mRNA-seq (NGS) – De novo

mRNA секвенирането позволява профилиране на всички mRNA транскрипти в клетките при специфични условия и е широко използвана технология в различни изследователски области. BMKCloud De novo mRNA-seq конвейерът е предназначен да анализира обогатени с поли-А библиотеки за секвениране, когато няма наличен референтен геном. Конвейерът започва с контрол на качеството, последван отде новосглобяване на транскрипти и селекция на унигенен набор. Анализът на унигенната структура предсказва кодираща последователност (CDS) и прости повторения на последователността (SSR). Впоследствие, диференциалният експресионен анализ открива диференциално експресирани гени (DEG) сред тестваните условия, последвано от функционална анотация и обогатяване на DEG за извличане на биологични данни.