page_head_bg

Продукти

Метагеномно секвениране -NGS

Метагеномът се отнася до колекция от общ генетичен материал на смесена общност от организми, като метагеном на околната среда, човешки метагеном и т.н. Той съдържа геноми както на култивируеми, така и на некултивируеми микроорганизми.Метагеномното секвениране е молекулярен инструмент, използван за анализ на смесените геномни материали, извлечени от проби от околната среда, който предоставя подробна информация за разнообразието и изобилието на видовете, структурата на популацията, филогенетична връзка, функционални гени и корелационна мрежа с фактори на околната среда.

Платформа:Illumina NovaSeq6000


Подробности за услугата

Демо резултати

Казус

Предимства на услугата

● Без изолиране и култивиране за профилиране на микробна общност

● Висока разделителна способност при откриване на видове с ниско изобилие в проби от околната среда

● Идеята за „мета-“ интегрира всички биологични характеристики на функционално ниво, ниво на видове и генно ниво, което отразява динамичен поглед, който е по-близо до реалността.

● BMK натрупва огромен опит в различни видове проби с над 10 000 обработени проби.

Сервизни спецификации

 Платформа

Секвениране

Препоръчителни данни

Време за изпълнение

Illumina NovaSeq 6000

PE150

6 G/10 G/20 G

45 работни дни

Биоинформатични анализи

● Контрол на качеството на необработените данни

● Сглобяване на метагенома

● Неизлишен набор от гени и анотация

● Анализ на видовото разнообразие

● Анализ на разнообразието от генетични функции

● Междугрупов анализ

● Анализ на асоциацията срещу експериментални фактори

liuchengtu11

Примерни изисквания и доставка

Примерни изисквания:

ЗаДНК екстракти:

Тип проба

Количество

Концентрация

Чистота

ДНК екстракти

> 100 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1.6-2.5

За екологични проби:

Примерен тип

Препоръчителна процедура за вземане на проби

Почва

Количество на пробата: прибл.5 g;Останалото изсъхнало вещество трябва да се отстрани от повърхността;Смелете едри парчета и прекарайте през 2 mm филтър;Аликвотни проби в стерилна EP-епруветка или cyrotube за резервация.

Изпражнения

Количество на пробата: прибл.5 g;Съберете и аликвотирайте проби в стерилна ЕР-епруветка или криоепруветка за резервиране.

Чревно съдържимо

Пробите трябва да се обработват при асептични условия.Измийте събраната тъкан с PBS;Центрофугирайте PBS и съберете утайката в EP-епруветки.

Утайка

Количество на пробата: прибл.5 g;Съберете и аликвотна проба от утайка в стерилна EP-епруветка или криоепруветка за резервиране

Водно тяло

За проба с ограничено количество микроби, като чешмяна вода, вода от кладенци и т.н., съберете поне 1 L вода и преминете през 0,22 μm филтър, за да обогатите микробите върху мембраната.Съхранявайте мембраната в стерилна епруветка.

кожа

Внимателно изстържете кожната повърхност със стерилен памучен тампон или хирургическо острие и го поставете в стерилна епруветка.

Препоръчителна доставка на мостри

Замразете пробите в течен азот за 3-4 часа и ги съхранявайте в течен азот или -80 градуса за дългосрочно съхранение.Изисква се мостра за доставка със сух лед.

Работен поток на услугата

logo_02

Доставка на мостри

logo_04

Изграждане на библиотека

logo_05

Секвениране

logo_06

Анализ на данни

logo_07

Следпродажбени услуги


  • Предишен:
  • Следващия:

  • 1.Хистограма: Разпределение на видовете

    3

    2. Функционални гени, анотирани към метаболитните пътища на KEGG

    4

    3. Топлинна карта: Диференциални функции, базирани на относителното изобилие на гени54. Circos на CARD антибиотични резистентни гени

    6

    Калъф BMK

    Разпространение на гени за резистентност към антибиотици и бактериални патогени по коренния континуум почва-мангрово дърво

    Публикувано:Вестник за опасни материали, 2021 г

    Стратегия за последователност:

    Материали: ДНК екстракти от четири фрагмента от проби, свързани с мангрови корени: незасадена почва, ризосфера, еписфера и ендосфера
    Платформа: Illumina HiSeq 2500
    Цели: Метагеном
    16S rRNA ген V3-V4 регион

    Ключови резултати

    Метагеномното секвениране и профилирането на метабаркодиране върху континуума почва-корен на мангрови фиданки бяха обработени, за да се проучи разпространението на гени за резистентност към антибиотици (ARG) от почвата в растенията.Метагеномните данни разкриват, че 91,4% от гените за антибиотична резистентност са идентифицирани обикновено във всичките четири почвени отделения, споменати по-горе, което показва непрекъснат начин.Секвенирането на 16S rRNA ампликон генерира 29 285 последователности, представляващи 346 вида.Комбинирайки с профилиране на видовете чрез секвениране на ампликони, беше установено, че това разпространение е независимо от микробиотата, свързана с корена, но може да бъде улеснено от подвижността на генетични елементи.Това проучване идентифицира потока на ARG и патогени от почвата в растенията чрез взаимосвързан континуум почва-корен.

    справка

    Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L.(2020 г.).Разпространение на гени за резистентност към антибиотици и бактериални патогени по континуума почва-мангрови корени.Журнал за опасни материали, 408, 124985.

    получите оферта

    Напишете вашето съобщение тук и ни го изпратете

    Изпратете вашето съобщение до нас: