран профил на експресия на lncRNA в миши белодробни аденокарциноми с KRAS-G12D мутация и P53 нокаут
Публикувано:Вестник за клетъчна и молекулярна медицина，2019 г
Стратегия за последователност
Илюмина
Колекция от проби
NONMMUT015812-нокдаун KP (shRNA-2) клетки и отрицателни контролни (sh-Scr) клетки бяха получени на ден 6 от специфична вирусна инфекция.
Ключови резултати
Това проучване изследва анормално експресираните lncRNAs в миши белодробен аденокарцином с P53 нокаут и KrasG12D мутация.
1.6424 lncRNAs са диференциално експресирани (≥ 2-кратна промяна, P <0.05).
2. Измежду всичките 210 lncRNA (FC≥8), експресията на 11 lncRNA се регулира от P53, 33 lncRNA от KRAS и 13 lncRNA от хипоксия в първичните KP клетки, съответно.
3.NONMMUT015812, който беше забележително повишен в миши белодробен аденокарцином и отрицателно регулиран от повторната експресия на P53, беше открит, за да се анализира неговата клетъчна функция.
4. Нокдаунът на NONMMUT015812 от shRNA намалява пролиферацията и миграционните способности на KP клетките.NONMMUT015812 е потенциален онкоген.
 Анализ на KEGG пътя на диференциално експресираните гени в NONMMUT015812-нокдаун KP клетки |  Анализ на генна онтология на диференциално експресираните гени в NONMMUT015812-нокдаун KP клетки |
справка
Дерегулиран профил на експресия на lncRNA в миши белодробни аденокарциноми с KRAS-G12D мутация и P53 нокаут [J].Вестник за клетъчна и молекулярна медицина, 2019, 23 (10).DOI: 10.1111/jcmm.14584
