Метагеномно секвениране-TGS
Метагеномът е колекция от генетичен материал на смесена общност от организми, като например екологични и човешки метагеноми. Той съдържа геноми както на култивируеми, така и на некултивируеми микроорганизми. Метагеномното секвениране позволява изучаването на тези сложни геномни пейзажи, вградени в екологични проби, като предоставя повече от таксономично профилиране. То предлага и функционална геномна перспектива чрез изследване на кодираните гени и техните предполагаеми роли в екологичните процеси. Докато традиционните подходи с „shotgage“ секвениране с Illumina са широко използвани в метагеномни изследвания, появата на Nanopore и PacBio long-read секвениране промени областта. Технологиите Nanopore и PacBio подобряват биоинформационните анализи надолу по веригата, по-специално сглобяването на метагеноми, осигурявайки по-непрекъснати сглобки. Докладите показват, че метагеномиката, базирана на Nanopore и PacBio, успешно е генерирала пълни и затворени бактериални геноми от сложни микробиоми (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Интегрирането на Nanopore четения с Illumina четения осигурява стратегически подход за коригиране на грешки, смекчавайки присъщата ниска точност на Nanopore. Тази синергична комбинация използва силните страни на всяка платформа за секвениране, предлагайки надеждно решение за преодоляване на потенциални ограничения и повишаване на прецизността и надеждността на метагеномните анализи.
Платформа: Nanopore PromethION 48, Illumia и PacBio Revio
Характеристики на услугата
● Дълго четене на секвениране върху Nanopore P48 (10Kb библиотека); PacBio Revio (8Kb библиотека)
● Корекция на грешки: секвениране на Illumina NovaSeq (библиотека PE150)
Предимства на услугата
●Висококачествено сглобяване на метагеноми:С по-малко контиги, които имат по-висока непрекъснатост.
●По-висока точност:Идентифициране на видове и функционално предсказване на гени.
●Подобрено сглобяванеУлесняване на изолирането на бактериален геном и сравнителния метагеномен анализ.
●Цялостен биоинформатичен анализ:Нашият анализ е фокусиран не само върху таксономичното разнообразие, но и върху функционалното разнообразие на общността.
●Обширен опитНашият екип влага богат опит във всеки проект, с опит в успешното приключване на множество метагеномни проекти в различни изследователски области и обработка на над 200 000 проби, нашият екип внася богат опит във всеки проект.
Спецификации на услугата
| Платформа за секвениране | Стратегия за секвениране | Препоръчителни данни |
| Илюмина НоваСек | ПЕ150 | 6 Гб |
| Нанопор P48 | 10 кб | 6 / 10 Гб |
| PacBio Revio | 8 кб | 10 / 20 Гб |
Примерни изисквания
| Концентрация (ng/µL) | Общо количество (µg) | Обем (µL) | |
| Библиотека Illumina PE150 | ≥1 | ≥0,03 | ≥20 |
| Nanopore 10 kb библиотека | ≥40 | ≥2 | ≥20 |
| PacBio 8 kb библиотека | ≥50 | 10 µg/клетка | ≥20 |
Работен поток на услугата
Доставка на мостри
Строителство на библиотека
Секвениране
Анализ на данни
Следпродажбено обслужване
Включва следния анализ:
● Контрол на качеството на данните от секвенирането
● Сглобяване на метагеном и предсказване на гени
● Анотация на гени
● Анализ на таксономичното алфа разнообразие
● Функционален анализ на общността: Биологична функция, Метаболизъм, Антибиотична резистентност
● Анализ както на функционалното, така и на таксономичното разнообразие:
Бета анализ на разнообразието
Междугрупов анализ
Корелационен анализ: между факторите на околната среда и състава и разнообразието на излазните
Разпределение на нередундантния генен набор:
Анотация на гена: KEGG път
Анотация на гена: eggNOG
Анотация на гена: CAZY въглехидрати
Мрежа за корелация на видовете:
Разгледайте напредъка, улеснен от услугата за метагеномно секвениране на BMKGene с Nanopore + Illumina, с тази представена публикация:
Jin, H. et al. (2023) „Висококачествен сборник с геноми на човешкия чревен микробиом на жителите на Вътрешна Монголия“, Nature Microbiology 2023 8:1, 8(1), стр. 150–161. doi: 10.1038/s41564-022-01270-1.
