Метагеномично секвениране -NGS
Метагеномът е колекция от общия генетичен материал на смесена общност от организми, като метагеноми в околната среда и човека. Той съдържа геноми както на обработваеми, така и на некултурни микроорганизми. Метагеномичното секвениране на пушка с NGS дава възможност за изследване на тези сложни геномни пейзажи, вградени в проби от околната среда, като осигуряват повече от таксономично профилиране, като дават и гранулиран поглед върху разнообразието на видовете, динамиката на изобилието и сложните структури на популацията. Отвъд таксономичните изследвания, Metagenomics на Shotgun предлага и функционална перспектива на геномиката, което позволява изследването на кодирани гени и техните предполагаеми роли в екологичните процеси. И накрая, установяването на корелационни мрежи между генетичните елементи и факторите на околната среда допринася за цялостно разбиране на сложното взаимодействие между микробните общности и техния екологичен произход. В заключение, метагеномичното секвениране стои като основен инструмент за разгадаване на геномните тънкости на различни микробни общности, осветяващи многостранните връзки между генетиката и екологията в тези сложни екосистеми.
Платформи: Illumina Novaseq и DNBSEQ-T7
Предимства на услугата
●Метод за изолация и отглеждане за профилиране на микробната общност: Разрешаване на секвениране на генетичен материал от некултивни организми.
●Висока разделителна способност: Открийте видовете с ниска част в пробите за околната среда.
●Изчерпателен анализ на биоинформатиката:Фокусиран не само върху таксономичното разнообразие, но и върху функционалното разнообразие на общността.
●Обширен опит:С опит за успешно затваряне на множество проекти за метагеномика в различни изследователски области и обработка на над 200 000 проби, нашият екип носи богат опит на всеки проект.
Спецификации на услугата
| Платформа за секвениране | Стратегия за секвениране | Препоръчва се данни | Контрол на качеството |
| Illumina Novaseq или DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20gb | Q30≥85% |
Изисквания за обслужване
| Концентрация (Ng/µl) | Обща сума (NG) | Обем (µl) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Почва/утайка: 2-3g
● Чревно съдържание-ДАНМАЛ: 0,5-2G
● Чревно съдържание-вътрешно: 0,1-0,25g
● Растителна повърхност (обогатена утайка): 0,5-1G
● Ферментационен бульон обогатен утайка): 0,2-0,5g
● Фекали (големи животни): 0,5-2g
● Фекали (мишка): 3-5 Grains
● Белодробна алвеоларна промивна течност: филтърна хартия
● Вагинален тампон: 5-6 тампони
● Кожа/генитален тампон/слюнка/перорална мека тъкан/фарингеален тампон/ректален тампон: 2-3 тампони
● Повърхностно микроорганизъм: 5-6 тампони
● Waterbody/Air/Biofilm: Филтър хартия
● Ендофити: 2-3g
● Стоматологична плака: 0,5-1G
Работен поток на сервиз
Доставка на проба
Библиотечно строителство
Секвениране
Анализ на данните
Услуги след продажба
Включва следния анализ:
● Контрол на качеството на данните
● Монтаж на метагеном и прогнозиране на ген
● Анотация на ген
● Анализ на разнообразието на таксономичното алфа
● Функционален анализ на общността: биологична функция, метаболитна, антибиотична резистентност
● Анализ както на функционалното, така и на таксономичното разнообразие:
Анализ на разнообразието на бета
Междугрупов анализ
Анализ на корелацията: между факторите на околната среда и състава и разнообразието
Функционален анализ: Антибиотична резистентност на картата
Диференциален анализ на метаболитните пътища на KEGG: топлинна карта на значителни пътища
Алфа разнообразие на таксономичното разпределение: АСЕ индекс
Бета разнообразие на таксономичното разпределение: PCOA
Разгледайте напредъка, улеснен от услугите за секвениране на Metagenome на BMKGene с Illumina чрез курирана колекция от публикации.
Hai, Q. et al. (2023) „Метагеномичен и метаболомичен анализ на промените в чревното съдържание на дъговата пъстърва (Oncorhynchus mykiss), заразен с инфекциозен вирус на хематопоетична некроза при различна култура на водата на водата“,Граници в микробиологията, 14, с. 1275649. Doi: 10.3389/fmicb.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023 г.) „Микробни общности, гени за съпротива и рискове за резистентност в градските езера на различни трофични състояния: вътрешни връзки и външни влияния“,Списание за напредък на опасните материали, 9, с. 100233. Doi: 10.1016/j.hazadv.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) „Метагеномичният анализ разкрива разлики в състава и функцията между свързани с течност и свързаните с твърда микроорганизми на овцете“,Граници в микробиологията, 13, с. 851567. Doi: 10.3389/fmicb.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023 г.) „Затлъстели нингсианг прасе, получени от микробиота, пренавиват метаболизма на карнитин за насърчаване на отлагането на мускулни мастни киселини при стройни прасета“,Иновацията, 4 (5), стр. 100486. Doi: 10.1016/j.xinn.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) „Метагеномична информация за потенциалните рискове от представителни био/неразградими пластмасови и непластични отломки в горния и долния път на устието на Хайх, Китай“,Наука за общата среда, 887, с. 164026. Doi: 10.1016/j.scitotenv.2023.164026.
