Метагеномно секвениране -NGS
Метагеномът е съвкупност от целия генетичен материал на смесена общност от организми, като например екологични и човешки метагеноми. Той съдържа геноми както на култивируеми, така и на некултивируеми микроорганизми. Метагеномното секвениране с помощта на „shotgun“ с NGS позволява изучаването на тези сложни геномни пейзажи, вградени в проби от околната среда, като предоставя повече от таксономично профилиране, давайки и подробна информация за видовото разнообразие, динамиката на числеността и сложните популационни структури. Отвъд таксономичните изследвания, метагеномиката с помощта на „shotgun“ предлага и функционална геномна перспектива, позволявайки изследването на кодираните гени и техните предполагаеми роли в екологичните процеси. И накрая, установяването на корелационни мрежи между генетични елементи и фактори на околната среда допринася за цялостно разбиране на сложното взаимодействие между микробните общности и техния екологичен произход. В заключение, метагеномното секвениране е ключов инструмент за разплитане на геномните тънкости на различни микробни общности, осветявайки многостранните взаимоотношения между генетиката и екологията в тези сложни екосистеми.
Платформи: Illumina NovaSeq и DNBSEQ-T7
Предимства на услугата
●Метод без изолация и култивиране за профилиране на микробна общностРазрешаване на секвениране на генетичен материал от некултивируеми организми.
●Висока резолюцияОткриване на видове с ниска численост в проби от околната среда.
●Цялостен биоинформатичен анализ:Фокусиран не само върху таксономичното разнообразие, но и върху функционалното разнообразие на общността.
●Обширен опит:С опит в успешното приключване на множество метагеномни проекти в различни изследователски области и обработка на над 200 000 проби, нашият екип внася богат опит във всеки проект.
Спецификации на услугата
| Платформа за секвениране | Стратегия за секвениране | Препоръчителни данни | Контрол на качеството |
| Illumina NovaSeq или DNBSEQ-T7 | ПЕ150 | 6-20GB | Q30≥85% |
Изисквания за обслужване
| Концентрация (ng/µL) | Общо количество (нг) | Обем (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Почва/утайка: 2-3 г
● Чревно съдържимо - животински: 0,5-2 г
● Чревно съдържимо - насекомо: 0,1-0,25 г
● Повърхност на растението (обогатена утайка): 0,5-1 г
● Утайка, обогатена с ферментационен бульон): 0,2-0,5 г
● Фекалии (големи животни): 0,5-2 г
● Фекалии (мишка): 3-5 зърна
● Течност от белодробен алвеоларно лаваж: филтърна хартия
● Вагинален тампон: 5-6 тампона
● Кожна/генитална тампон/слюнка/меки тъкани от устната кухина/фарингеална тампон/ректална тампон: 2-3 тампона
● Повърхностни микроорганизми: 5-6 тампона
● Воден басейн/въздух/биофилм: филтърна хартия
● Ендофити: 2-3 г
● Зъбна плака: 0,5-1 г
Работен поток на услугата
Доставка на мостри
Строителство на библиотека
Секвениране
Анализ на данни
Следпродажбено обслужване
Включва следния анализ:
● Контрол на качеството на данните от секвенирането
● Сглобяване на метагеном и предсказване на гени
● Анотация на гени
● Таксономичен алфа анализ на разнообразието
● Функционален анализ на общността: биологична функция, метаболизъм, антибиотична резистентност
● Анализ както на функционалното, така и на таксономичното разнообразие:
Анализ на бета разнообразието
Междугрупов анализ
Корелационен анализ: между факторите на околната среда и състава и разнообразието на излезлите от употреба
Функционален анализ: CARD антибиотична резистентност
Диференциален анализ на метаболитните пътища на KEGG: топлинна карта на значими пътища
Алфа разнообразие на таксономичното разпространение: ACE индекс
Бета разнообразие на таксономичното разпределение: PCoA
Разгледайте напредъка, улеснен от услугите за метагеномно секвениране на BMKGene с Illumina, чрез подбрана колекция от публикации.
Hai, Q. et al. (2023) „Метагеномен и метаболомен анализ на промените в чревното съдържимо на дъгова пъстърва (Oncorhynchus mykiss), заразена с вирус на инфекциозна хематопоетична некроза при различни температури на водата за култивиране“,Граници в микробиологията, 14, стр. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) „Микробни съобщества, гени за резистентност и рискове от резистоми в градски езера с различни трофични състояния: Вътрешни връзки и външни влияния“,Списание за напредък в областта на опасните материали, 9, стр. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Су, М. и др. (2022) „Метагеномният анализ разкри разлики в състава и функцията между микроорганизмите в овчия търбух, свързани с течности и твърда материя“,Граници в микробиологията, 13, стр. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) „Микробиота, получена от затлъстели свине от породата Нинсян, пренастройва метаболизма на карнитина, за да насърчи отлагането на мастни киселини в мускулите при слаби свине с DLY“,Иновацията, 4(5), стр. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) „Метагеномни прозрения за потенциалните рискове от представителни био/неразградими пластмасови и непластмасови отпадъци в горното и долното течение на естуара Хайхе, Китай“,Наука за цялостната околна среда, 887, p. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
